左宗棠在當(dāng)時(shí)軍費(fèi)短缺、中央財(cái)政撥款不及時(shí)的情況下，接收這些潛規(guī)則的灰色收入，給家里留了幾百兩銀子后，便將其余所有的錢(qián)捐給了災(zāi)民，充當(dāng)了軍費(fèi)。這也是楚軍軍紀(jì)相較于其他派系好的主要原因，主帥敢于節(jié)儉部眾哪敢為非作歹？

為了振興浙江，左宗棠在農(nóng)業(yè)方面大力實(shí)施屯田開(kāi)墾政策，希望軍糧能有一部分自給自足；由政府免費(fèi)發(fā)放耕牛；積極進(jìn)行經(jīng)濟(jì)作物桑棉的種植，由此增加農(nóng)民的收入。他還整理修建水利設(shè)施，沿海地區(qū)面臨著海水侵蝕的威脅，左宗棠想盡各種辦法籌集了20多萬(wàn)兩白銀，由按察使段光清臨時(shí)修建土堤防止海水侵?jǐn)_。

在商業(yè)方面，左宗棠通過(guò)積極進(jìn)行招商引資、降低商業(yè)稅、增加商販活動(dòng)區(qū)域等方式，使杭州等地的商業(yè)活動(dòng)逐漸恢復(fù)。

積極與清廷當(dāng)局的腐化行為作斗爭(zhēng)。晚清統(tǒng)治者不如晚明甚至南宋統(tǒng)治者的主要特征之一，就是皇族在國(guó)家危難之際仍然繼續(xù)無(wú)休止的享樂(lè)。以杭州為例，杭州織造局負(fù)責(zé)浙江全省的關(guān)稅，每年的十多萬(wàn)兩白銀直接供奉皇室。

為了解決浙江的民生問(wèn)題，左宗棠強(qiáng)勢(shì)出擊，要求晚清政府停止征收關(guān)稅，將截留下來(lái)的關(guān)稅用做民生。清廷和織造局負(fù)責(zé)人雖然不滿意左宗棠的做法，但鑒于其功績(jī)不得不同意。而織造局本身在浙江，顯然如果不與地方當(dāng)局搞好關(guān)系，其本身也很難運(yùn)營(yíng)下去。因此，織造局不得不同意強(qiáng)勢(shì)的左總督的要求。

當(dāng)然，以上政策和行為是在治理好軍事之余進(jìn)行的，而彼時(shí)，左宗棠的主要工作還是跟太平天國(guó)作戰(zhàn)。1864年的戰(zhàn)爭(zhēng)天平已經(jīng)完全擺到了晚清政府一方。6月16日南京被攻占，洪秀全之子洪天貴逃到湖州，黃文金、洪仁　等人也撤退到湖州，清廷與太平軍的最后一次大戰(zhàn)爆發(fā)。7月27日湖州失陷。然而，對(duì)于淮軍郭松林、潘鼎新、張樹(shù)聲等的不請(qǐng)自來(lái)，左宗棠一直心有不甘。

其后太平軍李世賢、汪海洋部率領(lǐng)20萬(wàn)大軍進(jìn)入福建。左宗棠立刻命令黃少春、劉明珍、康國(guó)器、劉典、高連升等迅速前往福建福州防守。其后，11月27日左宗棠前往福建親自指揮戰(zhàn)事。