1938年12月，汪精衛(wèi)叛國(guó)投敵，隨即在上海、南京開始緊鑼密鼓地籌組偽政權(quán)。馬敘倫的學(xué)生、國(guó)民黨軍委會(huì)參議姜紹謨于1939年秋從后方潛來上海做地下情報(bào)工作。馬敘倫置危險(xiǎn)于不顧，讓他住在自己家中，借以掩護(hù)他的工作。這時(shí)，馬敘倫的另一個(gè)學(xué)生陳公博則積極追隨汪精衛(wèi)，于1940年春來到上海，參加所謂“和平運(yùn)動(dòng)”。姜紹謨得知后，建議馬敘倫利用師生之誼，找陳公博談一談，希望能把他挽救回來。

馬敘倫向陳公博曉以民族大義，希望他懸崖勒馬，不要和汪精衛(wèi)同流合污，趕緊停止賣國(guó)行動(dòng)。陳公博卻辯稱，他雖主張“和平”，但不主張有行動(dòng)，還說要請(qǐng)老師出來幫忙。馬敘倫十分痛心地說：“我還是勸你不出來吧。我呢，早決定不出來。”1940年3月，汪偽“國(guó)民政府”在南京粉墨登場(chǎng)，陳公博出任偽“立法院長(zhǎng)”兼上海市長(zhǎng)。馬敘倫得知后怒不可遏，指出漢奸集團(tuán)最終必將被釘死在歷史的恥辱柱上。

此后，陳公博曾多次請(qǐng)人轉(zhuǎn)告馬敘倫，希望能夠邀約面談或準(zhǔn)前往拜訪，均被馬敘倫斷然拒絕。1941年12月，太平洋戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后，日軍進(jìn)占上海租界，馬敘倫生活陷入困境。陳公博得知后，派人送來大米和食品，馬敘倫急忙制止來人卸車，并說請(qǐng)回報(bào)“市長(zhǎng)”：“盛情已領(lǐng)，但大米不能收！”來人只好將物品原封不動(dòng)地帶回。

1944年春節(jié)，陳公博帶著禮品冒雨登門給馬敘倫拜年，馬敘倫再次勸其及早回頭，但陳公博卻越走越遠(yuǎn)，在汪精衛(wèi)死后繼其衣缽，代理偽國(guó)民政府主席，最終在抗戰(zhàn)勝利后被槍決。馬敘倫在抗戰(zhàn)期間，雖然身陷敵占區(qū)，但始終“威武不能屈”，“貧賤不能移”，保持了中國(guó)知識(shí)分子的氣節(jié)和品質(zhì)。

抗戰(zhàn)勝利后，馬敘倫積極反對(duì)內(nèi)戰(zhàn)，爭(zhēng)取和平與民主，并與王紹鰲（中共地下黨員）等人一起，于1945年12月30日在上海成立了中國(guó)民主促進(jìn)會(huì)。馬敘倫指出，“縱覽目前國(guó)是，非促進(jìn)民主不足以建永固之國(guó)基，本組織為發(fā)揚(yáng)民主精神以促進(jìn)中國(guó)民主政治的實(shí)現(xiàn)而發(fā)起，故取名中國(guó)民主促進(jìn)會(huì)”。

民進(jìn)成立后，隨即向1946年1月召開的政治協(xié)商會(huì)議發(fā)出了《建議書》，希望其能成為“解決一黨專政、奠定民主政治、捩轉(zhuǎn)整個(gè)中華民國(guó)歷史的革命會(huì)議”。馬敘倫也連續(xù)發(fā)表多篇文章，向會(huì)議建言獻(xiàn)策，會(huì)后又為維護(hù)政協(xié)協(xié)議進(jìn)行了堅(jiān)決的斗爭(zhēng)。