大辯論后，商鞅開始實施“霸道之術”，他的變法分為三個階段，分別是農(nóng)耕、軍戰(zhàn)和中央集權，其最終的結果是把秦國變成了一個無比強大而恐怖的戰(zhàn)爭機器。

商鞅推出的第一個改革法令是《墾令》，其中心思想就是讓整個秦國成為一個大農(nóng)場。商鞅認為，治國之要就是讓民眾“歸心于農(nóng)”，大家都去耕地了，民風就樸實而純正，國力就可強大。在《墾令》中，有20種具體的辦法鼓勵及資助農(nóng)耕。

要讓國民都去種地，就必須堵住其他的出路。在歷代治國者中，商鞅也許是最仇視商人及商業(yè)流通的一位，他視之為“國害”。在《算地》一文中，他寫道，如果技藝之士（手工業(yè)者）得到重用，那么民眾就會取巧并喜歡到處遷徙，如果商賈之士得到重用，那么民眾就會議論紛紛并競相仿效，如此，則“田荒而兵弱”。所以，他提出了眾多限制商業(yè)的法令，其中不乏極端之舉。

比如，他嚴禁商人販賣糧食，同時禁令農(nóng)民購買糧食。在他看來，只要不允許糧食買賣，商人就無從得利——“無裕利則商怯，商怯則欲農(nóng)”。因為糧食不得流通，所以家家必須去種地，當家家都去種地，那么糧食產(chǎn)量必然提高。

為了防止商人的活躍，他多管齊下，從工商兩端一起著力。

中國歷代思想家，無論哪一學派，一般都主張輕稅，唯有商鞅獨樹一幟，堅持重稅政策，而且非農(nóng)產(chǎn)業(yè)的征稅一定要多，市場貿(mào)易的租賦一定要重——“不農(nóng)之征必多，市利之租必重”。他認為，只有“重關市之賦”，加重商品的流通稅，才能讓商人產(chǎn)生“疑惰之心”。秦國的租稅有多重，迄今已無完整記載，不過商鞅曾提出，大幅提高酒肉的價格，按原價征課10倍的捐稅。由此類推，稅率之高可以想見。

商鞅還主張礦山國有化，把“山澤之利”全部收歸國家，這既可以增加國庫收入，又阻擋了一條非農(nóng)的發(fā)財之道。按他的說法，“把礦山收歸國有了，那些不愿耕作、懶惰刁鉆、追求暴利的民眾就丟掉了飯碗，不得不重新回到田里去種地”。由這段文字可見，商鞅把所有不愿意從事農(nóng)業(yè)的人統(tǒng)統(tǒng)歸類為“惡農(nóng)、慢惰、倍欲之民”。他還命令所有商賈的奴仆必須服役、所有在朝的官員不得雇請傭人，這樣一來，既提高了雇工的成本，又逼迫貴族子弟必須親自耕作。

商業(yè)之繁榮，關鍵在于人口流通，商鞅深諳其中奧秘，所以，他針對性地出臺了幾條極其嚴苛的法令。其一，他下令在全國進行戶籍登記，命令百姓不得擅自遷居，這是中國戶口登記制度的開端，迄今仍在沿用；其二，他出臺法令禁止私人經(jīng)營旅館業(yè)，目的是大大減少人口的流動。

此外，商鞅還對貨幣抱持敵視的態(tài)度——這是古今中外所有計劃經(jīng)濟主張者的“傳統(tǒng)”。他對貨幣和糧食有一種很奇特的看法，在他看來這兩者是互相排斥的，“貨幣活躍了，糧食就萎縮；糧食豐裕了，貨幣就沒有用了”——“金生而粟死，粟生而金死”。如果有1斤銅“生”在國境之內(nèi)，就會有12石的粟“死”在境外；如果有12石的粟“生”在國境之內(nèi)，則1斤銅“死”在境外?！霸谒兎ǖ?0余年中，秦國一直是以物易物，直到他死后3年，才開始鑄幣，由此可見，秦國的商業(yè)流通在各國之中是非常落后的。

商鞅的這些變法，前不見古人，用司馬遷的說法，”卒用鞅法，百姓苦之，居三年，百姓便之“。也就是，變法實施之后，民怨沸騰，3年之后，居然大見成效。

秦孝公見變法初戰(zhàn)告捷，當即任命商鞅為左庶長。庶長為秦國最高行政官員，分大庶長、右庶長、左庶長和駟車庶長四職，其中只有左庶長一職可由非王族大臣擔任。

商鞅開始第二輪更為廣泛且深刻的變法。其中最重要的政策，就是建立了軍爵制度。