南京位于河寬可達(dá)近六公里半的長(zhǎng)江南岸，四千年的古城。一九三一年的南京仍是藝術(shù)文化和工業(yè)的重心。國民黨政府接收太平天國天王在城里興建的宮殿，打通蜿蜒、狹窄的弄堂，代之以新的寬廣大馬路的過程早已展開。南京人口只有三十四萬，比上海少得多，沒有大型百貨公司、跑馬場(chǎng)和西方式的娛樂消遣。夏天時(shí)比起上海更熱，但是宋美齡和國民黨一些大員的內(nèi)眷不一樣，還是搬到南京住，在市郊紫金山、距雄偉的中山陵不遠(yuǎn)蓋了一棟房子，取名“小紅山官邸”（Mayling Palace）。她經(jīng)常出現(xiàn)在丈夫的辦公室，或是出城參加各種協(xié)助孤兒、殘障及陣亡士卒家屬的團(tuán)體活動(dòng)。有時(shí)候也陪蔣到前線。

但是宋美齡也憂愁。她在前一年八月流產(chǎn)，事后幾度陷入嚴(yán)重憂郁。流產(chǎn)（蔣介石日記也提到）似乎駁斥了外界傳聞以及他自己的臆測(cè)，指蔣因早年嫖妓得了性病以致不能生育。許多年以后，蔣夫人告訴她的侄兒、侄女，她也想要有小孩，但是南京某位無能的醫(yī)生失誤，害她無法受孕。很顯然她和常人一樣也想要有小孩，也渴望替將成為現(xiàn)代中國之父的男人留下子嗣。一九三一年七月母親逝世，使宋美齡又深受打擊，覺得“精神沮喪、凄涼和孤寂”。

自從結(jié)婚以來，蔣就定期閱讀宋美齡送他的《圣經(jīng)》。他決心在決定是否受洗之前至少要讀完兩遍《圣經(jīng)》。當(dāng)他在城里時(shí)，宋美齡和她的傳教士朋友有時(shí)會(huì)和蔣一起讀經(jīng)，而他出差也都帶著《圣經(jīng)》。經(jīng)過三年讀經(jīng)，他決定在上海宋氏家族的教堂受洗。就像所有他對(duì)外宣稱的信仰，蔣對(duì)基督教的態(tài)度是嚴(yán)肅的。據(jù)他后來在臺(tái)灣的牧師表示，蔣受基督教義吸引是因?yàn)樗鼜?qiáng)調(diào)將道德思想轉(zhuǎn)化為行動(dòng)，這一點(diǎn)和儒家學(xué)說相符。蔣對(duì)羞恥心的哲學(xué)和情感關(guān)注，亦與其新信仰對(duì)原罪、救贖的強(qiáng)調(diào)不謀而合。除此之外，通過磨難和死亡的砥礪以成就約伯般的毅力，也和他苦修、新儒家的形象首尾一貫。有些批評(píng)攻擊蔣接受外來信仰，但對(duì)折中的中國人民而言，蔣信基督教所帶來的問題絕對(duì)不比毛擁抱外來意識(shí)形態(tài)多。蔣指派江西省主席魯滌平（Lu Diping）為第一次圍剿總司令，統(tǒng)帥十二個(gè)師進(jìn)剿江西境內(nèi)毛澤東的蘇區(qū)。戰(zhàn)役始于一九三○年秋天，但進(jìn)入井岡山的國軍部隊(duì)幾近一半非死即降。此外，有位師長(zhǎng)張輝瓚被俘，遭到斬首；它象征國共之戰(zhàn)和蔣與軍閥之沖突不同，是個(gè)你死我活的慘烈斗爭(zhēng)。一九三一年，蔣調(diào)何應(yīng)欽和二十萬經(jīng)驗(yàn)豐富的馮玉祥部屬到江西展開第二次圍剿，但部隊(duì)水土不服，又被打敗。同時(shí)，汪精衛(wèi)和華南軍閥又在廣州另立一個(gè)國民政府和蔣打?qū)ε_(tái)。不過，此一政府暫時(shí)還未對(duì)蔣構(gòu)成軍事威脅，因此蔣趕到南昌，親自指揮第三次圍剿。他在日記中自承：這是民國從未曾有的“艱巨時(shí)刻”。

七月一日，蔣動(dòng)員十三萬精銳部隊(duì)，包括他的第一軍團(tuán)（第一軍擴(kuò)展而成）的幾個(gè)師，分兵兩路深入游擊隊(duì)區(qū)域。雙方激戰(zhàn)、互有嚴(yán)重傷亡，在最后一役中共紅軍投入的兩萬人折損五分之一。蔣已“勝利在望，不料沈陽事變爆發(fā)，打亂了圍剿作戰(zhàn)”。

這次新危機(jī)始于一九三一年夏天，張學(xué)良的東北軍抓到一名穿便服搜集情報(bào)的日本軍官，當(dāng)他企圖逃跑時(shí)殺了他。日本極端國家主義派抓住此一事件興風(fēng)作浪，相對(duì)溫和的東京內(nèi)閣在民間壓力下公開要求“徹底解決”中國問題。同時(shí)，駐守旅順和南滿鐵路沿線的日本關(guān)東軍，其政治激進(jìn)派軍官?zèng)Q定自己采取行動(dòng)。一九三一年九月十八日夜里，他們?cè)谏蜿柺薪家F路線，并向附近的中國兵營(yíng)（即北大營(yíng)）開炮。戰(zhàn)事因此爆發(fā)，日軍司令下令全面進(jìn)攻。日軍攻占沈陽時(shí)，少帥急電南京請(qǐng)示。這一刻，蔣正在返回南京的軍艦上，行政院給少帥的答復(fù)是“自行妥善處理”。少帥以為南京當(dāng)局也不曉得如何處理危機(jī)，遂下令東北軍撤退。