像高師直這樣對公家勢力徹底的不妥協(xié)態(tài)度，對足利尊氏卻是個妨礙，足利尊氏之弟足利直義要剿服高師直，相反高師直卻又想消滅足利直義。足利直義一時處境不利，但與南朝聯(lián)合不久，形勢就倒轉(zhuǎn)過來。結(jié)果，還是足利直義把高師直一族消滅了（公元1351年）。這一斗爭又與足利尊氏和足利直義兄弟勢力之爭糾纏在一起，足利尊氏出于排斥足利直義的目的，曾支持了高師直，高師直死后，足利尊氏與足利直義就正面沖突了。由于足利直義滅亡高師直以后再度與北朝相勾結(jié)，而足利尊氏為了對抗也暫時與南朝聯(lián)合并廢黜北朝的崇光天皇。翌年（公元1352年）2月在鐮倉把足利直義殺掉。

足利家族內(nèi)訌發(fā)展到如此激化的程度，南朝方面認(rèn)定這是個好機(jī)會，便以宗良親王（公元？—1385年）為征夷大將軍，依靠新田與楠木家族及其他足利派武士進(jìn)攻了足利尊氏。足利尊氏又與北朝聯(lián)合，立后光嚴(yán)天皇以填補(bǔ)前年廢黜崇光天皇后空著的皇位。經(jīng)過兩年半拉鋸戰(zhàn)的結(jié)果，公元1355年（北朝文和四年，南朝正平十年）3月，足利尊氏最后勝利。自此以后的南朝，只不過是個單純的吉野山中的公家集團(tuán)而已。

在鄉(xiāng)武士、守護(hù)大名與幕府

戰(zhàn)亂期間，在鄉(xiāng)領(lǐng)主、“國人”與“地侍”對莊園的侵占更為嚴(yán)重。他們組織的“惡黨”則以畿內(nèi)為中心，遍及全國，大的竟列成數(shù)百人的隊(duì)伍，橫行于各個村莊。他們截留莊園的貢賦，夜里捕人、強(qiáng)搶、偷竊、當(dāng)山賊海盜等為所欲為，不管是對北朝還是對南朝，究竟是當(dāng)成友，還是當(dāng)成敵，都是酌情而定的。

為了戰(zhàn)爭的勝利，不能不把這一在鄉(xiāng)小領(lǐng)主、“國人”和“地侍”階層當(dāng)成友，因此，雖說足利尊氏是緩進(jìn)派，但對他們侵占莊園一舉，卻也不能不在某種程度上予以認(rèn)可。公元1352年，消滅其弟足利直義后，足利尊氏以征收軍糧的名義將征收近江、美濃、尾張、伊勢、志摩、伊賀、河內(nèi)、和泉八國莊園該年貢賦一半（名為“半濟(jì)”）的權(quán)限交給了守護(hù)。這對莊園領(lǐng)主雖是個很大打擊，但卻是出于在鄉(xiāng)小領(lǐng)主和武士的強(qiáng)烈要求?！笆刈o(hù)”自己取用“半濟(jì)”貢賦的一部分，大部分都分給了在鄉(xiāng)小領(lǐng)主。不久，這一措施就正常化，并逐步施行于各國莊園。

由于“守護(hù)”得到劃定與分配“半濟(jì)”地的權(quán)限，從而就加強(qiáng)了對領(lǐng)地國武士的統(tǒng)轄力，并且也開始具有脫離幕府獨(dú)立的傾向。他們還承包莊園的貢賦（“守護(hù)請”），或者征收名為“守護(hù)段錢”即按莊園的土地面積（段）征收的貨幣特別稅。鐮倉幕府的“守護(hù)”是幕府的地方官，但14世紀(jì)后半期以后的“守護(hù)”卻在管轄國內(nèi)扎根，并與在鄉(xiāng)的小領(lǐng)主與武士結(jié)成主從關(guān)系，使他起到統(tǒng)治他所管轄下地區(qū)的基層官員那樣的作用，一方面鎮(zhèn)壓農(nóng)民的斗爭，另一方面則又利用農(nóng)民斗爭，邊蠶食莊園領(lǐng)主，邊開始發(fā)展成為封建大領(lǐng)主。這叫做“守護(hù)大名”。

室町幕府就是通過守護(hù)大名制，一方面壓制公家、寺院與神社的勢力，另一方面則統(tǒng)轄在鄉(xiāng)的武士和農(nóng)民。然而，守護(hù)大名的強(qiáng)化本身就有著變成獨(dú)立的地方封建勢力并超越幕府統(tǒng)轄的必然趨勢。所以，幕府為了抵制其發(fā)展，公元1357年發(fā)布禁止武士和守護(hù)侵占莊園和保護(hù)公家、寺院、神社財(cái)產(chǎn)等與封建領(lǐng)主化方向相矛盾的法令。此后，還曾反復(fù)過此類問題。這當(dāng)然要招致“守護(hù)”與在鄉(xiāng)武士的反對。總之，“守護(hù)大名”越強(qiáng)大，作為中央權(quán)利的幕府就越被削弱。而且，如果要抵制其發(fā)展，結(jié)果就變成了存心保護(hù)舊公家勢力，而遭到守護(hù)們的反對。不管怎么說，室町幕府卻因此而一直不穩(wěn)定。