1936年夏天，侯仁之本科畢業(yè)，獲得文學(xué)士學(xué)位，并繼續(xù)留校攻讀碩士。同時(shí)，他被擔(dān)任歷史系主任的顧頡剛聘為系主任助理。第二年，盧溝橋事變爆發(fā)，日寇占領(lǐng)北平，積極宣傳抗日的顧頡剛被迫逃亡。侯仁之的學(xué)業(yè)還要繼續(xù)，便轉(zhuǎn)為洪業(yè)老師的研究生。

當(dāng)時(shí)，侯仁之的興趣已經(jīng)從歷史學(xué)轉(zhuǎn)向了地理學(xué)，洪業(yè)老師發(fā)現(xiàn)了這一點(diǎn)，不僅給予積極的支持，還建議他去英國的利物浦大學(xué)專攻地理學(xué)。

然而，由于歐洲戰(zhàn)爭的爆發(fā)，侯仁之未能如期成行。任教之余，他還被校長司徒雷登任命為輔導(dǎo)委員會(huì)的副主席；擔(dān)任主席的，是美籍教授夏仁德。。

那時(shí)，盡管日寇占領(lǐng)了北平，但由于燕京大學(xué)是美國教會(huì)創(chuàng)辦的學(xué)校，因此還能保持相對的平靜。司徒雷登和夏仁德雖然是美國人，但都堅(jiān)決支持中國人民的抗日斗爭。侯仁之在配合夏仁德工作的同時(shí)，進(jìn)行了一項(xiàng)更為重要的工作：秘密協(xié)助愛國學(xué)生通過各種途徑前往解放區(qū)或大后方，這項(xiàng)工作得到司徒雷登的大力幫助。據(jù)侯仁之回憶，在中共地下黨的安排下，僅經(jīng)他負(fù)責(zé)聯(lián)系而前往解放區(qū)的學(xué)生便有三批。

1941年12月7日，日本偷襲珍珠港，那是北平的12月8日凌晨。當(dāng)天，燕京大學(xué)被封，學(xué)生驅(qū)趕出校。緊接著，司徒雷登、夏仁德、洪業(yè)等二十余名教師和學(xué)生相繼被捕。侯仁之本已避往天津岳父家，也被押回北平。

他們先是被關(guān)在位于沙灘的原北大紅樓。與侯仁之同牢的是燕京大學(xué)學(xué)生孫以亮──即后來的著名電影表演藝術(shù)家孫道臨。一個(gè)多月后，因?yàn)槿湛苷也坏礁氐淖锩?，學(xué)生們獲得釋放，而侯仁之等11位燕大教職員提被轉(zhuǎn)移到炮局胡同的陸軍監(jiān)獄繼續(xù)關(guān)押。

牢獄生活殘酷而艱苦，年老體弱的鄧之誠老師因凍餓致病，侯仁之偷偷調(diào)換鋪位，移到鄧之誠旁邊，把自己的衣服給老師蓋上御寒，晚上則緊緊地貼在老師身邊，用自己的體溫溫暖老師。