8月15日下午5時，約300名水兵上陸休閑購物，因為前兩日發(fā)生摩擦的緣故，街道常備巡警又從梅香警察署臨時調(diào)集2名巡警，使警力增至3名，加強(qiáng)繁華街道的巡邏。水兵們在酒屋、小吃店、貸座敷樓尋樂至夜，許多人仍沒有返回碼頭的意思，這在游廓歡樂街通宵尋歡也屬正常之事。一名清國水兵見兩名巡警在低語交談，便徑直迎面走了過去，從兩人中間穿過，稍許該水兵返回再次從兩人中間穿過。兩巡警為了不讓水兵無理取鬧，身體相互靠攏阻止水兵通過，該水兵則從后面迂回繞過。接著巡警繼續(xù)沿街行走，剛才的水兵又走上前來，故意與巡警擦碰，將巡警的帽子撞歪，該巡警忍了回去。這時又過來另外一名水兵，握緊拳頭在巡警的面部比劃說著什么，巡警不懂其意仍然克制忍耐。突然，水兵冷不防搶奪巡警的警棍，另一名水兵則從后面推擠，其他巡邏中的巡警見狀，立即跑過來制止水兵。雙方相互發(fā)生了肢體碰撞，進(jìn)而升級為打斗，頃刻間20余名清國水兵圍將過來參與亂斗。一名巡警見不抵清兵勢眾，踉踉蹌蹌跑回梅香警察署求援?？墒钱?dāng)日警察署的巡警為預(yù)防霍亂病，分別去各街道巡視去了，一時無法將人員集合起來，只好請求長崎警察署前來增援。長崎警察署緊急集合了一名帶劍巡警，8名帶警棍巡警趕到現(xiàn)場。此時現(xiàn)場已經(jīng)一片狼藉，200余人的水兵和周邊居民正在亂斗之中，從思切橋發(fā)展到廣馬場街、舟大工町一帶。

原來，清國水兵的騷動引起附近居民的憤怒，居民中散居的浪人武士拿出刀劍棍棒圍攻街內(nèi)的水兵，也有住民在樓上向清兵揚(yáng)潑沸水或投擲瓦片磚石，一時間亂斗現(xiàn)場雙方人數(shù)急增至近千人之多。亂斗在當(dāng)?shù)刈∶耖g引起恐慌，許多人攜家財或扶老攜幼逃離街町。聞訊趕來的巡警立即參入混戰(zhàn)，用刀劍警棍和清國水兵對戰(zhàn)。打斗中又陸續(xù)趕到外所的巡警，警方人數(shù)增加至30余人。不久局面得以控制，數(shù)名水兵被逮捕，其余水兵逃進(jìn)清國領(lǐng)事館內(nèi)。當(dāng)日惡斗結(jié)果1名巡警死亡，1名巡警重傷，居民多人負(fù)傷。清國水兵1人死亡，16人負(fù)傷。事件平息后，16日，2000余日本住民在清國領(lǐng)事館前抗議示威，引起兩國外交糾紛。

長崎事件的最終調(diào)查統(tǒng)計，日本巡警死亡2人，重輕傷26人。清國水兵5人死亡，6人重傷，38人輕傷。為表彰事件中堅持職守的警員，長崎官府向警部、巡警等32名當(dāng)事人頒賞，贊揚(yáng)他們在平息清國水兵騷亂中，為保護(hù)住民安全盡職盡力。

北洋水師寄岸長崎，李鴻章原本想利用這個機(jī)會，在日本民眾面前展示定遠(yuǎn)、鎮(zhèn)遠(yuǎn)巨艦，以此炫耀清國艦隊的強(qiáng)大。不想?yún)s發(fā)生水兵和當(dāng)?shù)厝藲返氖录?，?jù)提督丁汝昌的電報稱，有數(shù)名水兵被殺傷，李鴻章聞知勃然大怒。8月20日召見日本駐天津領(lǐng)事波多野章五郎，質(zhì)問事件的情況。以下是兩人的談話記錄。

李鴻章：“近來有否收到貴國的來信？”

波多野：“最近什么信函也沒有收到。”

李：“前日我國軍艦在貴國長崎寄港維修，帶兵官來電報告，我國水兵和貴國巡警間發(fā)生打架事件，我國水兵死傷多人，此嚴(yán)重事態(tài)備受我國政府關(guān)注?！?/p>

波多野：“這是什么時候發(fā)生的事情？因為何事引起打架？死傷多少人？”

李：“詳細(xì)情況和原因尚不甚明了。大概是本月16日（清陰歷），少數(shù)清艦水兵上陸購物入浴時發(fā)生的事情。在騷動中，我水兵死5人，傷41人，死傷合計46人。貴國的巡警亂暴至極旁若無人，實在令人憎惡，那些巡警應(yīng)該屬于長崎縣管轄的吧?！?/p>

波多野：“是的，應(yīng)該歸長崎縣管轄。貴國的兵艦有幾艘停泊在長崎？”

李：“有鎮(zhèn)遠(yuǎn)、定遠(yuǎn)、威遠(yuǎn)、濟(jì)遠(yuǎn)等數(shù)艘軍艦。倘若巡警歸長崎縣管轄，那么長崎縣官衙豈不是對我大清國等閑視之嗎？”

波多野：“上陸的水兵是否攜帶武器？水兵一般隨身不離的割繩小刀，騷亂時應(yīng)該是帶在身上吧？”

李：“據(jù)電報所云，水兵上陸時，帶兵官命令不準(zhǔn)許帶小刀上岸。如果我水兵攜帶器械，就不會傷亡四十余人了。貴國的巡警用日本刀，砍殺我手無寸鐵的水兵，令我大清國憤怒之極。為什么貴國長崎的警察見我清國人就如此憎恨？三四年前貴國巡警就殺害一名我清國人（明治十六年十月清國人在日吸食鴉片事件中遭殺害）。日前，艦隊帶兵官來電，請求即刻開戰(zhàn)，已經(jīng)被本官制止。當(dāng)然，開戰(zhàn)并非難事，我艦船之巨炮皆處于戰(zhàn)備狀態(tài)，隨時開戰(zhàn)都沒有問題。”