朱厚熜執(zhí)政時(shí)期的最大過錯(cuò)，誠如海瑞在罵他的那封《天下第一言事疏》里所說，就是二十年迷信修道，寵信奸臣，荒廢國家大事。而事實(shí)上，迷信修道的朱厚熜，對于國家大事還是抓得緊的，不上朝的他，每天晚上都會在他的行宮批閱奏折，他的重臣徐階就曾說：“皇上（朱厚熜）雖然多年不上朝，但是每一篇朝臣的奏折他都親自批復(fù)，而且批改得非常精到。天下的事，沒有一件不在他的掌握之中。”

性格狹隘嚴(yán)苛的朱厚熜，對于每個(gè)大臣都保持著極深的猜忌，他專寵二十年的內(nèi)閣首輔嚴(yán)嵩，曾對自己的兒子嚴(yán)世蕃說，每天覲見朱厚熜的時(shí)候，整個(gè)人都戰(zhàn)戰(zhàn)兢兢，生怕一點(diǎn)兒小錯(cuò)，就會招來大禍。而朱厚熜考評大臣的重要方式，就是對待道教的態(tài)度，他所信用的大臣，除了要為他處理國家大事外，更要幫他撰寫道教祭祀的專用文章--青詞，甚至還要幫他煉丹燒火。道教，不只是朱厚熜的信仰，更是朱厚熜控制朝局、駕馭大臣的手段。

朱厚熜在國家大事的抉擇上，他也把道教當(dāng)做最好的參謀，他許多重臣的悲劇，其實(shí)都來自于此。嘉靖中期名將--三邊總制曾銑，素來主張收復(fù)被韃靼人侵占的河套草原地區(qū)，朱厚熜最早同意這一方略，是因?yàn)樗玫澜糖蠛?，得出的結(jié)果是“大吉”，開戰(zhàn)后，曾銑果然旗開得勝。但事后不久，明朝西南就發(fā)生地震，朱厚熜再次求簽，得出的結(jié)果卻是：由于他擅開邊釁，以至于遭此災(zāi)難。朱厚熜連忙叫停戰(zhàn)事，而之后依然主張收復(fù)河套的曾銑，以及支持曾銑的內(nèi)閣首輔夏言，更雙雙遭到朱厚熜殺害。而曾銑被害兩年后，原本被曾銑打得屁滾尿流的韃靼可汗阿勒坦，悍然率軍南下，一路破關(guān)無數(shù)，居然打到了北京城下，釀成震驚大明的“庚戍之變”。

朱厚熜在位時(shí)面對的另一大邊患，就是東南沿海的倭寇肆虐。由于倭寇中許多成員，都是觸犯海禁的沿海走私商民，因此當(dāng)時(shí)與倭寇侵?jǐn)_相關(guān)的一個(gè)爭論，就是明朝是否應(yīng)該廢除“海禁”政策，開放海外貿(mào)易，以杜絕走私。朱厚熜一度堅(jiān)持海禁，并派名臣朱紈赴閩浙剿殺倭寇。嘉靖二十七年（1548），朱紈相繼在浙江雙嶼島和福建走馬溪搗毀倭寇據(jù)點(diǎn)，但初戰(zhàn)告捷下，朱厚熜卻因福建官員彈劾朱紈濫殺，在不經(jīng)調(diào)查的情況下就將朱紈治罪，導(dǎo)致得勝的朱紈含冤身死，治罪的理由，依然是他用道教“占卜”。七年以后，江南總督張經(jīng)，取得大破倭寇的王江涇大捷。但朱厚熜卻因?yàn)閺埥?jīng)戰(zhàn)前未聽他的指示，在作戰(zhàn)方略上擅自做主，即使張經(jīng)得勝，依然把張經(jīng)斬首。張經(jīng)死前，曾反復(fù)托人上奏，詳述作戰(zhàn)經(jīng)過，意圖以戰(zhàn)功免罪。朱厚熜聽后回答說：“你是在我的催促下才進(jìn)兵得勝的，到這個(gè)時(shí)候，還敢把功勞攬?jiān)谧约荷砩希俊苯Y(jié)果依然被害。大臣因打了勝仗被殺，在朱厚熜執(zhí)政時(shí)期，絕不止一例。