皖南事變爆發(fā)后，中共參政員為表示強烈抗議，拒絕出席國民參政會二屆一次會議。沈鈞儒等救國會參政員決定與中共參政員“共進退”，抵制國民黨的倒行逆施。結果，1942年7月27日，在國民黨政府公布的國民參政會第三屆參政員名單中，將沈鈞儒和其他救國會參政員全部除名。1944年第四屆國民參政會召開時，也未恢復他們的參政員資格。但沈鈞儒毫不妥協(xié)，繼續(xù)為團結抗戰(zhàn)和民主憲政而斗爭。

當時，沈鈞儒在重慶與周恩來、董必武等中共領導人有了更多的聯(lián)系機會，并與中共進一步建立起了相互信任、相互支持、并肩戰(zhàn)斗的關系。“聽聽共產黨朋友的看法”是沈鈞儒在時局發(fā)展令人困惑時經常說的一句話。為此，有人譏之為“中共的尾巴”，沈鈞儒聽后回答說：“共產黨堅決抗日，為國為民，作這樣的‘尾巴’，不是很光榮嗎？”他甚至還曾對人講：“現(xiàn)在人民的痛苦，真是如水益深，如火益熱，惟中共才能拯民于水火之中。故我們必須跟著中共走，這是唯一正確的道路?！?/p>

抗戰(zhàn)勝利后，沈鈞儒又積極地投入到反對內戰(zhàn)、爭取和平民主的運動中來，并作為民盟代表參加了1946年的政治協(xié)商會議，堅決地與中共站在一起。隨后，他又通過調停東北內戰(zhàn)的切實經歷，進一步認識到：“調停失敗，責任完全在國民黨，蔣介石背信棄義……中共說話算數(shù)，說到一定做到，他們是真正為了人民，為了國家。還有一點，中共不僅方針正確，論人品，他們每個人都品質高尚，作風正派。魯迅生前曾說過，中國的希望在他們肩上，這一論斷完全正確。”

全面內戰(zhàn)爆發(fā)后，沈鈞儒始終堅持政協(xié)協(xié)議，拒絕參加國民黨一黨“國大”，更加堅定地站在了中共一邊。1947年3月，民盟發(fā)表《為國共和談正式破裂宣言》，沈鈞儒和章伯鈞在討論宣言稿時，曾反對宣言語意過于“中立”，不分是非，責備雙方。據(jù)黃炎培日記記載：“衡山、伯鈞等以語意太中立，多切責雙方。彼等一向不許一句話侵及中共者，故對此文百端阻止發(fā)表?！憋@然，這反映了沈鈞儒、章伯鈞在民盟內部是屬于親共的左派。

1947年11月，民盟被迫解散時，沈鈞儒心情十分沉重，反對在國民黨的劫持和威脅下屈服。民盟被迫解散后，沈鈞儒曾對周新民說：“民盟一定要搞下去，國內不能公開搞，我們只有去香港吧！”并表示：“我如走不脫，剃掉胡子也要走?！蓖?1月底，沈鈞儒在中共地下黨組織的幫助下，秘密離開上海到達香港。