李鴻章沒有想到日方會(huì)提出如此苛刻的條件，即時(shí)抗議日方的無理要求。雙方僵持己見沒有結(jié)果，李鴻章要求三日猶豫時(shí)間，當(dāng)日會(huì)談結(jié)束。

3月24日第三輪和談會(huì)議。李鴻章決定暫時(shí)回避休戰(zhàn)議題，要求直接進(jìn)入媾和交涉，請日方開示和平條約案。伊藤表示倘若中止休戰(zhàn)條件案，以后將不再協(xié)議。雙方?jīng)Q定翌日轉(zhuǎn)入媾和談判議程。

可是就在當(dāng)日發(fā)生了一件震驚各國的大事件，李鴻章在返回驛館的途中，遭到自由黨系的青年小山豐太郎的暗殺襲擊，手槍子彈擊中李鴻章左眼下面頰。會(huì)談期間，由于日本警察正在鎮(zhèn)壓國內(nèi)的反政府運(yùn)動(dòng)，放松了對使節(jié)團(tuán)的安全保障，使得小山刺殺行動(dòng)得手。小山作案動(dòng)機(jī)代表了部分日本激進(jìn)分子的立場，主張日本在戰(zhàn)爭戰(zhàn)果尚不足夠的狀況下，過早與清國講和對日本極為不利。如果現(xiàn)在就將和平拱手讓予清國，就會(huì)養(yǎng)虎為患，大清帝國早晚會(huì)再度反目，故用暗殺李鴻章的手段阻止兩國的和談。小山的動(dòng)機(jī)雖然屬于個(gè)人行為，卻符合相當(dāng)多日本人的“恐清心態(tài)”。高齡的李鴻章作為大國特使，身赴敵地媾和談判，不但沒有受到相當(dāng)?shù)谋Ｗo(hù)禮遇，反而遭到勝利國一方的殺害行為，嚴(yán)重違反了萬國公法條例。深受震驚的日本天皇和政府內(nèi)閣，唯恐被國際社會(huì)指責(zé)為卑怯狹隘、喪失文明的野蠻國家。

暗殺事件的無禮待遇在國際社會(huì)引起軒然大波，協(xié)調(diào)和談的美國公使表示：“歐美各國對事件的感覺壞到了極點(diǎn)，向日本政府提出忠告，應(yīng)該立即同意李鴻章提出的休戰(zhàn)請求?！倍韲箵P(yáng)言：“本事件的發(fā)生，清國完全有理由請求列強(qiáng)干涉和幫助。”連日來日本全國民眾對日本人的國權(quán)主義恐怖行為表示憤慨和憂慮，媾和使團(tuán)收到大量來自日本國各地的慰問信、電報(bào)、慰問品，引接寺門前集聚眾多的慰問群眾。3月27日，天皇要求伊藤立即允諾休戰(zhàn)，并簽署了無條件休戰(zhàn)敕令。28日李經(jīng)芳代表在春帆樓與雙方簽署了日清休戰(zhàn)條約。但是日本堅(jiān)持把臺灣和澎湖列島排除于停戰(zhàn)地域之外，確保媾和談判進(jìn)程的籌碼。

4月1日第四輪和談會(huì)議。陸奧外相向清國代表開示媾和條約案，翌日病榻上的李鴻章對日方的和平條約中割地賠款案提出詳細(xì)反論文書，采用拖延戰(zhàn)術(shù)給北京政府更多的商討時(shí)間。朝廷上光緒帝和各大臣間意見不能統(tǒng)一，三國公使的調(diào)停也無法進(jìn)行。伊藤約見李經(jīng)芳，強(qiáng)調(diào)若出現(xiàn)談判破裂的情況，征清大總督將率大軍出兵清國，要求盡快答復(fù)日方提出的要求。

4月10日第五輪和談會(huì)議。會(huì)談在伊藤和李鴻章兩人之間進(jìn)行（陸奧患流感缺席），病榻上的李鴻章強(qiáng)硬反對日本關(guān)于割讓臺灣、遼東半島、2億5千萬兩戰(zhàn)費(fèi)賠償金的要求。伊藤提示在廣島的60艘送兵船正在整裝待發(fā)，昨夜至今晨已經(jīng)有20艘通過下關(guān)海峽，脅迫李鴻章13日前給予答復(fù)，李回答14日午后4時(shí)答復(fù)。此間，李鴻章每日給總理衙門發(fā)回大量電文報(bào)告會(huì)談進(jìn)展情況，往來的電報(bào)均被日方截獲破譯。伊藤完全掌握了清國決意回避談判破裂局面的底線，進(jìn)而采取了更加強(qiáng)硬的立場。

4月15日第六輪和談會(huì)議。11日、12日、13日間，李鴻章和伊藤在會(huì)議外頻繁傳遞文書繼續(xù)交涉。15日的第六輪會(huì)議持續(xù)進(jìn)行了5個(gè)小時(shí)，李鴻章堅(jiān)持要求緩和賠償條件，請求伊藤給老朋友留面子，伊藤仍然沒有做出讓步。李鴻章連發(fā)密電奏請朝廷，光緒皇帝同意簽約，下達(dá)“即遵前旨與之定約”的命令。無可奈何的李鴻章只能屈負(fù)清國天下之罵名，答應(yīng)伊藤翌日簽署條約。退出會(huì)談室時(shí)，李鴻章面對伊藤扔下一句“沒有想到閣下是這樣嚴(yán)酷執(zhí)拗之人”，憤然離去。

4月16日,內(nèi)閣書記官長伊東、外務(wù)大臣秘書官中田敬義和清國參贊官羅豐祿、伍廷芳，共同起草核對媾和條約的日文、中文、英文文案。4月17日上午10時(shí)召開第七輪和談會(huì)議，雙方在講和條約書、條約誤解防止議定書、威海衛(wèi)擔(dān)保占領(lǐng)及日軍駐在數(shù)量、占領(lǐng)費(fèi)用負(fù)擔(dān)別約、休戰(zhàn)延期至5月8日兩國皇帝條約批準(zhǔn)期限等文書上簽字，日清媾和條約即日成立。預(yù)定兩國皇帝批準(zhǔn)書的交換時(shí)間為5月8日，李鴻章請求休戰(zhàn)期限從17日延至21日，休戰(zhàn)同時(shí)適用于臺灣和澎湖列島。上午11時(shí)40分簽字調(diào)印式結(jié)束，國際法上清日戰(zhàn)爭終結(jié)。條約簽訂的當(dāng)日午后，李鴻章的清國使節(jié)團(tuán)速速離開了馬關(guān)歸國。