還應該看到，會理會議在毛洛關系、毛彭關系上的消極影響是深遠的。

毛澤東指責林彪的信是彭德懷“鼓動”起來的，是“右傾”。對此，彭德懷沒有申辯，采取了“事久自然明”的態(tài)度。1959年廬山會議上毛澤東又重提此事，林彪當場申明“那封信同彭德懷同志無關”，“寫信彭不知道”。直到這時，彭德懷才出來說明原委。關于劉、楊的電報，彭說，劉少奇寫好以后，“拿給我和楊尚昆簽字。我覺得與我的看法不同，沒有簽字，以劉、楊名義發(fā)了”。至于林彪的信，彭德懷說：在會理會議時才看到，事先“沒有同林彪談過話”，此信“與我無關”；在會上，“我也批評了林彪的信”。對毛的指責，彭說：“當時聽了也有些難過，但大敵當前，追敵又迫在金沙江了，心想人的誤會總是有的 我就沒有申明，等他們將來自己去申明。我采取了事久自然明的態(tài)度，但作了自我批評”。直到1959年廬山會議彭德懷被打成“反黨集團”、此事又成一大罪狀，他才感到這種坦蕩之風效果不好。彭德懷后來說：“在這二十四年中，主席大概講過四次，我沒有去向主席申明此事，也沒有去同其他任何同志談過此事。從現(xiàn)在的經(jīng)驗教訓來看，還是應當談清楚的好，以免積累算總賬，同時也可以避免挑撥者利用?！?/p>

張聞天是會理會議的主持人。他在會上代表中央批評下面，自己并沒有受到直接的、明顯的批評。不過，毛澤東聽了個別同志的猜測和判斷，卻一直認為是張聞天到三軍團去與彭勾結反他。這種誤解一直埋在毛澤東的心里，直到延安整風時才挑明。在1941年六七月間的一次小型談話會上，毛澤東批評張聞天的缺點，特別提到張聞天“在會理會議以前嚴重的政治動搖”，說張“當時挑撥軍隊領導同志林彪、彭德懷，反對 三人團 ，要林、彭來代替 三人團 指揮等等”。對此，張聞天當場表示“保留”。“當晚回家后，關于這件事曾寫了一封申明信給毛，但后來沒有發(fā)出。想事情沒有旁證，說也無用。”到1943年9月政治局會議上，毛澤東又一次“提及此事”。張聞天這回才認真對待。他“利用許多同志在延安的機會，做了一點調(diào)查工作”，在隨后寫的“整風筆記”中作了澄清：“現(xiàn)在大致可以判明，說我曾經(jīng)煽動林、彭反對三人團的話，是王稼祥同志的造謠?。?、彭二同志關于此事有正式聲明）”

在長征路上，大敵當前。會理會議的過火斗爭，懷疑、誤解，都沒有影響中央領導同志和紅軍高級將領團結對敵。在延安整風期間，對于全黨來說，這也并非大事，說過以后也就算了，并沒有特別去做結論。不過，會理會議在毛洛關系、毛彭關系上卻有相當深遠的影響。誤解延續(xù)到延安整風，確鑿的事實也未能真正驅散這團疑云，而1959年廬山會議上對彭德懷、張聞天的錯誤打擊，不能不說也蒙有會理會議的陰影。