陳獨秀的辯護律師是他的好友章士釗。章士釗引經(jīng)據(jù)典、長篇大論，并以陳獨秀被中共開除黨，成為托派為辯護的基點，指出陳獨秀“國民黨取掎角之勢以清共也”。

陳獨秀聽罷立即起立聲明：“章律師之辯護全系其個人之意見，并未征求本人同意……本人之政治主張，不能以章律師之辯護為根據(jù)，應以本人文件為根據(jù)。”讓章士釗尷尬難堪的“本人文件”即是《辯訴狀》。

為了應付這次審訊，陳獨秀早在2月2日就寫好了《辯訴狀》。這份文件從法理上將國民黨政府與國家作區(qū)別，稱“國民黨才是‘危害民國者’”，國民政府是“誤國政府”，這樣的政府如不早日下臺，“則必定會喪失國家前途”。他始終不承認自己已經(jīng)偏離了共產黨背棄了自己所信仰的主義，他認為自己是黨內反對派，即他的詩中所說：“黨外無黨，帝王思想；黨內無派，千奇百怪?！?/p>

陳獨秀和章士釗的辯訴，縱然有理有據(jù)，法院還是按著當局的旨意判處陳獨秀有期徒刑13年，剝奪公民權15年。宣判完畢，陳獨秀當場大聲抗議：“我是叛國民黨，不是叛國！裁決不公我要上訴！”

事后，老友柏文蔚曾對陳松年說：“你父親老了還是那個氣，想當英雄豪杰，好多朋友想在法庭上幫的忙也幫不上?！?/p>

當時陳獨秀已經(jīng)53歲，這也是他一生之中第五次被捕入獄。

不過，黨史學界對陳獨秀一生被捕的次數(shù)有四次和五次之說，陳長璞取信的是“五次說”。爭議的是1913年7月的第一次被拘是否算被捕。陳獨秀時任安徽都督府秘書長，協(xié)助都督柏文蔚參加討伐袁世凱的“二次革命”，卻因柏文蔚部下胡萬泰叛變而失敗，在途經(jīng)蕪湖時被駐軍在此的龔振鵬“繩綁”?！蛾惇毿愦髠鳌分呷谓湔J為，“被捕是司法術語，而這次陳獨秀被龔振鵬從座上客捆綁起來，與政權機關捕人性質不同”。所以他采信“四次之說”。

1934年，陳獨秀在獄中作詩《金粉淚》56首，詩中以翔實的歷史，借古諷今，抨擊了以蔣介石為首的四大家族的黑暗和腐敗統(tǒng)治，他在詩后落款則用“所謂民國二十三年”；在獄中為劉海粟大師《古松圖》的題詞：“黃山孤松，不孤而孤，孤而不孤，孤與不孤，各有其境，各有其圖，此非調和折中與孤與不孤之間也”及“行無愧怍心常坦，身處艱難氣若虹”；1937年應上海一位知名紳士甲原先生之請，陳獨秀題詞：“公理沒有強權，便是無力的廢物，強權不講公理，終于崩潰”。在陳長璞看來，爺爺?shù)膫€人魅力及革命決心在這里可以顯露出來。

在獄中的陳獨秀迎來了許多國民黨政要，他們以老朋友的身份勸其悔過，職位高的予以傳訊，職務低的前往探監(jiān)。1932年10月25日，軍政部長何應欽傳訊。陳獨秀稱之為“半談話半審問”，聽了陳獨秀對時局的看法和對中國共產黨的態(tài)度，勸其同政府合作，會見后還向陳獨秀“索書紀念”。此后，北大校長蔣夢麟、教育部次長段錫朋、鐵道部長顧孟余，以及陳公博、徐恩曾等先后前來“探監(jiān)”，條件是只要寫一個悔過書，就可以自由，但都是悻悻而歸。

魯迅評價陳獨秀說：“假如將韜略比做一間倉庫罷，獨秀先生的外面豎一面大旗，大書道：‘內皆武器，來者小心’但那門卻開著的，里面幾支槍，幾把刀，一目了然，用不著提防?！?