7月18日，毛澤東從武漢回到北京。情況隨即發(fā)生變化。有些文章曾說(shuō)毛澤東回京后只偏聽江青等人的匯報(bào)，導(dǎo)致作出撤銷工作組的決定。事實(shí)上毛澤東既聽了陳伯達(dá)、康生等人的匯報(bào)，也聽取了劉少奇等常委同志的匯報(bào)。而江青是7月20日才從上?；乇本?dāng)然她回京后也向毛澤東陳述了她的意見(jiàn)。

毛澤東在聽取匯報(bào)和看了“文革小組”提供的一些材料后，對(duì)運(yùn)動(dòng)的進(jìn)展情況表示不滿，認(rèn)為北京的文化大革命搞得冷冷清清，學(xué)生運(yùn)動(dòng)受到鎮(zhèn)壓，但最初還沒(méi)有提出撤工作組。直到7月23日，中共中央批轉(zhuǎn)總政治部《關(guān)于抽調(diào)軍隊(duì)干部支援地方文化大革命的請(qǐng)示》，其中還提出：“采取抽調(diào)干部參加地方四清的辦法組織工作隊(duì)，支援地方文化大革命。”毛澤東對(duì)此仍表示同意。

7月24日、25日，毛澤東先后找一些人談話，再次對(duì)前一段的運(yùn)動(dòng)提出批評(píng)，明確提出要撤銷工作組。參加24日談話的主要是“中央文革小組”成員，25日談話時(shí)又增加了來(lái)北京出席中共八屆十一中全會(huì)預(yù)備會(huì)議的各中央局書記。毛澤東在聽取了江青等人的匯報(bào)后說(shuō)：“把工作組一撤，把黑幫停職反省就完了。這樣可以搞得快一點(diǎn)。有這么一段，運(yùn)動(dòng)冷冷清清，就是6月20號(hào)左右以后，有許多地方搞得冷冷清清。根本撤出來(lái)，另外派幾個(gè)人去當(dāng)觀察員。張承先這些人能不能搞好？能搞好就搞，不能搞就撤出來(lái)。”“現(xiàn)在不只是一個(gè)北大的問(wèn)題，而是一個(gè)全國(guó)的問(wèn)題。如果照原來(lái)那樣搞下去，是搞不出什么名堂來(lái)的?！薄肮ぷ鹘M一不會(huì)斗，二不會(huì)改，只會(huì)起阻礙運(yùn)動(dòng)的作用。”“許多工作組（當(dāng)然不是一切工作組），包括張承先的工作組，都是阻礙運(yùn)動(dòng)的，都要把它撤出來(lái)。”

7月26日，召開政治局常委擴(kuò)大會(huì)議，由新近從中南局調(diào)到中央任書記處常務(wù)書記的陶鑄傳達(dá)了毛澤東兩次談話的內(nèi)容。劉少奇、鄧小平等放棄了原來(lái)的意見(jiàn)。會(huì)議最后決定撤銷工作組。第二天，“中央文革小組”起草了撤銷工作組的決定，毛澤東親自作了修改。7月28日，由中共北京市委正式發(fā)出《關(guān)于撤銷各大專院校工作組的決定》，文件中注明，這一決定“也適用于中等學(xué)?！薄?/p>

7月29日，北京市在人民大會(huì)堂召開有一萬(wàn)人參加的全市大專院校和中等學(xué)校師生文化革命積極分子大會(huì)。李雪峰在會(huì)上宣讀了北京市委的決定。劉少奇、周恩來(lái)、鄧小平出席大會(huì)并講話。他們?cè)谥v話中都說(shuō)明派工作組是中共中央決定的，代表中央承擔(dān)了責(zé)任。劉少奇說(shuō)：“派工作組是中央決定、中央同意的?，F(xiàn)在發(fā)現(xiàn)，工作組這個(gè)方式不適合于當(dāng)前無(wú)產(chǎn)階級(jí)文化大革命運(yùn)動(dòng)的需要，中央決定撤退工作組?！薄肮ぷ麝?duì)員過(guò)去這一段時(shí)間的工作是在你們學(xué)校里面作的，他們犯了錯(cuò)誤或者作了好事，是在你們學(xué)校里面作的，成千上萬(wàn)的人看到了，你們都清楚。當(dāng)然，各學(xué)校工作組的工作，不會(huì)是一樣的，或不完全一樣的，正如鄧小平同志剛才說(shuō)的，工作組有好的，比較好的，或犯有嚴(yán)重錯(cuò)誤的?！?/p>

7月29日大會(huì)之后，北京和全國(guó)各地都相繼撤銷了工作組。劉少奇、鄧小平多次在各種場(chǎng)合承擔(dān)了派工作組的主要責(zé)任。由于各學(xué)校的黨委早已癱瘓，工作組撤走后，原先設(shè)想的“文化革命委員會(huì)”之類的機(jī)構(gòu)也因?yàn)槿罕姺至殉蓛膳啥闪⒉黄饋?lái)，造反派因此更加肆無(wú)忌憚。學(xué)校處于無(wú)政府狀態(tài)，并迅速蔓延到全社會(huì)，局勢(shì)急劇惡化。

工作組撤走了，工作組問(wèn)題卻還沒(méi)有完。稍后，毛澤東對(duì)工作組提出更為嚴(yán)厲的批評(píng)，認(rèn)為工作組犯了方向、路線錯(cuò)誤。8月1日，他在中共八屆十一中全會(huì)上插話說(shuō)：“工作組不管怎么樣是做了壞事，一不能斗，二不能批，三不能改，……起一個(gè)鎮(zhèn)壓群眾、阻礙群眾的作用，起了個(gè)壞作用。一般說(shuō)，就是百分之九十以上的工作組干盡了壞事?！苯?、陳伯達(dá)、康生等在這一期間連續(xù)到各學(xué)校煽風(fēng)點(diǎn)火，鼓動(dòng)造工作組的反。很多工作組成員遭揪斗。以后，工作組又被作為資產(chǎn)階級(jí)反動(dòng)路線的具體體現(xiàn)和劉少奇的一大罪狀，受到了長(zhǎng)時(shí)間的批判。