30日凌晨，起義軍主力利用黎明前的黑暗，主動撤出戰(zhàn)斗，退回揭陽。敵軍也因傷亡過大，同時引退，未敢追擊。然而，在起義軍主力正同陳濟棠部陷于苦戰(zhàn)中時，黃紹竑部已繞道插入起義軍后背，在30日突然沿韓江西岸向潮州發(fā)起襲擊。起義軍留守潮州的是第二十軍第三師的教導(dǎo)團一部，約1000人，都是新參軍、缺乏訓(xùn)練的學(xué)生，其中包括將近1/3的傷病員。此外還有第六團一個營的兵力來往潮汕之間協(xié)防。而來犯的敵軍卻有9000人之眾，兵力懸殊。潮汕又無險可守。黃昏時，潮州失守。汕頭原來就幾乎沒有防守兵力，也不得不在10月1日凌晨放棄。

潮州、汕頭既已失守，揭陽也必不保，起義部隊即從揭陽撤出，向海陸豐方向撤退。3日，起義軍領(lǐng)導(dǎo)成員周恩來、李立三、惲代英、彭湃、張國燾、譚平山、賀龍、葉挺、劉伯承、聶榮臻、郭沫若等在流沙（今普寧市）召開了一次決策性的會議。郭沫若后來在回憶中說：“從汕頭市夤夜撤退以后，到了流沙，在這兒已經(jīng)停留了一天一夜了。在第三天的中午，終于等到了兩位軍事負(fù)責(zé)人賀龍和葉挺的到來。首腦都聚集在天后廟里一間細(xì)長的側(cè)廳里開會，作著最后的決策。決策大體上已經(jīng)是商定好了的，只是在征求賀與葉的同意。”“主要是恩來作報告，他是在發(fā)著瘧疾的，臉色顯得碧青。他首先把打了敗仗的原因，簡單地檢討了一下?！薄鞍堰@些失敗因素檢討了之后，接著又說到大體上已經(jīng)決定了的善后的辦法——武裝人員盡可能收集整頓，向海陸豐撤退，今后要作長期的革命斗爭。這工作已經(jīng)做得略有頭緒了。非武裝人員愿留的留，不愿留的就地分散。已經(jīng)物色了好些當(dāng)?shù)氐霓r(nóng)會會友做向?qū)В謩e向?？诔吠?，再分頭赴香港或上海?！睍h進行中，發(fā)現(xiàn)村外山頭上有敵人，于是匆忙結(jié)束。

部隊離開流沙后，因為大路已被敵軍占據(jù)，只能排著長列，從鄉(xiāng)間小路走。西南行大約五公里，經(jīng)過蓮花山。這是一個三面環(huán)山的小盆地，地勢險要。第二十軍的第一、第二師剛越過這里，陳濟棠的主力第十一師從烏石趕到，將起義軍攔腰切斷，并據(jù)險對后續(xù)的總指揮部和第二十四師猛烈伏擊。周恩來和賀龍、葉挺指揮部隊奮起還擊。但戰(zhàn)士們已經(jīng)連續(xù)作戰(zhàn)數(shù)晝夜，傷亡又太大；加上失敗使軍心受到嚴(yán)重影響，因而遭受突然襲擊后，部隊就逐漸失去控制，陷于混亂，很快被沖散了。革命委員會和起義軍領(lǐng)導(dǎo)人不得不分散轉(zhuǎn)移。