接下來，曾國藩開始了第三步，前兩步都是做給外界看的，第三步才是關鍵，那就是查清事件的前因后果。經(jīng)過十多天的調查，曾國藩寫奏折向朝廷匯報了查明的事實和自己的分析。

第一，當事人王三的口供有問題，反復翻供，是否是傳教士的指使沒有證據(jù)；

第二，詢問了在仁慈堂的兒童一百五十余名，都是自愿的，不是被拐來的，挖眼剖心純屬謠傳；

第三，教堂、仁慈堂有地窖，都是外地工匠修建的，天津百姓認為里面有貓膩，實地查看后，發(fā)現(xiàn)地窖只是放煤用的；

第四，有人進入仁慈堂后不愿出來，大家就以為里面有迷惑人的藥；

第五，仁慈堂接收將死之人，讓傳教士給死者做洗禮，百姓看到人進去卻不見出來，以為被殺；

第六，仁慈堂的房間很多，一些親屬進去了分在不同的房間居住，很長時間見不了面，互相認為是被害了；

第七，仁慈堂內死亡的人數(shù)不少，都是晚上掩埋，有時一個棺材放兩三具尸體，而且死亡狀況與正常死亡不同。

可以看出，曾國藩調查天津教案事件確實費了很多心血，不放過細節(jié)問題，從側面說明他對此事的謹慎態(tài)度，但他遺漏了法國領事豐大業(yè)先開槍這個事實，如果沒有豐大業(yè)的挑釁行為，天津教案可能也不會發(fā)生。曾國藩的調查報告，基本上將引發(fā)騷亂的責任歸咎于民眾的無知和百姓、洋人之間的誤解，從而為下一步處理埋下伏筆。

查明了事件情況，第四步就是抓人，抓“騷亂分子”，這件事情比較麻煩。事件沒有前期預謀，民眾屬于自發(fā)而起的，沒有明確的組織者，而且場面非常混亂，誰動的手誰打的人，都是一筆糊涂賬。而這時，法國方面也跳出來擺明了自己的立場，一共提了四點要求：重修教堂、埋葬豐大業(yè)、查辦地方官、懲罰兇手。