同仁堂并非通過ＴＧＡ的認證后，就滿足于現狀了。他們對質量的要求越來越高，執(zhí)行的標準也與時俱進，越來越嚴格。從２００２年開始，同仁堂集團下屬各公司相繼引入ＩＳＯ９０００系列質量管理體系，同仁堂科技發(fā)展股份有限公司的質量管理體系還通過了ＩＳＯ９００１國際標準認證，同仁堂股份有限公司的質量管理體系通過了ＩＳＯ９００１、ＩＳＯ１４０００和ＯＨＳＡＳ１８０００國際標準認證，并且在２００５年獲得了國家級優(yōu)秀質量管理獎。

現在，同仁堂的工藝更加精湛，質量管理更加嚴格，不僅執(zhí)行國家標準，還要執(zhí)行比國家標準更嚴格的企業(yè)內部標準和“北京市名牌藥品標準”；不僅要執(zhí)行中國的標準，出口的產品還要嚴格執(zhí)行相關國家或地區(qū)的藥品標準，如日本的標準、韓國的標準等。

為了嚴把質量第一道關，２００３年之后，同仁堂的山茱萸、黨參、人參、茯苓、川貝、白芍等二十種優(yōu)質藥材的生產基地還通過了ＧＡＰ標準。ＧＡＰ是國家食品藥品監(jiān)督管理局頒發(fā)的《中藥材生產質量管理規(guī)范》，它對中藥材生產的種植、栽培、采收與產地加工直到包裝、運輸和儲藏等方方面面，都有嚴格要求。為了建立好ＧＡＰ基地，同仁堂的技術人員到藥材主產地進行實地采集，并對產地的生態(tài)環(huán)境、栽培歷史以及生長發(fā)育規(guī)律等進行了詳細的調查和研究，然后，以藥材的產量和藥典規(guī)定的質量標準為指標，對各個產區(qū)的藥材進行比較，以此來確定重點藥材的產業(yè)化基地。這些基地成規(guī)模，投入大。截至２００５年，同仁堂累計總投資５０００多萬元，在吉林、河北、山西、湖北、浙江、安徽、河南、內蒙古和湖南等全國中藥材主產地按國家ＧＡＰ標準建立了十多個綠色中藥材種植基地。

現在，同仁堂生產六味地黃丸所用的原料藥，已經全部實現基地供應，感冒清熱顆粒等所需要的主要原料藥材也來源于種植基地。同仁堂集團有個規(guī)劃，準備通過幾年努力，主要產品的藥材都達到基地化供應，并且促成中藥材和飲片的對外銷售。

同仁堂不僅用先進的設備、嚴格的制度、科學的管理保證質量，更把質量意識融合到企業(yè)文化中，在職工中營造出“質量就是生命”的氛圍。同仁堂的老藥工，為整理傳統配本作出了突出貢獻的李榮福師傅就回憶說，1953年，年輕的他剛進同仁堂不久，有一次在照看熬藥的電爐時，只是離開了一會兒，竟遭到全組六位老師傅一致的嚴厲批評。要知道，他們平時和李榮福的關系都挺不錯，他們也不負有生產監(jiān)督之責，他們這樣做只是出于對產品質量的關心，出于對同仁堂這個老字號的負責。這件事說明，嚴把質量關，已經在同仁堂深入人心，成了大家的一致行動。這件事給李榮福的印象太深了，從此，他工作更是一絲不茍，對規(guī)章制度和產品質量特別重視?，F在，他看到有的企業(yè)為了賺錢，不按規(guī)定炮制，他又生氣又痛心，同時也為同仁堂依法炮制、重視質量的嚴謹而自豪。

在同仁堂，人們都知道這樣一件事。有一天，輔料員小趙領回一批護骨酒的貼紙，這是同仁堂護骨酒的“臉面”，除了印有彩色圖案外，更印有同仁堂的商標和堂名。他把七張卷邊的和有污漬的挑了出來，放在一邊，不料，轉臉的工夫就不見了。他馬上向車間主任老陳作了匯報。陳主任到處查問，誰都說沒有看到。看來，這七張招貼紙已經被用在了酒瓶上，放到成品箱里了。當時他們已經裝好了三十箱護骨酒，為了找出這七張招貼紙，工人們在陳主任的帶領下，花費了很大力氣，把那三十箱酒一箱一箱地打開，一瓶一瓶地找。最后，終于把貼了七張有污漬的招貼紙的護骨酒找了出來。