面對(duì)政協(xié)會(huì)議閉幕后一觸即發(fā)的內(nèi)戰(zhàn)形勢(shì)，1946年4月，馬敘倫公開撰文指出：“我始終認(rèn)為共產(chǎn)黨是不可能用武力消滅他的?，F(xiàn)在人民對(duì)他有了相當(dāng)?shù)恼J(rèn)識(shí)，青年和文化人趨向他，這不是可以小看他的。政府如果不能認(rèn)識(shí)這個(gè)對(duì)象，只想用武力解決共產(chǎn)黨，用特務(wù)壓制青年和文化人，這是俗話說(shuō)的自己栽刺，現(xiàn)在的時(shí)髦話是自掘墳?zāi)??！?/p>

為了反對(duì)內(nèi)戰(zhàn)，爭(zhēng)取和平與民主，1946年5月，在馬敘倫、王紹鰲等人的積極推動(dòng)下，包括中國(guó)民主促進(jìn)會(huì)在內(nèi)的上海52個(gè)社會(huì)團(tuán)體聯(lián)合成立了“上海人民團(tuán)體聯(lián)合會(huì)”，并隨即決定推舉代表赴南京，向國(guó)民黨政府請(qǐng)?jiān)?，呼吁制止?nèi)戰(zhàn)，實(shí)現(xiàn)和平。馬敘倫當(dāng)選為和平請(qǐng)?jiān)复韴F(tuán)團(tuán)長(zhǎng)。

1946年6月23日，馬敘倫率領(lǐng)上海人民團(tuán)體和平請(qǐng)?jiān)复韴F(tuán)，乘火車從上海出發(fā)到南京請(qǐng)?jiān)?，各界人?0余萬(wàn)人前往車站送行。但當(dāng)代表團(tuán)到達(dá)南京下關(guān)車站時(shí)，即遭到一群自稱“蘇北難民”的暴徒們的圍毆，馬敘倫頭上被打起四個(gè)大包，腹部被踢傷，昏倒在地，閻寶航、雷潔瓊等人也身受重傷，在場(chǎng)的大批警察憲兵卻一直袖手旁觀，從而造成了“下關(guān)慘案”。

正在南京談判的中共代表團(tuán)團(tuán)長(zhǎng)周恩來(lái)得知慘案發(fā)生后怒不可遏，于6月24日凌晨3點(diǎn)趕到醫(yī)院看望受傷代表。周恩來(lái)與每位受傷代表握手表示慰問，并說(shuō)：“你們的血是不會(huì)白流的?！碧稍诓〈采系鸟R敘倫拉著周恩來(lái)的手激動(dòng)地說(shuō)：“為了和平，這是預(yù)料到的，中國(guó)的希望，只能寄托在你們身上了！”還有民主人士更是直言不諱：“我過(guò)去總是盼你們少要些兵，少要些槍?，F(xiàn)在我說(shuō)你們的戰(zhàn)士不能少一個(gè)，槍不能少一支，子彈也不能少一粒?！?/p>

7月5日，毛澤東、朱德亦從延安致電慰問：“先生等代表上海人民奔走和平，竟遭法西斯暴徒包圍毆打，可見好戰(zhàn)分子不惜自絕于人民。中共一貫堅(jiān)持和平方針，誓與全國(guó)人民一致為阻止內(nèi)戰(zhàn)、爭(zhēng)取和平奮斗?！?/p>

“下關(guān)慘案”使馬敘倫進(jìn)一步認(rèn)清了國(guó)民黨蔣介石的本質(zhì)，從此更加堅(jiān)定地站在了中共一邊。李公樸、聞一多遇害后，馬敘倫嚴(yán)正表示：“我的歷史上一部分正和李聞兩先生相同，我自然準(zhǔn)備接受一顆子彈，但是我也預(yù)備送還他一顆原子炸彈?！薄懊裰魇怯肋h(yuǎn)封禁不了的?！?/p>

1946年底，馬敘倫提出一個(gè)重要觀點(diǎn)：“這一年來(lái)，表面是國(guó)共斗爭(zhēng)，實(shí)際是民主和反民主的斗爭(zhēng)?！薄敖窈笾挥忻裰髋c反民主之分，第三方面這一名詞應(yīng)已過(guò)去。”這在當(dāng)時(shí)國(guó)統(tǒng)區(qū)主張走中間道路的、自稱是第三方面的人士中，的確起到了振聾發(fā)聵的作用。