此時對岸的遷界海禁仍在持續(xù)中，甚至在1678年，康熙皇帝再一次下令禁海遷界，并委任剛剛由福建布政司破格提升上來的福建總督姚啟圣不惜一切代價嚴(yán)厲督辦。祖祖輩輩耕種的土地在一夜之間喪失了，而一海之隔的臺灣卻頻頻招手，于是那期間，泉州、漳州、惠州、潮州等地大批流離失所的百姓就冒險越過遷界線，絡(luò)繹不絕赴臺耕種。

沒有明確史料記載當(dāng)時臺灣究竟有多少人口。連橫的《臺灣通史》中說：“其時航海而至者十?dāng)?shù)萬人?！钡杜_灣省通志?人口篇》中卻認(rèn)為“當(dāng)時臺灣漢族人口大約為12萬”。而葛劍雄教授在其主編的《中國移民史》一書中，則估計“可能達(dá)到15萬人左右”。（連橫小注）

鄭經(jīng)其實(shí)也渴望建功立業(yè)，渴望把“虎父無犬子”這種說法有力地再證明一次，證明給天下人看。主政后，他把原先鄭成功建立的府縣制與官制進(jìn)一步完善，改“東都”為“東寧”，將天興縣、萬年縣升為天興州、萬年州，在澎湖安撫司之外，再設(shè)南北路兩安撫司，并把大陸的坊里制引進(jìn)來，這樣就形成了東寧政權(quán)一府、兩州、三司的行政區(qū)劃雛形。同時在漢人居住區(qū)建立起里戶籍保甲，在當(dāng)?shù)厣贁?shù)民族聚居地也設(shè)社管理。

有臺灣學(xué)者認(rèn)為，1661~1683年的23年間，來臺耕墾者達(dá)12萬人之眾。他們中大部分來自閩南泉州、漳州以及廣東等地。隨著人口的增加與耕地的擴(kuò)大，所開發(fā)的地區(qū)，從最初的臺南，漸漸往外延伸，中央山脈西側(cè)的淡水、新竹、大甲、彰化、北港、高雄等地逐一被拓墾。土地剛開墾時就一年三熟，不僅戍守之兵，就是當(dāng)?shù)鼐用褚泊蠖伎梢载S衣足食。那期間每年甚至有大約30萬擔(dān)的稻谷賣到日本、波斯一帶，也有人偷偷運(yùn)回泉州、漳州等地販賣。而往呂宋等東南亞一帶，則販賣去蘇木、胡椒、檀香、降香、蘇合香、象牙、丁香等各種香料，從日本購回的則是鉛銅、盔甲、器械等等。

臺南市北區(qū)大甲里曾有一座燒磚火窯，是來此開墾的大陸移民帶來的。不僅燒窯，那時包括制糖、制鹽、制瓦的技術(shù)也相繼傳來。比如制鹽方法，就從煎煮改成了日曬，令鹽的產(chǎn)量大幅提高。

這一系列舉措中，有一個人起了至關(guān)重要的作用，就是陳永華。

陳永華祖籍漳州龍溪縣石美村北門后山，生于1634年，比鄭成功小10歲，鄭成功很賞識他，給予很高評價，稱其是“當(dāng)世孔明”，并授予咨議參軍，令其輔佐鄭經(jīng)，讓鄭經(jīng)以老師之禮待他。顯然，陳永華很珍惜這份信任，鞍前馬后，他一直竭力為鄭經(jīng)出謀劃策。鄭經(jīng)也非常倚重他，主政后，將陳永華晉升為統(tǒng)領(lǐng)勇衛(wèi)，并加監(jiān)軍御史之職，讓其掌管大政，日后兩人還締結(jié)了兒女親家——鄭經(jīng)的長子鄭克臧娶了陳永華的小女兒為妻。

“深耕種，通魚鹽，安撫土番，貿(mào)易外國”，這個設(shè)想其實(shí)是鄭成功在世時就有過的，然后陳永華又接著往下做。1665年，當(dāng)海峽戰(zhàn)事還未一波波涌起時，陳永華就開始考察臺灣南北各社，將開墾情況大致弄清，回來后建議鄭經(jīng)頒布屯田制度，進(jìn)行屯田墾殖。之前鄭軍糧草供給主要仍依靠大陸沿海，如今除了遷界海禁外，更有清軍大兵壓境，曾經(jīng)的補(bǔ)給之路已經(jīng)基本斷絕。官兵上下不能忍饑出戰(zhàn)，而腳下土地那么多，又那么肥沃，卻白白空置那里。應(yīng)該把官兵派出去墾荒，應(yīng)該讓土地齊刷刷長出豐茂的莊稼來。