要不要處死于謙，朱祈鎮(zhèn)猶豫了好久，“于謙實(shí)有功”——舉棋不定的他對(duì)內(nèi)侍們說。的確，于社稷，于自己，于謙的功勞都是不爭(zhēng)的事實(shí)。殺一個(gè)舉世公認(rèn)的功臣，他擔(dān)不起這個(gè)罪名。最后是徐有貞的一句話促使他下了決心——“不殺于謙，此舉為無名?！币寗倓偸Ф鴱?fù)得的皇位合法化，于謙還真的非死不可。于是，政變發(fā)生后第五日的正月二十二日，皇帝宣布了對(duì)于謙的判決，他與大學(xué)士王文及四名太監(jiān)（這幾個(gè)太監(jiān)都是曹吉祥的死敵）一起被公開斬首。資深大學(xué)士陳循、刑部尚書俞士悅、工部尚書江淵等被謫戍鐵嶺，大學(xué)士蕭、商輅等被削奪官職，戶部尚書張鳳和其他大臣被調(diào)任無實(shí)權(quán)的職務(wù)。禮部尚書胡濙、碩果僅存的大學(xué)士高穀及大太監(jiān)興安被迫退隱，同時(shí)獲準(zhǔn)退休的還有元老輩的吏部尚書王直。曾自夸對(duì)易儲(chǔ)詔書多有貢獻(xiàn)的吏部侍郎何文淵，復(fù)辟后聞?dòng)崒⒃獯斗ㄞk，自縊而死。因建言易儲(chǔ)有功進(jìn)為都督同知的黃吰畏罪自殺，朱祈鎮(zhèn)還覺不解氣，令開棺戮尸。

據(jù)說處死于謙那日，好端端的天突然陰霾四合，莫辨東西，似乎上天也為忠臣的怨死而痛悼。于謙的兒子于冕已被發(fā)配去了龍門，沒有人收尸，一個(gè)叫陳逵的都督同知收斂于謙遺骸下葬（幾年后，歸葬杭州錢塘）。太監(jiān)監(jiān)軍曹吉祥屬下的一個(gè)都指揮使，拿了酒偷偷跑到處死于謙處憑吊，被人告發(fā)后被曹吉祥狠狠責(zé)打了一頓，可是第二日他又跑去酹奠如故。史傳記錄下這些事跡，是為彰顯“忠心義烈”，就像在傳記最后的贊論里所說，“憂國(guó)忘家，身系安危，志存宗社，厥功偉矣”，這種對(duì)國(guó)家的忠誠(chéng)和道義擔(dān)當(dāng)庶幾可以穿越生死，“與日月爭(zhēng)光”。

在于謙身上閃耀的這種精神，就是黃仁宇先生在《萬歷十五年》中所揭橥的文官集團(tuán)所普遍尊崇的那種“不顧一己安危榮辱，為仁民愛物的宗旨拼命”的自我犧牲的精神。于謙性情剛烈，得罪人不少，遇事每有不合輒撫胸長(zhǎng)嘆：“此一腔熱血，意灑何地！”他現(xiàn)在總算是得其所哉了。棄市，籍其家，家屬戍邊，這樣的結(jié)果落到他身上不是第一個(gè)，當(dāng)然也不會(huì)是最后一人。令人齒寒的是那些毫無原則操守的官員，這時(shí)候都往于謙身上潑臟水為晉身的臺(tái)階，有個(gè)僻遠(yuǎn)省份的教諭上疏說，這樣處罰于謙實(shí)在是太便宜他了，應(yīng)該滅其門，把于謙在位時(shí)薦舉的文武大臣悉數(shù)誅殺。還有官員建議，應(yīng)該把于謙一案的共犯全都榜示天下以儆效尤。處死于謙是瞞著皇太后進(jìn)行的，她知道消息后難過了好些日子，“嗟悼累日”。朱祈鎮(zhèn)也深感后悔。抄家時(shí)，發(fā)現(xiàn)于家清貧得幾乎沒有一件多余的器物，有人發(fā)現(xiàn)正屋藏有一只大柜子，鑰匙鎖得非常堅(jiān)固，打開來一看，都是以前皇帝賜給他的蟒衣劍器這些東西。