當(dāng)松井石根了解到日軍在南京實施強(qiáng)奸、屠殺和劫掠的嚴(yán)重程度后，看得出來他極為沮喪。1937年12月18日，他對自己的一位文職助手說：“現(xiàn)在我了解到，我們已經(jīng)不自知地給這座城市帶來最深刻的痛苦與創(chuàng)傷。每當(dāng)想到我的許多中國友人逃離南京時的悲憤和感傷之情，以及兩國關(guān)系的未來，我不禁感到灰心喪氣。我覺得自己很孤獨，而且永遠(yuǎn)都不可能對這次勝利感到歡欣鼓舞。”那天上午，松井甚至在對媒體發(fā)表的聲明中流露出一種遺憾的情緒：“我本人對民眾所遭受的苦難深感遺憾，但如果中國不改變政策，皇軍仍然必須繼續(xù)留駐?，F(xiàn)在是冬天，這個季節(jié)給了中國領(lǐng)導(dǎo)人反思的時間。我本人對100萬無辜民眾不勝同情。”

當(dāng)天晚些時候，這位日軍指揮官在為此次侵華戰(zhàn)爭中死去的士兵主持慰靈祭時，松井就日軍在南京實施的瘋狂暴行斥責(zé)了在場的300名軍官、師團(tuán)指揮官和其他相關(guān)人員。一位日本記者松本寫道：“以前從未有過一位上級軍官對下屬進(jìn)行過如此嚴(yán)厲的訓(xùn)誡。日軍對松井的行為表示難以置信，因為在場的軍官中有一位皇室的親王?！?/p>

12月19日是周日，松井搬到南京城外朝香宮的司令部，第二天便登上一艘驅(qū)逐艦返回上海。然而，或許是受絕望情緒驅(qū)使，松井一回上海就做出了更驚人的舉動：他對《紐約時報》吐露了自己的擔(dān)憂，甚至對一位美國記者說“日本軍隊或許是當(dāng)今世界上最無法紀(jì)的軍隊”。當(dāng)月，他還給朝香宮親王的參謀長發(fā)過一條不客氣的信息，他寫道：“有傳言說不法行為仍在持續(xù)，正因為朝香宮親王是我們的指揮官，日軍才應(yīng)該更嚴(yán)格地遵守軍紀(jì)和道義。對任何違法亂紀(jì)者都應(yīng)嚴(yán)懲不貸?！?/p>

1938年1月1日，松井仍因日本士兵在南京的惡劣行徑而郁郁寡歡。在一次祝酒時，他向一位日本外交官吐露了自己的苦悶：“我的部下犯了嚴(yán)重的錯誤，這令人極度懊惱。”

然而強(qiáng)暴和屠殺仍在繼續(xù)，對此松井石根似乎無力阻止。如果數(shù)年之后松井在法庭上的供述可信的話，他對南京的這次短暫訪問甚至使他在其同僚面前傷心落淚。“慰靈祭儀式結(jié)束之后，我立即召集高級軍官訓(xùn)話，甚至在他們面前流下了憤怒的淚水?！?948年被處以絞刑之前，松井對他的佛教懺悔法師說，“當(dāng)時朝香宮親王和柳川中將都在。我斥責(zé)他們說，由于日本士兵的暴行，我們的一切戰(zhàn)斗成果都化為泡影?？墒悄隳芟胂髥?？這件事之后，那些實施暴行的士兵竟然嘲笑我?！?/p>