北洋軍中的直皖爭端直接影響到了北洋軍在前線的戰(zhàn)斗力，在北京政府內(nèi)部，馮國璋和段祺瑞兩人也是爾虞我詐。皖系主戰(zhàn)，直系為不讓皖系坐大而主和。直系的地方實(shí)力派曹錕等也通電表示主和。加上護(hù)法軍攻克湖南，引發(fā)全國性的護(hù)法運(yùn)動狂潮，直接導(dǎo)致了段祺瑞在1917年11月的下臺。

直系占上風(fēng)的北洋政府就向西南軍閥們伸出了橄欖枝，這對西南軍閥是一個(gè)誘惑。西南軍閥本就不想與北洋政府徹底翻臉，發(fā)動護(hù)法戰(zhàn)爭也只是為了自保，用武力對抗段祺瑞的武力“統(tǒng)一”政策，順便借孫中山的名頭擴(kuò)大地盤。在軍閥中，陸榮廷對孫中山的護(hù)法軍政府最為不滿，因?yàn)閷O中山駐節(jié)廣州，廣東原本是桂系在反袁護(hù)國運(yùn)動以后謀得的地盤，現(xiàn)在孫中山在那里大有“鵲巢鳩占”之勢，引起了陸榮廷的不安。加上孫中山作為大元帥，是護(hù)法軍的總代表，西南軍閥要與北洋軍閥談判交易，皆要通過他進(jìn)行，多有不便。所以在南北對峙暫時(shí)緩和后，西南軍閥就密謀組織所謂“各省聯(lián)合會”與軍政府分庭抗禮，又策劃“改組”軍政府，目的在于架空孫中山。

當(dāng)然，北洋軍閥也不會讓西南軍閥太好過。1918年1月，直系和皖系又達(dá)成了暫時(shí)的妥協(xié)，相約為北洋軍“找回面子”。北洋軍曹錕、王占元等部很快逼入湖南，護(hù)法軍則自湖南全面北進(jìn)，1月27日攻克岳陽。3月，段祺瑞卷土重來，三度出任總理。加上日本和美國在此前的1917年11月簽訂了《蘭辛 石井協(xié)定》，就中國的“門戶開放”問題達(dá)成了一致，日本無所忌憚地支持段祺瑞推進(jìn)“武力統(tǒng)一”。4月，北洋軍進(jìn)攻湖南，節(jié)節(jié)勝利，迫使失去桂系協(xié)助的湖南護(hù)法軍丟城棄地。

眼看北洋軍又要占到上風(fēng)時(shí)，北洋系統(tǒng)內(nèi)的直皖爭端再度白熱化。段祺瑞把湖南督軍之位授予皖系的張敬堯，令直系的兩名“南征功臣”吳佩孚和曹錕大為惱怒。曹錕于5月借口傷亡過重，拖延不進(jìn)，并以“養(yǎng)病”的名義帶著司令部拍拍屁股回了天津。而吳佩孚則公開聯(lián)絡(luò)張宗昌等直系將領(lǐng)，聯(lián)名通電，要求北洋政府停戰(zhàn)和談。

另一方面，西南軍閥架空孫中山的活動也在繼續(xù)進(jìn)行。1918年1月28日，海軍總長程璧光在廣州突然遇刺身亡。程璧光被刺一案較之“宋案”更為疑云重重。程璧光是海軍的核心，孫中山的同鄉(xiāng)。他支持孫中山一方面是出于同鄉(xiāng)情誼，另一方面也因?yàn)楹＼娭卸嘤袃蓮V人，與兩廣聯(lián)系較深。海軍是南方軍政府中除西南軍閥和孫中山以外的第三支力量，其依違倒向?qū)ξ髂险钟泻艽笥绊?。程璧光之死至少有三個(gè)嫌疑人：試圖除掉他以削弱孫中山力量的西南軍閥，試圖直接控制海軍的革命黨人和視之為眼中釘?shù)谋毖筌婇y。所以當(dāng)時(shí)三方就此案互相指責(zé)，令真相石沉大海。

可以肯定的是，程璧光的死，最受損失的是孫中山。原本手中無兵的孫中山本可以在西南軍閥之外再多一個(gè)選擇，或者以海軍制衡西南軍閥，而現(xiàn)在只能仰人鼻息。陸榮廷等拉攏國會議員和唐紹儀等行“改組”軍政府一事，他們拋出一個(gè)《中華民國軍政府組織大綱修正案》，規(guī)定廢除大元帥制，改為設(shè)“政務(wù)總裁”若干人，彼此之間都有平等地位，責(zé)任同負(fù)。孫中山向唐繼堯求援，唐繼堯不但不予理會，反而提議“遙戴黎、馮為大副總統(tǒng)，或認(rèn)馮為代理大總統(tǒng)，在南方組織軍務(wù)院或國務(wù)院，以行使職權(quán)。”1918年5月4日，非常國會正式通過了《修正軍政府組織法案》，孫中山在當(dāng)天提出辭職。國會在20日選舉孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯、林葆懌、陸榮廷、岑春煊為總裁，曾任清朝兩廣總督的政客岑春煊被推舉為主席總裁代理。這位岑春煊總裁一邊當(dāng)著南方軍政府的主席總裁，一邊領(lǐng)著北洋政府的俸祿當(dāng)高等顧問。5月21日，極度失望的孫中山離開廣州前往上海。第一次護(hù)法運(yùn)動徹底失敗。