自從明末以來，山東一省地方性的農(nóng)民起義連綿不斷，明朝廷的統(tǒng)治已經(jīng)很不穩(wěn)固。大順政權接管該省后，由于實行免賦政策，派遣的官員奉公守法，吏治嚴明，受到當?shù)刎毧喟傩盏膿碜o。原先所謂的“土賊”有的自行解散歸農(nóng)，有的改編為大順政權的地方武裝，一度出現(xiàn)了多年未見的平靜局面。大順軍主力西撤后，明朝官紳乘機顛覆大順地方政權，實行反攻倒算，許多地方的農(nóng)民又自發(fā)地組織武裝同官紳勢力作對。如靠近北直隸的冠縣在大順縣令逃跑后，有“土賊裴守政、馬瑞恒、劉桐相等蜂起”，兩年后才被清政府鎮(zhèn)壓下去。膠東地區(qū)隨著大順政權的瓦解也陷入一片混亂之中，許多地方在當?shù)亓x軍控制之下，原明朝設置在登州的防撫曾化龍也掌握部分兵力，盤踞地方。五月間，靈山衛(wèi)義軍張大雅、張千出、韓繼本，高密縣義軍單之賞、張宇等部圍攻膠州。六月初六日，曾化龍派登州守將滕胤玉等統(tǒng)兵擊退義軍，解膠州之圍。昌邑縣土豪李好賢率眾向曾化龍投降，張大雅、張千出被擒殺。可是，曾化龍得知清軍占領京畿以后，卻丟下防守地區(qū)，同膠州知州郭文祥一道航海南逃。膠東地區(qū)處于無政府狀態(tài)。清廷在這年秋天任命柯永盛為膠鎮(zhèn)總兵，輕而易舉地接管了該地。這一地區(qū)的義軍膠州韓繼本，高密單之賞、張宇，即墨黃宗賢、周六、丘尚佐、王爾璽，平度搭毛、翟五和尚、張廣等部先后被柯永盛部清軍掃滅?！都茨h志》載：“無賴賊郭爾標倡眾為亂，諸孽附之。賊之在姑密膠東者亦相與為響應，眾十余萬，號十四營，環(huán)圍即墨。”當?shù)丶濕葡认蛎鞒賳T請援，毫無所得，改向清膠州總兵柯永盛求救，才將義軍擊潰。其時聲勢特別浩大的是兗州府、濟寧州、曹州府以至沂州府屬蒙陰縣一帶的農(nóng)民起義。嘉祥滿家洞有宮文彩“僭稱擎天王，擁賊二萬有奇”，傅家樓等地還有馬應試（大順政權授掌旅之職）、李文盛、宋二煙、楊鴻升、楊之華、閻清宇等領導的武裝，為眾不下數(shù)萬。在大順軍西撤后，他們?nèi)匀弧皥允履骊J”，“安心附逆，旗幟之上大書闖賊年號”。順治元年九月，清山東巡撫方大猷在“為塘報事”揭帖中寫道：“嘉祥地方滿家洞土寇聚眾數(shù)萬攻破馮家等堡二十余處，殺人不計其數(shù)，捕官率領鄉(xiāng)兵俱被殺傷，勢甚緊急，恐該縣被陷……”

面對各地風起云涌的反清運動，清朝委派的官員束手無策，七月間巡撫方大猷在啟本中說：“今則無百姓、無官、無兵，而總因無餉。雖奉令旨準免三分之一，部臣王鰲永復推廣德意請免新、練二餉。臣又除去荒地，止就成熟者姑征一分。然究竟民無以應也。久已拋棄農(nóng)業(yè)，漸有從賊巢中觀望來歸，而一旦聞有開征之示，掉臂而返，有以相率從賊為得計者。此開征兩字求之一百四州縣中不過十數(shù)處耳?！狈酱箝嗟膯⒈菊f明了山東百姓留戀大順政權的免征賦稅，才以永昌年號為旗幟奮起抗清，這和當?shù)孛鞒偌澋膭酉蛘孟喾?。它還清楚地反映了清廷雖然在名義上接管了山東，統(tǒng)治力量卻非常單薄。

這年九月二十九日發(fā)生了青州之變。事情的經(jīng)過是，原屬大順政權的一支軍隊同主力失去了聯(lián)絡，在旗鼓趙應元和投降了大順政權的明朝官員楊王休率領下來到青州。九月二十九日晨以入城拜會為名，乘機奪門而入。當時清廷委任的招撫山東、河南戶、工二部侍郎王鰲永正在城內(nèi)，趙應元派步兵上城頭擺垛，自己帶著騎兵直入王鰲永的部堂轅門。王鰲永以為趙應元是率部前來歸降，突然看到兵將持刀露刃蜂擁而進，倉皇躲避到上房。后來聽見人聲鼎沸，“城內(nèi)震地”，又翻過院墻藏到姓房的鄉(xiāng)紳家中。趙應元下令搜捕，“揚言拿獲部堂者賞金五十兩，拿獲部堂下官一員者賞銀十兩”。王鰲永被軍士搜獲，趙應元下令把他處斬。

趙應元的收復青州，并不是為了重建大順地方政權。據(jù)文獻記載，他自己聲稱：“我也不愿做皇帝，只是扶立明朝一人?！鼻迳綎|巡撫方大猷的題本中說他以“擁立衡藩為號召計”，定于十月初八日“扶衡王坐殿”。這位衡王卻是個膿包，他在七月間已在王鰲永招誘下向清廷獻上降書，惟恐趙應元擁戴復明將召來殺身之禍，只知“涕哭，眼腫如桃”。趙應元為了增強抗清力量，“四門豎旗招兵：有馬給銀四兩八錢，騾兵給銀三兩八錢，步兵一兩八錢，外加一錢”。山東昌樂、壽光等縣的抗清武裝首領趙慎寬、秦尚行、郭把牌、翟五和尚都派人來青州會商合作事宜。

青州事件發(fā)生后，在省會濟南的清山東巡撫方大猷惶惶不安，他手頭只有兵馬六百多人，防守省城還不夠，只好請求清廷發(fā)“真滿洲官兵一萬，星夜南馳”。清廷得報知道事態(tài)嚴重，派梅勒章京和讬、李率泰領兵趕赴山東。十月初六日，和讬、李率泰部到達濟南，初八日前往青州。早已降清的明青州守備李士元獻計智取，他同清廷委任的青州道韓昭宣等官紳暗中勾結(jié)，進入青州城內(nèi)充當說客。李士元對趙應元威脅利誘，勸他轉(zhuǎn)投清方，由巡撫上疏清廷解釋青州之變“只以總督虐民誅之，其余不戮一人，今復以全城歸命天子，則通侯之賞可立至矣”。趙應元果然受騙，帶了甲士數(shù)百名出城同清將和讬等會面，雙方鉆刀歃血對天起誓。當天晚上，趙應元在府城北門的瞻辰樓設筵，大張酒樂。清軍按李士元等約定的計劃，伏兵城外。席間炮聲突發(fā)，李士元、韓昭宣和隨從當場擊殺趙應元、楊王休，趙軍大亂。清軍擁入城中，格殺招降余黨，青州的反清事件遂告失敗。