除油畫創(chuàng)作之外，方干民還積極參加街頭宣傳。當年的學生王秋文后來回憶：

我們這個小組（有方干民教授參加）走到長沙有名的鬧市區(qū)八角亭，發(fā)現有一塊一丈多寬的白粉墻，正是一塊畫壁畫的好地方。于是我們十幾個人忙碌起來，有人借來了梯子，有人用炭條打輪廓，有的勾墨線，有的涂顏色，馬上吸引了許多觀眾。但是，由于天氣太冷了，我們畫著畫著，顏料凍成了冰，畫筆也凍得像印子一樣，每個人的手也都凍得僵硬了。正在十分為難的時候，忽然有人急急忙忙端來一個火盆。這下凍硬了的顏料溶化了，畫筆也化開了，我們凍僵了的手也烤得暖暖和和，一幅丈余長的壁畫，不到一個上午就畫好了。

學校到了安江村后開始正式復課，方干民出任教務主任，教學秩序得以很快恢復。

然而到了學期結束時，因為滕固校長解聘他而引發(fā)學潮。吳冠中回憶：

據說是方干民和常書鴻互不相容，難于共事，而我們杭州跟來的學生都擁護方老師，要求滕校長收回成命，于是鬧成僵局，形勢緊張。學生們攻擊常書鴻及好多位站在滕校長立場上的教職員，記得圖書館長顧良最是眾矢之的，學生追打他，他到處躲藏，學生窮追不舍，最后他逃到潘天壽住所，躲到潘老師的背后，潘老師出面勸架，顧良才免了一頓皮肉之苦。同學們封鎖安江村的所有出口，請求、逼迫滕固收回成命，但終于昆明開來警衛(wèi)部隊，衛(wèi)護滕固去了昆明，同時公布方干民鼓動風潮并開除兩個帶頭掀起風潮的學生。

方干民離開藝專后進了國民黨黨史編纂委員會，任保管科總干事，是個閑差。他潛心作畫，在3年半時間里完成了10多幅肖像以及巨幅歷史畫《鄒容》、《肇和軍艦起義之前》、《陳英士被刺圖》等。

1944年7月，潘天壽出任國立藝專校長后，方干民受聘再度回校任教。抗戰(zhàn)勝利，隨學校遷至杭州。汪日章出任校長后，他又被解聘。不得已在上海文廟辦了一所私人畫室，取名“中華藝術研究會”，既教畫，也做一點雜務。其時，圣約翰大學的中共地下黨員楊熙齡請他畫一幅毛澤東油畫像，準備用來迎接解放，他慨然允諾。

上海解放初的方干民情緒高昂，與學生一道上街游行，創(chuàng)作了巨幅作品《淮海戰(zhàn)役》，參加在波蘭舉行的“社會主義國家綜合畫展”，獲得好評。這使他在1951年3月調入南京軍事學院專門從事軍史畫創(chuàng)作。由于單位的特殊性，安然度過“反右”運動。

1958年，方干民又回到浙江美院任教。具體原因不得而知，那時個人對職業(yè)已很少有選擇權，調動多是組織決定的。這里不能不說到他的大姨子、后來蜚聲海外文壇的蘇雪林——鋒芒畢露的她到了臺灣后堅持反共立場，聲稱自己是20世紀30年代僅有的與“共黨嘍啰”猛烈筆戰(zhàn)的作家。不知道是不是因此影響到方的命運？

回美院后，日子就不那么好過了。當時把他作為教師中的反面典型，“這樣畫也批判，那樣畫也批判”。盡管十分小心，到了“文化大革命”，方干民還是遭到殘酷斗爭，罪名是反動學術權威和國民黨特務，關入牛棚后，萬念俱灰的他服毒自殺，幸而未遂。

死過一次的方干民變得沉默寡言，他以畫筆來消磨時間，到各地寫生，但作品已沒有了早年那種氣勢，藝術表現上倒間或重新顯出立方主義的若干痕跡。