上海光復之際，陶成章自南洋回國。但陶回國后，未能順應(yīng)大勢與同盟會修好，反而進一步惡化與同盟會領(lǐng)袖孫中山等的關(guān)系，與滬督陳其美的矛盾也進一步激化。先是，在南京攻克后，各省都督代表聯(lián)合會在上海開會推舉大元帥時，在推舉黃興或黎元洪擔任正副問題上，光復會主張黎元洪任元帥，反對黃興擔任。在同盟會看來，本于12月4日推舉黃正、黎副的事實卻又于17日推翻原議改為黎正、黃副這一于同盟會不利的做法，與陶成章的策動有著一定的關(guān)系。在孫中山就任中華民國臨時大總統(tǒng)后，陶成章致書孫中山，重提南洋籌款一事，在陶看來，孫中山的總統(tǒng)職務(wù)是騙取的，陶、孫矛盾再起。陳其美擔任滬督一職后，同樣在上海光復中有汗馬功勞的陶成章和光復會認為，陳的任職是利用上海幫會勢力擅位，自然表示了自己的不滿；而且，因為陶成章在江浙一帶革命黨人中有很高的威望，擁有光復會舊部的軍事力量，因此，在擔任滬督的陳其美看來，陶成章是同盟會和他個人政治發(fā)展上的最大威脅。在這種情況下，生性冒險、大權(quán)在握的陳其美，對陶成章萌動了殺機，必欲除之而后快。這時，與陶本無個人仇恨的蔣介石，因與陳其美緊密的個人關(guān)系和對陳知遇之恩的感激，策劃了刺殺陶成章這樁血案。1912年1月14日凌晨2時，光復會領(lǐng)袖陶成章在上海廣慈醫(yī)院被刺身亡。兇手是光復會成員王竹卿等二人，蔣介石是這一命案的具體策劃者。

陶成章被刺一案發(fā)生后，在革命黨人中激起極大震驚和憤慨，尤其是陶的光復會舊部決心不放過刺陶兇手，孫中山也責令緝拿殺陶兇手。在蔣介石看來，對于同盟會和陳其美來說，他這樣行動是值得的。后來蔣介石在其自述《中正自述事略》中說：

陶之喪心病狂，已無救藥，若不除之，無以保革命之精神，而全當時之大局也……故再三思索，公私相權(quán)，不能不除陶而全革命之局。〔31〕

又說：

余因此自承其罪，不愿牽累英士，乃辭職東游，以減少反對黨之攻擊本黨與英士也?！?2〕

可見后來蔣介石對于刺陶案是承認的。蔣介石后來欽定的《蔣總統(tǒng)秘錄》一書，對蔣與刺陶案的關(guān)系是這樣敘述的：

在首途前往日本不久之前的一九一二年元月十四日，參與了和同志們策商在上海法租界制裁光復軍司令陶成章的計劃?！?3〕

話說得委婉，但承認蔣參與了刺陶案的意思是明確的。曾為蔣做過多年侍從的蔣的得意門生鄧文儀寫過一本題為《蔣主席傳》的傳記，其中對蔣刺陶一案是這樣敘述的：

那時陶成章匿居上海租界某醫(yī)院里面，主席便到醫(yī)院去找他，先用嚴辭質(zhì)問他，哪曉得陶成章不但是恬不知恥，反而還侃侃而談。主席怒不可遏，便掏出手槍，一槍把他打死。打死陶成章以后，主席并不掩飾這件事，反向黨中表明心跡，自承其罪?！?4〕

鄧文儀與蔣關(guān)系至深，由上面這段文字看，話說得雖然直白，但里面加入了不少他想當然的成分。一是，蔣介石沒有膽量公開將陶打死，因為陶成章當時是光復軍司令，有武裝力量保護他的個人安全，還有聽從他指揮的江、浙一帶的光復會起義武裝力量做他的后盾，因此，蔣只能采用暗殺的辦法除掉陶；二是，蔣介石策劃刺陶案后，由于陶的革命地位和功績，他不可能不掩飾刺陶這件事，因為當時，無論浙江還是上海，都在緝拿陶案兇手，他只能向陳其美個人密報該案經(jīng)過而已；三是，蔣并未自承其罪，而是在陳其美資助下躲到日本去了。鄧文儀意在突出蔣介石的英武氣概，但在細節(jié)上未免與事實相差太遠。

事實是，陶案發(fā)生后，為了躲避追兇，蔣介石在陳其美的安排下，借出國學習德語之名，再次東渡日本，日本成了蔣介石的暫時避難地。