葡萄牙國王批準之后，廣東地方政府開始與葡萄牙方面接觸，但一直是在私下運作，中央政府并不知情，后來中央政府官員知道后也并沒有告訴皇帝。直到嘉靖四十三年（1564年）這件事情才被嘉靖知曉，為此，龐尚鵬上《陳末議以保海隅萬世治安疏》詳細講述了廣東地方政府與葡萄牙人談判的經(jīng)歷，特別是澳門問題。

奏疏道：自從朱紈將葡萄牙人趕出浙江之后，葡萄牙人就重回廣東。葡萄牙在中國的貿(mào)易據(jù)點在1557年開始轉(zhuǎn)移到了澳門。

為什么地方官員不上報呢？為何允許葡萄牙人常駐呢？

奏疏解釋道：當(dāng)時的守澳官官衙設(shè)在香山縣，其上是“領(lǐng)番夷市舶”的海道副使。在軍事上的設(shè)置是香山守御千戶所，它歸屬于廣海衛(wèi)。其時，“守澳官”為王綽，是嘉靖朝的武舉人，襲祖職為宣武將軍。其后升為昭武將軍，鎮(zhèn)守澳門。因為，葡萄牙人愿意照章納稅通商并且合法經(jīng)營，王綽便同意葡萄牙人居澳門，并上奏上司海道副使汪柏，其后汪柏同意葡萄牙人來華貿(mào)易以及在澳門停留。王綽為了防止葡萄牙人鬧事兒，便在葡萄牙人所居之地的旁邊設(shè)立軍營一所。朝夕進行軍事演練，以武力威懾。見葡萄牙人確實沒有違法亂紀之舉，便同意他們常駐澳門。但需要一切聽從香山縣的指令，葡萄牙官吏成為我大明地方夷官。

龐尚鵬專門向皇帝講述了澳門問題的來龍去脈后，朝中官員便開始議論如何對待葡萄牙人。一種以廣東官府為代表的地方官集團，他們主張給予葡萄牙人居留權(quán)。一種以俞大猷為代表的軍方勢力，他們主張驅(qū)除葡萄牙人?？蛇@時的葡萄牙人竟然煞有介事地選起了澳門地方行政長官。但是，因為被朱紈打得慘敗的記憶過于深刻，同時也意識到中國的強大，更重要的是，葡萄牙在與西班牙、荷蘭、英國的競爭中，已經(jīng)處在下風(fēng)，所以，葡萄牙人為了自己的利益必須要和中國站在一起。

為了討好明政府，私自選出來的澳門地方行政長官佩雷拉，于1564年主動請求協(xié)助明朝政府軍鎮(zhèn)壓潮州的柘林兵變。因為常年剿倭，政府和軍隊貪污盛行，軍士們挨餓受凍卻沒有軍餉、軍糧，以至于兵士們怨聲載道，終于釀成兵變。兵士們進攻廣州，要求政府補軍餉發(fā)糧食。佩雷拉迅速派人找到提督侍郎兼右僉都御史吳桂芳，以接受葡萄牙使團進京和準許天主教入華為條件，幫助官軍剿滅兵變。

俞大猷同意接受這一建議，并派人前往澳門進行具體商談。1564年9月27日葡萄牙方面作出決定：出兵馳援，刻不容緩!