在質(zhì)量管理方面，同仁堂的優(yōu)秀傳統(tǒng)仍在繼承、發(fā)揚。至今，各藥廠在配料工序中仍一絲不茍地執(zhí)行著“三檢斤、四核對”的制度?！叭龣z斤”就是各種原料在起貨、摻料、移送時一定要依配料單檢查各味原料藥材的重量，“四核對”是將每一味原料藥在配料、抓樣、剩料、計算余虧時一一核對。這樣就自始至終地堅持了“不合格的原材料不投產(chǎn)，不合格的半成品不往下道工序送，不合格的成品堅決不出廠”。這些不厭其繁的質(zhì)量把關程序，與當年供奉御藥時的要求是一脈相承的。現(xiàn)在同仁堂始終堅持不合格的原材料不投產(chǎn)，不合格的產(chǎn)品不往下道工序轉，不合格的成品堅決不出廠。

中藥行里有句行話——“丸散膏丹，神仙難辨”，意思是藥材一旦被制成了丸散膏丹，就很難檢驗了。現(xiàn)在同仁堂經(jīng)過長期的科技攻關，已經(jīng)能夠采用現(xiàn)代檢測儀器對藥材和成藥進行分析檢驗了。在同仁堂的檢驗室里可以看到氣相色譜儀、液相色譜儀等現(xiàn)代化的儀器，即使有氣味、帶水分的原料，也會在這些現(xiàn)代化儀器的監(jiān)測下露出真容。在同仁堂先進的生產(chǎn)線上，還安置有在線檢測設備，可以在生產(chǎn)過程中進行質(zhì)量控制。因此，也就不會出現(xiàn)樂達義吃到嘴里才發(fā)現(xiàn)藥丸有渣的情況了。當然，由于中藥的特殊性，現(xiàn)在有些特殊工序，如某些藥材的真?zhèn)?、炮制的火候等，仍然需要用人的?jīng)驗進行鑒別。因此，同仁堂一是充分發(fā)揮專家和老技工的作用，二是注重對年輕一代的傳幫帶，同時不斷研究用現(xiàn)代科學技術手段來替代人的感官鑒定。同仁堂各子公司都按照ＧＭＰ的要求，建立起了設施完備的化驗室和專職質(zhì)量檢查隊伍。雖說“丸散膏丹，神仙難辨”，但掌握了現(xiàn)代科學技術的質(zhì)量檢查人員，猶如有了“火眼金睛”，他們比神仙可高明多了。

在門市上，同樣有嚴密的規(guī)章制度，保證顧客的利益。凡是在門市上出售的飲片，必需在購進后進行二次加工，去除雜質(zhì)后方能上柜銷售。因此，同仁堂銷售的飲片質(zhì)量更高。對于名貴藥材，如人參、鹿茸、牛黃等，在收購時要由經(jīng)驗豐富的中藥鑒別專家把關。藥品一經(jīng)購入，要由專人進行加工、分級，如人參就要分為七個等級。在門市上出售的五級以上的參，還要附上本品的照片及專家鑒定書。藥店在抓方取藥過程中，還采取了算方、抓藥、核方、遞藥“四簽字”和姓名與人、雙方的牌號、藥與方、有配伍禁忌、付款與收據(jù)是否相符的“五對號”。這些行之有效的制度，在執(zhí)行了ＧＳＰ（即《藥品經(jīng)營質(zhì)量管理規(guī)范》）之后，得到了更好的貫徹執(zhí)行。

同仁堂集團對質(zhì)量的監(jiān)督管理，有一整套嚴密完整的制度，其中有些還是同仁堂的創(chuàng)新。例如同仁堂集團實行了“質(zhì)量派出制度”，下一級的質(zhì)量管理人員均由上一級質(zhì)量管理機構聘任后派出。他同時對本單位和上級質(zhì)量管理機構負責，叫作“一崗雙責”。這樣就充分體現(xiàn)了母公司對子公司的質(zhì)量監(jiān)管權。這個創(chuàng)新做法得到了上級的肯定。

澳大利亞藥品管理局（ＴＧＡ）首次對同仁堂股份公司下屬四個企業(yè)的八條生產(chǎn)線進行了三天的考察認證，就一次性全部通過。澳大利亞衛(wèi)生部藥品管理局局長斯雷特爾先生還專程飛到中國，親自向同仁堂頒發(fā)了認證證書，并且對同仁堂在藥品生產(chǎn)各方面的先進管理給予了充分的肯定。