1644年五月，大順軍西撤以后，山東、河北等地的大順地方政權(quán)被明朝官紳顛覆；清軍占領(lǐng)了北京附近地區(qū)，由于強(qiáng)制推行剃頭等政策，京師附近的居民惶懼不寧，許多地方揭竿而起反對清朝的統(tǒng)治。三河縣、昌平州、良鄉(xiāng)、宛平、大興、霸州、東安、武清、漷縣、天津等地“盜賊”“千百成群”，以至“輦轂近地，幾同化外”，連京師所用的西山煤炭也因為道路阻隔無法運(yùn)入城內(nèi)。京師內(nèi)外百姓流言四起，盛傳清軍將有屠民之舉。多爾袞等清廷統(tǒng)治者一再辟謠，安定民心，同時派兵遣將進(jìn)行掃蕩，“輦轂之下，盜賊竊發(fā)，及至捕獲，少長盡置于法”，連“老稚不能彎弓操刃者”也濫加屠戮。在這種情況下，清廷需要一段穩(wěn)定自己在京畿地區(qū)的統(tǒng)治和養(yǎng)兵蓄銳的時間。何況大順軍尚扼守山西，清廷有所顧忌，不敢輕易以主力南下。因此，畿南、山東和豫東地區(qū)在兩三個月里處于近似權(quán)力真空的局面。

弘光朝廷的按兵不動，給清廷以可乘之機(jī)。早在五月十二日，清都察院參政祖可法、張存仁就上言：“山東乃糧運(yùn)之道，山西乃商賈之途，急宜招撫。若二省兵民歸我版圖，則財賦有出，國用不匱矣?！蓖露迦?，清廷派明降臣方大猷為監(jiān)軍副使招撫山東。六月初四日，又派明降臣王鰲永以戶、工二部侍郎名義招撫山東、河南。同月初十日，多爾袞派固山額真覺羅巴哈納、石廷柱統(tǒng)兵收取山東，十四日派固山額真葉臣領(lǐng)兵收取山西。覺羅巴哈納、石廷柱先聲奪人發(fā)出檄文說：“奉攝政王令旨，各調(diào)兵馬前往山東等處。所過地方官民出郭迎接，違者以抗師治罪?！蓖瑫r又以平西王吳三桂名義大張文告，云為安撫殘黎事稱“攝政王簡選虎賁數(shù)十萬南下，牌仰山東等處速速投降”。二十一日，巴哈納等帶領(lǐng)的清軍進(jìn)抵德州。朱帥和參預(yù)反叛大順政權(quán)的明朝官紳“仍欲拒命”，不愿歸附清朝。只是由于“濟(jì)王”部下都是些烏合之眾，又得不到龜縮于江淮一帶南明閣部史可法等人的支援，德州知州張有芳惟恐貽禍地方，到處游說，朱帥等被迫解散部眾，拜表歸順清廷。畿南、山東大批州縣就這樣拱手讓給了清朝。

值得注意的是，奉命收取山東的清軍不僅兵力有限，而且由于清廷也看出自己真正的對手是大順軍，所以二十九日覺羅巴哈納、石廷柱報告已平定了霸州、滄州、德州、臨清之后，多爾袞并沒有叫他們繼續(xù)南下，而是在七月初三日下令將覺羅巴哈納、石廷柱部調(diào)往山西，會同葉臣部合攻太原等地的大順軍。這兩部清軍調(diào)走以后，王鰲永、方大猷臨時拼湊了一些散兵游勇，不僅戰(zhàn)斗力單薄，數(shù)額也只有幾千人。順治元年七月初三日清兵部右侍郎金之俊報告：“山東全區(qū)，并無一賊”，“但目下雖幸無賊，獨苦無官”。奉硃批：“□（東）省并無一賊，撫臣亟當(dāng)推用。這事情吏、兵二部確議速復(fù)?！焙牍饩家晃镀步螅翢o進(jìn)取之意，王鰲永、方大猷僅憑清朝的聲威到處接管山東未附各州縣。七月十二日王鰲永啟本中說：“臣于六月二十九日在德州拜疏后，七月初一日行至平原，值恩縣土賊猖獗，恩、平兩縣相距二十余里，臣因留駐平原二日，遣官安撫。旋以省城（濟(jì)南）土賊告急，人心洶洶，歷城縣知縣朱廷翰絡(luò)繹遣人催臣入省。臣隨于初四日至禹城，初五日至濟(jì)南，土賊聞臣至，各望風(fēng)解散。臣亦分頭遣官宣布圣朝德意。即有一二頑梗，地方官自足制之，可以不煩大兵。”下文說第二天（初六日）明權(quán)德府事泰安王朱由率領(lǐng)明德藩各郡王宗室具表歸降，山東掌印都司蘇邦政、濟(jì)南府推官鐘性樸等文武官員、鄉(xiāng)紳也紛紛投順。隨后明朝署東昌道事工部主事于連躍以東昌府、臨清州歸附，青州府通判李懋學(xué)、推官彭欽以青州府城歸附，而當(dāng)時“省城營兵盡汰，中原全無，文武佐貳亦缺，無官可遣”。直到八月間山東許多地方仍不愿歸附清朝，例如距省會濟(jì)南僅三百余里的新泰縣在大順政權(quán)委派的縣令周祚鼎堅持下，六次拒絕王鰲永、方大猷的招降。在這前后山東各地百姓的反清義舉此伏彼起，都是一種自發(fā)的斗爭，從來沒有得到南明弘光朝廷的支持。