袁世凱護(hù)理總督的時間雖然不長，但是凡事都極為認(rèn)真，每件事情都做了長久的打算，當(dāng)時福靖兵輪在海洋中遭遇到風(fēng)暴，袁世凱就為那些遇難的船員申請了撫恤，遇難船員的家屬都十分稱贊袁世凱的恩德。雖然北京人心惶惶，但是天津倒還平靜，等到裕祿到任后，袁世凱仍舊回到小站去訓(xùn)練新兵。其實此時的袁世凱，也處于一個非常危險的境地，現(xiàn)將其交接職務(wù)時候的奏折部分摘錄于下：

……竊查新任督臣裕祿，于八月二十日行抵天津，接印任事。臣即于是日交卸。伏查臣所部新建陸軍，現(xiàn)駐小站一帶，拱衛(wèi)畿疆，是臣專責(zé)，巡緝操防，在在均關(guān)重要。臣擬即馳回防所，督飭將領(lǐng)，暨臣營武備各員司教習(xí)，認(rèn)真訓(xùn)練課導(dǎo)，精益求精，以期儲備將材，悉成勁旅。搜卒補乘，敢忘綢繆未雨之謀；秣馬厲兵，冀收袍澤同仇之效。

當(dāng)時清朝人談?wù)摰皆绖P時，還是認(rèn)為他和康有為是同謀，朝廷雖然暫時不追究，但最終還是要處置他。這年十月，袁世凱忽然接到圣旨要他入京拜見皇帝。當(dāng)袁世凱到京城的時候，人們都認(rèn)為袁世凱恐怕不能生還了，袁世凱的手下及軍隊中的士兵也都惶恐不安。袁世凱在十月二十三日抵達(dá)京都，二十四日被召見，二十五日接到御旨：

候補侍郎袁世凱，著在西苑門內(nèi)騎馬，并乘坐船只拖床。欽此。

袁世凱被召見后仍然安全地回到了營中，議論的人們就說這肯定是榮祿力保袁世凱，否則袁世凱是逃不掉這次災(zāi)禍的。

光緒二十五年（ 1899 ）春，榮祿上書說：“新建的陸軍經(jīng)袁世凱的訓(xùn)練已達(dá)三年，成效卓著，請予以獎勵。”朝廷下發(fā)了獎勵的圣旨：

榮祿奏新建陸軍訓(xùn)練三年，著有成效，請將出力員弁擇優(yōu)保獎一折。新建陸軍經(jīng)候補侍郎袁世凱悉心擘畫，按照泰西操法，訓(xùn)練精勤，現(xiàn)在已歷三年，確有成效。該侍郎勤明果毅，辦事認(rèn)真，深堪嘉尚。袁世凱著交部從優(yōu)議敘，所有該軍得力員弁，著榮祿傳知該侍郎，準(zhǔn)其擇優(yōu)酌保。

袁世凱因考核成績優(yōu)異，交吏部核議，奏請給予獎勵后，朝廷在五月初九下旨：

工部右侍郎兼管錢法堂事務(wù)，著袁世凱補授。欽此。

當(dāng)時光緒帝憂勞成疾，不親理朝政，所以，袁世凱的升遷都是西太后的旨意（ 這時，康有為在新加坡帶頭宣揚西太后將光緒帝囚禁在瀛臺，并且給他玻璃粉，等等 ）。袁世凱被補授工部右侍郎后就上奏折感謝皇恩：

奏為叩謝天恩，恭折仰祈慈鑒事。竊臣伏讀邸鈔……自天聞命，伏地增慚，當(dāng)即恭設(shè)香案，望闕叩頭謝恩訖。伏念臣一介庸愚，毫無知識，昔奉使于海外，叨拜監(jiān)司；繼典兵于畿南，謬陳臬事。愧乏涓埃之報，疊邀高厚之恩，超遷遠(yuǎn)過乎尋常，班列遽躋諸卿貳，實形塵忝，時切冰兢。茲復(fù)渥荷溫綸，真除水部。職考工而六官幸附，稽圜法而九府兼司。自顧輇材，膺斯寵遇。鵜濡益憂其不稱，鰲戴彌覺其難勝。惟有趨叩宮門，跪聆慈訓(xùn)，瞻天仰圣，稍紓依戀于九重，竭力殫心，冀答生成于萬一。所有微臣感激下忱，謹(jǐn)繕折具奏，叩謝天恩，伏乞皇太后圣鑒。