當時人們見到袁世凱上奏的謝恩奏折后都認為他目無皇上，但卻不知袁世凱另有還寫了一封感謝光緒帝的奏折，現(xiàn)將它也摘錄于下：

奏為叩謝天恩，恭折仰祈圣鑒事。……伏念臣中州下士，材識凡庸。浙水分巡，愧無墜露輕塵之報；畿疆陳臬，常懔素餐赤芾之譏。未建寸功，謬膺內(nèi)轉(zhuǎn)，一心兢業(yè)，五夜慚惶。茲復(fù)欽奉溫綸，祗承特簡。率百工而興作，忝職司空；合六府以交修，兼綜圜法。凡此寵榮之疊被，懼怍搗昧所能勝。臣惟有趨詣闕廷，叩求訓誨，仰聆天語，冀稍寬隕越之愆，俯勵冰心，當奮黽從公之志。所有微臣感激下忱，謹繕折具陳，叩謝天恩。伏乞皇上圣鑒。

西太后這次垂簾聽政，內(nèi)事依靠李蓮英，外事依靠榮祿，而李蓮英、榮祿都和袁世凱有著密切的關(guān)系，所以袁世凱日益受到西太后的賞識，他的權(quán)力也日益膨脹。這年冬天，山東義和拳暴亂，山東巡撫毓賢被御史彈劾，榮祿就說袁世凱辦事符合機宜，可以被大用，保薦他出任山東巡撫。圣旨如下：

毓賢著來京陛見，山東巡撫著袁世凱署理，即行來京請訓。欽此。

袁世凱從戊戌年的秋天至今，只不過剛滿一年，他就從臬司一直升到山東巡撫，可以說是升遷飛速，但是在袁世凱自己看來還不是很滿意。袁世凱認為自己操練新兵，煞費苦心，一旦將新兵移交給他人，勢必會發(fā)生變化，那么自己多年的經(jīng)營也就會化為烏有。西太后和榮祿也考慮到這一點，所以下令袁世凱來北京訓練軍隊。當時新建的陸軍并沒有派人訓練，所以就想和袁世凱當面商議人選。袁世凱被召見時，西太后問，新建陸軍歸誰統(tǒng)帥好呢？袁世凱將自己多年來如何操練將士、如何挑選武器裝備詳細說明了一番，還說：“這些都是清朝從來沒有過的事情，微臣訓練的新軍雖不敢稱為勁旅，但是所有的軍隊都可以和東西方各國相比。近來常有外國的軍官到微臣的軍隊中去看操練，他們也都嘖嘖稱贊。清朝舊日的統(tǒng)兵大員，都不認同微臣的訓練方法，關(guān)于統(tǒng)帥陸軍的人選，我實在不敢輕易擬定。微臣的部下中雖然有一兩個精通訓練士兵的人，但都還資歷淺薄，現(xiàn)在還難擔當重任。如果沒有找到合適的將領(lǐng)，即使是有用的士兵，也是不管用的。微臣的多年心血固然無足輕重，但國家數(shù)百萬的金錢，也更應(yīng)該加以珍惜?！痹绖P回奏完西太后，就前去拜見榮祿。對榮祿說：“山東的土匪猖獗，又加上義和拳迷惑民眾，山東的形勢實在令人擔憂呀。山東的軍事防御不堪一擊，都是些老弱病殘，如果朝廷能允許我將新建的陸軍帶往山東，既可以剿滅土匪，又可以隨時訓練，著實是一舉兩得的好辦法。否則我實在不忍舍去這多年訓練的軍隊，坐等著看它逐漸廢弛。我仍愿操練士兵，這么多年來我訓練新兵有一些感悟，我想這些對于新軍的壯大是非常有好處的，如果中堂大人能看到我寫的這部兵書，就能知道我所說的這些具體情況了?！睒s祿就將這些轉(zhuǎn)奏給了西太后，西太后下旨允許袁世凱帶著軍隊前往山東赴任，以方便軍隊訓練。袁世凱既背負著開疆守土的重大責任，又控制了兵符，這是一身兼任兩職。