1904年前后，張東蓀獲得官派留學(xué)的資格，到日本東京帝國大學(xué)哲學(xué)系學(xué)習(xí)。

張東蓀是獲得哪個省的“官派”？可能有三種選擇:一是直隸，其父在此為官一世，張東蓀也出生于此，當(dāng)有可能。二是浙江省，這是他的祖籍，其幼年所受的教育，可能主要是在這里。三是江蘇省，這是張東蓀的祖父任官的地方，也是其社會關(guān)系比較密切的地方，他幼年時期也曾在這里生活過較長時間。張東蓀在民國初年曾稱自己為江蘇人，當(dāng)是有原因的。同時，與他關(guān)系很好的藍(lán)公武等人，是江蘇人，他們又是一起去日本的，并且住在一塊，兩家也是世交。張東蓀很有可能是江蘇官派留日的。

張東蓀去日本留學(xué)，其兄張爾田依依不舍地送之，并填詞贈他：“回首銷魂地，芒西風(fēng)雁聲四塞，暮煙凝紫。亂后湖山秋笳賤，攙子三分變徵，問何日黃龍東指。滿目車塵憑闌望，宛怔衫都是啼鵑淚。臨歧斗酒須重醉，算連江沈沈夜雨，故人有幾。煮海孤燈神州夢，兩地寸心而已。是男子休教情死，一紙滄浪殘盡稿。待他年收拾扁舟里，三尺劍，向天際?！睂垨|蓀留學(xué)日本寄予很大期望。

19世紀(jì)末20年紀(jì)初，在日本的中國新興的知識分子群，努力探索救國救民的真理，“教育救國”是當(dāng)時較大的思潮。在當(dāng)時形成了幾股大的教育思潮:軍國民教育、國民教育、實利主義教育和義務(wù)教育等等。張東蓀等人贊同“教育救國”的主張，積極宣傳國民教育思想。

到東京后，張東蓀與藍(lán)公武、馮世德同住在東京本鄉(xiāng)丸山新町三十七番地。他如饑似渴地學(xué)習(xí)西方的自然科學(xué)和西方哲學(xué)方面的知識，開始了一生中思想的巨大轉(zhuǎn)變。不僅使他對自己信仰的佛學(xué)產(chǎn)生了懷疑，而且極大地開闊了張東蓀的視野，使他對西方文化產(chǎn)生了濃厚興趣。

1906年，“懷救世之心”的張東蓀與藍(lán)公武、馮世德在東京發(fā)起組織了“愛智會”。他們認(rèn)為“中國近來學(xué)務(wù)雖似發(fā)達(dá)，至于學(xué)術(shù)尚在幼稚，此俗之所以不治而無由進(jìn)于文明之域也”，為此必須發(fā)展國人的學(xué)術(shù)思想。其取名“愛智”，顯然取古希臘“哲學(xué)（phelosoghy）”一詞的本義。愛智會的性質(zhì)，可從“記事”專欄中發(fā)表的《愛智會之成立》中窺得。他們發(fā)起“愛智會”的目的，“專以提倡國人學(xué)問為務(wù)，并欲會合東西哲人，共研究宇宙究竟人生究竟二大問題。以增進(jìn)世運(yùn)，劃除俗污，俾大地山河，得光明莊嚴(yán)?！睆垨|蓀等人確定“愛智會”的宗旨是：“涅炏為心，道德為用，學(xué)問為器，利他為宗?！逼浞椒ㄊ牵骸皶蠔|西各國學(xué)者，研究高尚學(xué)問，盡人道，洗俗垢，使世界莊嚴(yán)潔凈為旨?xì)w?！逼淙霑氖掷m(xù)是“凡東西各國之人，總之相同者均可入會為會友。但會員須經(jīng)全體會員承認(rèn)方可?！?/p>

1906年10月，張東蓀與藍(lán)公武、馮世德以“愛智會”名義，在日本東京創(chuàng)辦了《教育》雜志。在該刊第1號發(fā)表《愛智會出版部告白》：“教育雜志本為本會出版，但因外股甚多，是以劃清界限，特創(chuàng)一教育雜志社以經(jīng)理該社事務(wù)，今后一切交涉概與本會無涉，用特聲明?！钡凇督逃冯s志創(chuàng)刊號上的《社告》中，卻說：“本社事務(wù)所暫社于日本東京本鄉(xiāng)丸山新町三十七番地愛智會內(nèi)，賜稿者請逕寄該處可也。凡經(jīng)售本雜志者須按期結(jié)算，如上期未清者即停寄追算，乞為原諒?！笨芍逃s志社與“愛智會”同在一處，并且是在張東蓀、藍(lán)公武等人所居住之所，主要是張東蓀等三人負(fù)責(zé)。

在《教育》雜志的《發(fā)刊辭》中，張東蓀、藍(lán)公武和馮世德等人說：“慨夫世運(yùn)不進(jìn)，人間齷齪，機(jī)心日甚，公理淪亡。顧視宇內(nèi)，惡氛彌天，優(yōu)勝劣敗之說，喧騰人口；弱肉強(qiáng)食之事，動觸吾目；此首陽之所甘終，而塵寰之可棄也。惟是人為靈長良知本具道，雖式微大德猶存，是以不辭不文之訕，竊附匡正之心。洗垢窮理，志之所在；揚(yáng)新闡舊，道之所從。特語言異殊，故首自國文，若融合東西別成新識，則私心之所愿，聊以卜之云爾?！北砻髌鋭?chuàng)辦的宗旨在于“匡正”公理，“融合東西別成新識”。這與“愛智會”的宗旨是一樣的。

《教育》雜志，內(nèi)容比較豐富，形式多樣而活潑，每期約在120頁以外，每月的15日發(fā)行。所辟欄目計有9種：社說、學(xué)說、科學(xué)、思潮、批評、記事、雜徂、文苑和問答。社說一欄為：“發(fā)揚(yáng)本旨、痛斥時弊”；學(xué)說一欄以“闡明新理宏揚(yáng)舊學(xué)”，計分10門：教育學(xué)、倫理學(xué)、心理學(xué)、哲學(xué)、佛教、國學(xué)、群學(xué)、名學(xué)、美學(xué)和生物學(xué)；科學(xué)一欄是“編輯各種科學(xué)高等講義”；思潮一欄為“介紹當(dāng)代嶄新學(xué)說”；批評一欄為“扶導(dǎo)流俗”，分社會和圖書二部；記事一欄是“報告東西學(xué)界之動靜”；雜徂一欄是“選載趣味濃厚、思想高尚之小說等類”；文苑一欄刊載詩詞；問答一欄解答“閱者懷疑”。

《教育》雜志在日本東京出版印刷，由上海四馬路開明書店總經(jīng)銷。除發(fā)行國內(nèi)，還銷售中國香港、南洋、歐美、日本各地，在當(dāng)時有一定的影響。

《教育》雜志是了解張東蓀在日本東京留學(xué)期間思想轉(zhuǎn)變和發(fā)展的一個窗口。在創(chuàng)刊號上，他發(fā)表了《心理學(xué)懸念》（與藍(lán)公武合譯）、《催眠心理學(xué)》（與藍(lán)公武合編），并節(jié)譯了達(dá)爾文的《物種由來》。在第2號上，他又發(fā)表了用掌握的科學(xué)知識探討哲學(xué)問題的習(xí)作《真理篇》。盡管《教育》雜志僅出2期便?？?，但從中可以看出，張東蓀在留學(xué)日本期間，關(guān)注的是西方科學(xué)和西方哲學(xué)，在西方科學(xué)方面，尤其關(guān)注于西方的心理學(xué)。