在這一整套齒輪般緊密絞合的文官制度中，官員從九品到正一品分成九品十八級，升遷調(diào)用都有一定的法度。六部主官及地方軍政首腦向皇帝負(fù)責(zé)，屬吏向上級負(fù)責(zé)，系統(tǒng)分明，職權(quán)清楚。都督府管軍不牧民，六部牧民不管軍，各部門既有合作，又互相牽制，都察院則負(fù)責(zé)監(jiān)視一切臣僚。在這樣一種嶄新的制度下，行政、軍事、監(jiān)察三種治權(quán)互不統(tǒng)屬，由皇帝親身總其成，也就是說，皇帝不僅是帝國這臺大機器的主人，也是它的實際操縱者了。

這一套正式機構(gòu)之外，朱元璋還培植了一個令人聞之喪膽的特務(wù)機構(gòu)“錦衣衛(wèi)”。這一機構(gòu)的前身是“拱衛(wèi)司”，下設(shè)“檢校”，專主察聽在京大小衙門官吏不公不法行為，但凡捕風(fēng)捉影之事無不奉聞，用朱元璋的話來說，“有這幾個人，譬如人家養(yǎng)了惡犬，則人怕”。1382年正式改名錦衣衛(wèi)后，偵伺處刑之權(quán)也集中到了這個皇家私人機構(gòu)，法外有法，刑外有刑，惡犬一下升級成了虎狼。

皇帝總攬六部，成了全天下最忙碌之人。據(jù)歷史學(xué)家吳晗統(tǒng)計，僅洪武十七年（1384）九月十四日到二十一日的八天間，朱元璋收讀的文件就達(dá)1 666件之多，所奏事項3 391件，平均每天看200多份文件，處理400多件事項。對朱元璋這樣一個精力充沛之人來說，或許不以為苦，但對后世諸君來說，這實在是一個智力與體力的雙重考量。為了從煩雜的政務(wù)中脫身，朱元璋任命了四輔官，即協(xié)助他處理政務(wù)的機要秘書。到了1382年，罷四輔官，設(shè)文淵閣、武英殿、文華殿諸大學(xué)士，秩正五品，職責(zé)是詳看諸司奏章，兼司平駁，侍從左右，以備顧問，但這些被稱為內(nèi)閣學(xué)士的官員并不能參決政務(wù)，他們只是類似于皇帝顧問團(tuán)中的一員，可予隨時撤換。后來他的兒子明成祖朱棣作了一個變通，把大學(xué)士選拔到身邊當(dāng)值，軍國大事皆在內(nèi)閣辦理，由是確立了通行整個明朝二百多年的內(nèi)閣制度。

胡惟庸案發(fā)生后不久，朱元璋命令他的兒子燕王朱棣到北平就藩。在皇帝的諸多兒子中，朱棣被公認(rèn)為最為能干的之一，皇帝希望他最信任的這個兒子把守從前元朝的都城，以此保證帝國北部邊疆的安全。因為元順帝雖已被趕往漠北，但時刻都在想著反攻。說是偌大一個帝國，在朱元璋看來就如同自家一份私產(chǎn)，為了讓基業(yè)傳之久遠(yuǎn)，他把兵權(quán)集中到了最能干的幾個兒子手里。除了燕王之國北平，其他幾個兒子，寧王封在熱河，晉王封在山西，秦王封在陜西，遼王封在遼東，代王封在大同，肅王封在甘肅，這些有統(tǒng)兵之權(quán)的塞王基本上沿長城一線駐扎，擔(dān)任著抵御蒙古騎兵入侵的重任。

事情到此遠(yuǎn)沒有終結(jié)，胡惟庸的罪狀在他死后還在不斷升級，從“通倭通虜”到“謀反”，同時把一大批開國元勛都給株連了進(jìn)去。