裝作自我感覺良好的朱棣，到了建文三年（1401），終于打出了最良好的局面，是年六月八日，朱棣已逼近南京，而一直自我感覺良好的朱允炆，此時卻終于爆發(fā)出了兇暴的一面。南京城里，左都督徐增壽暗通朱棣事發(fā)，得悉真相后，朱允炆火冒三丈，竟當(dāng)場揮劍，將徐增壽斬首。但對另一位該殺的人--連打敗仗的李景隆，朱允炆不但不殺，反而溫言撫慰，命他前往朱棣軍中媾和，沒想到媾和卻媾出了反效果--見風(fēng)使舵的李景隆，居然趁機(jī)投降了朱棣。六月十三日，李景隆里應(yīng)外合，打開了堅固的南京城門，朱棣大軍浩浩蕩蕩殺進(jìn)南京。在位三年的建文帝朱允炆，就這樣倒臺了。

朱棣進(jìn)南京后，六月十三日當(dāng)夜，建文帝朱允炆不知所終，有說死于大火，有說亡命天涯，而勝利者朱棣，從他奪取南京，到最終登基，一共隔了四天，即六月十七日才登基。這四天他做的最主要的事情，就是裝客氣，每天群臣們都上表“勸進(jìn)”，勸說朱棣稱帝。第一天，是朱允炆先前的兵部尚書如常“勸進(jìn)”，朱棣覺得分量不夠，客氣地拒絕了。第二天，是在南京的宗室諸王，外加原屬官員們“勸進(jìn)”，朱棣也覺得分量不夠，客氣客氣繼續(xù)拒絕了。第三天，是跟隨朱棣打天下的親信部將們集體“勸進(jìn)”，朱棣覺得分量還差點兒，客氣客氣還是拒絕了。第四天，前三天的所有人，一起上表勸進(jìn)，在勸進(jìn)的話里，甚至說朱棣如果不登基，天下老百姓就要傷心。朱棣覺得分量夠了，剛想不客氣地答應(yīng)。突然有一個人插嘴了：“殿下先謁陵乎，先即位乎？”（大王，你要當(dāng)皇帝，跟你爹說了嗎？）一語道破天機(jī)，朱棣慌忙醒悟，連忙跑到明孝陵，哭天抹淚地拜祭了一番，這才算順風(fēng)順?biāo)乩^承皇位。說這話的人，就是當(dāng)時的翰林院編修，后來號稱“三楊”之一的楊榮。

繼承皇位后的朱棣，被人詬病的一條，就是以極其殘酷的手段，殘殺建文帝時代的舊臣們，比如方孝孺、齊泰、黃子澄等人相繼被滅族，但對有些人，他卻殺其人而用其謀--卓敬。朱棣造反前，明朝廷在商議削藩問題時，大多數(shù)人都在商量先“削”誰，唯獨(dú)戶部給事中卓敬高瞻遠(yuǎn)矚，提出以“推恩”和“遷藩”相結(jié)合，即表面上不削弱藩王實力，卻建立由藩王子女平分藩王領(lǐng)地的繼承制度，同時將邊地藩王遷入內(nèi)地安置。這樣既達(dá)到目的，又不給朱棣造反口實。進(jìn)入南京后的朱棣，閱讀到當(dāng)時卓敬的奏折，欲收為己用，孰料卓敬見到朱棣后，當(dāng)場罵不絕口。朱棣雖然生氣，卻還是耐著性子，拿出管仲和魏征說事，但卓敬不為所動，反復(fù)說：“可惜皇上（建文帝）不用我的主意啊，我要去下面見先帝（朱元璋）評理啊！”最終卓敬被朱棣夷滅三族，朱棣感嘆說：“朱允炆養(yǎng)了這么多文官，也就卓敬一個人對得起他啊！”次年，朱棣全面推行卓敬生前的“推恩”＋“遷藩”政策。尾大不掉的藩王問題，就這樣在朱棣手中輕松解決了。