為此，俞大猷答應重賞葡萄牙援軍，并對其商品免商業(yè)稅一年。佩雷拉和葡萄牙駐日本航線掌管梅洛各組兩支艦隊協(xié)助明政府軍。然而，其后俞大猷并未按約定給予葡萄牙人賞賜，反而力勸吳桂芳借此進攻澳門，驅逐所有葡萄牙人。吳桂芳并未同意，但在俞大猷的催促下，在澳門周邊地區(qū)加大軍事力量部署。而這時，對澳門的政策在中央層面已經確定：準許通商貿易的同時嚴禁私通。

與此同時，萬歷初年的地租銀政策開始廣泛施行。為了保障地方財政收入，地方官員達成了共識，將澳門出租給葡方。每年給付租金500兩，其后租金一度升到每年1萬兩，之所以這樣就是因為商業(yè)貿易的發(fā)達。這種交付租金的做法一直持續(xù)到道光二十九年（1849年），葡萄牙方面見到中國很孱弱便放棄了“地方政府”這一角色，并拒絕繳納租金。

在租借期內，廣東地方政府仍然對澳門進行有效行政統(tǒng)治。地方官員為防止出現事端，被中央以“通番”查處，對葡萄牙人的居住地帶進行了嚴格限制，并重兵看護。

1582年新任兩廣總督張居正的親信陳瑞則在接受了大量賄賂之下，默許了這件事。

1583年陳瑞將葡萄牙在澳門的地方行政官員授銜為“夷目”，將葡萄牙官員納入中國地方官員序列。每年十一月冬至前后，香山縣派人前往澳門征稅。

萬歷三十六年（1608年）香山縣知縣蔡繼善制定了《制澳十則》，萬歷四十二年（1614年）海道副使俞安性、香山知縣但啟元勒石發(fā)布了《海道禁約》，二者成為葡萄牙人在澳門必須遵守的地方法規(guī)。澳門的軍事、法律等都由中國地方官員管理，在澳門的葡萄牙人犯罪也由香山縣處罰。

可以說，澳門在明代仍然由中國管轄，只不過是由葡萄牙人作為中國鄉(xiāng)級地方官員進行管理。但是，到了鴉片戰(zhàn)爭之后，世界各國都想趁中國衰落之際弄些好處。葡萄牙人也不例外，在19世紀50年代以后，葡萄牙人所組建的政府機構就不再作為中國鄉(xiāng)級政權存在了。

可以說，在明代晚期，葡萄牙人自從被朱紈打怕了之后，就開始了與中國政府的密切合作甚至還協(xié)助中國政府對抗歐洲三強的侵略。