1865年初，太平天國余部撤退到廈門、漳州一帶。左宗棠立刻命黃少春、王德榜，李鴻章命郭松林、楊鼎勛猛攻漳州。左宗棠于4月15日來到福州指揮作戰(zhàn)，6月李世賢被汪海洋殺死，清廷下令加封左宗棠管制廣東、福建、江西三省軍事。7月汪海洋逃往廣東，左宗棠率軍進入廣東。12月12日嘉應戰(zhàn)役開始，22日夜嘉應城失陷。

1866年2月18日，左宗棠從廣東回到福州閩浙總督衙門，太平天國運動徹底失敗。自2月份開始的7個多月，是左宗棠為政福州時期。期間他開始了左氏洋務運動：修建福州船政局、建立了第一家海軍學校。在此基礎上形成的馬尾水師，也成了中國近代海軍的雛形之一。通過這一偉大行為，則透露出左宗棠的睿智，也打破了左氏只重陸防的謠言。

就連一向同左宗棠交惡的趙烈文也不得不認為：“在浙江，紹興居民皆已復業(yè)，蕭山諸境，民船夜行，櫓聲相應也，杭省百廢俱起，復城未兩月，已議及海塘。各郡之漕皆減定，頌聲大作。以此觀之，左之吏治實勝李（暗指李鴻章）十倍?！?/p>

然而，這種努力陡然間被一件重要且緊急的事情打破了：南方太平天國運動被剿滅后，北方數(shù)省的農(nóng)民起義、西北少數(shù)民族起義、西北外國殖民侵略戰(zhàn)爭同時爆發(fā)，晚清政府統(tǒng)治再次處在風雨飄搖中。湘軍、淮軍必須北上，否則，清廷統(tǒng)治將難以為繼。作為封疆大吏的左宗棠，其實對北方發(fā)生的事情早有觀察，特別是新疆。

彼時，北方大地，也就是今天的新疆、陜西、甘肅（寧夏、青海歸屬甘肅管轄）大亂有著深刻的歷史原因和現(xiàn)實原因，在那里有四個國家九方勢力進行著角逐，問題異常復雜，稍有不慎，即使平定之后，也會因為仇恨加劇災亂。

西北的混亂必須要由重臣、能臣解決。當時，曾左李最合適。但因為曾國藩地位和年齡的原因，就得從左李二人中選定。最終，左宗棠被選中前往西北。然而，因為船政局的事務，左宗棠數(shù)次請求延期出征。待三顧請來林則徐的女婿沈葆楨、制訂船政局各項章程、挑選廠址等問題解決后，左宗棠最終于1866年11月16日離開福州。