漢靈帝中平元年，黃巾軍起義爆發(fā)。為了鎮(zhèn)壓黃巾軍，漢朝各級政府紛紛出動軍隊鎮(zhèn)壓。曹操也被拜為騎都尉，受命與盧植等人合軍進攻潁川的黃巾軍。此戰(zhàn)中，曹操率軍大破黃巾軍，斬首數萬級，因此被升遷為濟南相。在濟南相任內，曹操治事如初。濟南國有縣十余個，各縣長吏多依附貴勢，貪贓枉法，無所顧忌，曹操之前的歷任國相皆置之不問。而曹操到職后，大力整飭，竟然奏免十分之八的官員，以至于濟南震動，貪官污吏紛紛逃竄，到后來“政教大行，一郡清平”。

黃巾之亂中，曹操與濟北相鮑信組成聯軍，全力鎮(zhèn)壓青州黃巾軍。然而黃巾軍驍勇精悍，人數眾多，而曹操軍少，所以每次都大敗而回。一次曹操帶領步騎數千人與黃巾軍交戰(zhàn)，結果被青州軍打得大敗。接著在壽張與青州軍交戰(zhàn)，又被打得大敗，鮑信也死于亂軍之中。曹操聽說鮑信陣亡后，痛哭失聲，他要求屬下一定要找回鮑信的尸體。但屬下找了一天，也沒有找到。曹操只得叫工匠用木頭雕刻成鮑信人像，穿上衣服去安葬。

曹操年輕的時候，被尚書右丞司馬防推薦為官，司馬防是司馬懿的父親。曹操的原意本是當洛陽令，但選部尚書梁鵠只是以他為北部洛陽尉，所以曹操心里懷恨梁鵠。曹操攻取荊州后，立即收捕梁鵠，梁鵠很是害怕，只能自己把自己綁住送上門去。幸好梁鵠的書法極好，被曹操看中，才幸免于難。后來曹操成為魏王，召司馬防到鄴城，與他歡飲，酒酣之時，未免得意：“孤今日可以作尉嗎？”司馬防回答得不卑不亢，頗有水平：“當日我舉薦大王時，大王只適合做一個尉?！辈懿俾牭竭@話后大笑。

曹操迎獻帝到許昌后，“挾天子以令諸侯”，東漢已名存實亡，宮中的守衛(wèi)和侍從其實都是曹操的人。伏壽寫信給父親伏完，陳說被曹操勢力威壓的情形，要求父親密謀誅殺曹操，但伏完不敢。伏完去世之后，這件事情也就成了秘密。不料建安十九年，伏壽當年的圖謀泄露，曹操大怒，命尚書令華歆領兵入宮捉拿伏壽。伏壽躲在墻壁之中，但仍被華歆發(fā)現拉出，經過外殿時見到獻帝，伏壽哭著說：“不能救救我嗎？”獻帝回答：“我亦不知我何時會死。”最后伏壽被幽閉而死，伏氏宗族百多人亦被處死。

沛國名士劉陽見漢室衰微而曹操甚有野心，曾打算刺殺曹操，但沒有成事。曹操掌握大權后，要找他報這個仇，當時劉陽已死，曹操就通緝他的兒子。劉陽親屬舊友雖多，卻沒有一個敢收容他。唯有王朗收容了他數年，并多次在曹操面前為其求情。最后曹操終于赦免了他。

曹操宴請官員于水閣。時值盛夏，喚侍妾用玉盤進瓜。妾捧盤低頭以進。操問：“瓜熟否？”對曰：“極熟?！辈倥瓟刂Ｗ湍覇柶涔?。操又叫別妾進瓜。群妾皆驚，其中一妾聰敏，整容上前。操像剛才一樣問她，此妾對曰：“不生。”操怒，復斬之。再呼進瓜，無敢進者。一妾名蘭香，甚得曹操喜歡，眾妾皆謙讓不去，蘭香于是擎盤齊眉而進。操問曰：“瓜味如何？”曰：“甚甜?！辈俅蠛簦骸八贁刂?！”坐客皆拜伏請罪。操說：“大家安坐，聽我說明她們的罪過。前二妾吾斬之的原因，久在承應，豈不知進瓜必須齊眉而捧盤耶？及答吾問，皆開口字，斬其愚也！蘭香來未久，極聰慧，高捧其盤，是矣；復對以合口字，足知吾心。吾用兵之人，斬之以絕其患！”

曹操殺楊修之后，雖贈了許多物品給楊彪作為補償，但也無法彌補其喪子之痛?！逗鬂h書》記載，曹操問楊彪：“公何瘦之甚？”楊彪說：“愧無日（金日）先見之明，猶懷老牛舐犢之愛?！?