5月8日，臨時(shí)中央決定中革軍委從前方移到瑞金，在前方組織中國(guó)工農(nóng)紅軍總司令部，朱德為中國(guó)工農(nóng)紅軍總司令兼第1方面軍總司令，周恩來(lái)為中國(guó)工農(nóng)紅軍總政治委員兼第1方面軍總政治委員。這年1月，中共臨時(shí)中央負(fù)責(zé)人博古、洛甫（張聞天）等從上海到達(dá)中央蘇區(qū)，其后中共蘇區(qū)中央局與中共臨時(shí)中央合并，臨時(shí)中央直接領(lǐng)導(dǎo)中央蘇區(qū)的工作。

6月30日，中央革命軍事委員會(huì)根據(jù)中央指示，發(fā)布了關(guān)于決定“八一”為中國(guó)工農(nóng)紅軍成立紀(jì)念日的命令。命令指出：1927年8月1日發(fā)生了無(wú)產(chǎn)階級(jí)政黨——共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的南昌起義，這一起義是反帝的土地革命的開(kāi)始，是英勇的工農(nóng)紅軍的來(lái)源，為了紀(jì)念南昌起義與紅軍成立，特決定自1933年起，每年8月1日為中國(guó)工農(nóng)紅軍成立紀(jì)念日。7月11日，中華蘇維埃共和國(guó)臨時(shí)中央政府批準(zhǔn)這一決定。

1934年1月，在瑞金召開(kāi)了中華蘇維埃共和國(guó)第二次全國(guó)代表大會(huì)。2月3日，在中華蘇維埃共和國(guó)中央執(zhí)行委員會(huì)第一次會(huì)議上，周恩來(lái)被選為中央執(zhí)行委員會(huì)主席團(tuán)委員和中央革命軍事委員會(huì)副主席。中央革命軍事委員會(huì)主席是朱德，另一副主席是王稼祥。

遵義會(huì)議后，周恩來(lái)長(zhǎng)期擔(dān)任軍委副主席，和軍委主席毛澤東，數(shù)十年間在軍事上始終親密合作，共商大計(jì)

1933年9月，共產(chǎn)國(guó)際派駐中國(guó)共產(chǎn)黨的軍事顧問(wèn)李德（原名奧托·布勞恩，德國(guó)人）從上海到達(dá)中央蘇區(qū)。第五次反“圍剿”初期，周恩來(lái)曾經(jīng)就作戰(zhàn)方針和戰(zhàn)役部署問(wèn)題與博古、李德等人進(jìn)行過(guò)多次爭(zhēng)論，觸怒了博古、李德。

11月20日，陳銘樞、蔣光鼐、蔡廷鍇、李濟(jì)深等人以十九路軍為主力發(fā)動(dòng)福建事變，反對(duì)蔣介石，蔣介石調(diào)“圍剿”軍入閩對(duì)付他們。12月13日，周恩來(lái)和朱德致電中革軍委建議調(diào)紅軍主力入閩與國(guó)民黨主力決戰(zhàn)。李德等不同意紅軍配合十九路軍作戰(zhàn)，卻將紅軍主力進(jìn)攻國(guó)民黨軍構(gòu)筑的堡壘線。20日，李德以統(tǒng)一前后方指揮為名，將周恩來(lái)、朱德調(diào)回后方，取消“前方總部”，并入中革軍委機(jī)關(guān)。周恩來(lái)、朱德失去了軍事指揮權(quán)。紅軍實(shí)際上由博古、李德指揮。周恩來(lái)曾經(jīng)說(shuō)自己到后方后，“李德成了總司令，我連參謀長(zhǎng)都不如，只是一個(gè)參謀處長(zhǎng)”。

廣昌戰(zhàn)役后成立博古、李德、周恩來(lái)組成的三人團(tuán)，主要是管軍事，只是徒有形式，實(shí)際是政治上由博古作主，軍事上由李德做主，周恩來(lái)只是負(fù)責(zé)督促軍事計(jì)劃的實(shí)行。第五次反“圍剿”中“左”傾錯(cuò)誤造成的結(jié)果，是喪失革命根據(jù)地，紅軍不得不進(jìn)行長(zhǎng)征。

中央紅軍長(zhǎng)征出發(fā)時(shí)，共有8萬(wàn)余人，到突破國(guó)民黨軍四道封鎖線，渡過(guò)湘江后，只剩下約3萬(wàn)多人。李德的錯(cuò)誤軍事路線，有利于蔣介石的堵截，紅軍損失不小。蔣介石要在湘江東岸消滅紅軍的企圖未能實(shí)現(xiàn)，就在紅軍原定計(jì)劃北去湘西的路上，集中十幾萬(wàn)兵力，布下了一個(gè)口袋，而這時(shí)博古、李德卻仍命令紅軍按原計(jì)劃去湘西與紅二、六軍團(tuán)會(huì)合。在這個(gè)危急關(guān)頭，毛澤東力主放棄原定計(jì)劃，改為向敵人兵力比較薄弱的貴州前進(jìn)，于是就有通道會(huì)議。