清太醫(yī)院初設(shè)在北京正陽門內(nèi)東江米巷，今東交民巷西口路北附近。太醫(yī)院大門懸掛“太醫(yī)院”匾。大門前左為“土地祠”，右為“聽差處”。太醫(yī)院有大堂五間，懸掛康熙帝御賜名醫(yī)黃運(yùn)的詩文：“神圣豈能再，調(diào)方最近情。存誠(chéng)慎藥性，仁術(shù)盡平生?！贬t(yī)生講求“誠(chéng)慎仁術(shù)”四字。大堂左側(cè)南廳，是御醫(yī)辦公廳堂，右側(cè)為北廳。后為先醫(yī)廟，供奉伏羲、神農(nóng)、黃帝的塑像，有康熙帝御書“永濟(jì)群生”匾。先醫(yī)廟里有銅人像，廟外有藥王廟，廟連接大堂的是二堂、三堂。

光緒二十七年（1901年）《辛丑條約》后，東交民巷劃為外國(guó)駐華使領(lǐng)館區(qū)。翌年，太醫(yī)院遷到新建衙署，在今地安門東大街113號(hào)院，大堂東西3間，進(jìn)深3間，現(xiàn)基本保存。東院為藥房。今前院有28戶居民，后院為五中分校使用。太醫(yī)院在宮內(nèi)上駟院北，設(shè)有待診、休息的處所，舊稱“他坦”“他坦”，又作“塌潭”，為滿語音譯，漢意是“住屋、住所”。，歲月流失，現(xiàn)已無存。

明清的太醫(yī)院，兼具衛(wèi)生部、總醫(yī)院、醫(yī)學(xué)院和保健局四種功能。

康熙三十二年（1693年）五月，康熙帝因患瘧疾，服用法國(guó)傳教士洪若翰等進(jìn)的金雞納霜（奎寧）而病愈。光緒二十四年（1898年）九月初四日，法國(guó)駐華公使館多德福醫(yī)生曾為光緒帝診病開藥。但是，太醫(yī)院始終是以中醫(yī)中藥為主。

御醫(yī)職掌主要八項(xiàng)：侍直、進(jìn)御、扈從、奉差、儲(chǔ)藥、祭先醫(yī)、診視獄囚、施藥等。其侍直，各以專科，分班輪值，在宮中稱宮直，在外廷稱六直。宮直在御藥房及各宮外班房值班，六直在外直房（如暢春園、圓明園）值班。扈從，皇帝出巡，御醫(yī)或奉旨點(diǎn)用，或按班輪直，都給夫馬、車輛裝載藥材，還給賬房需用等物。此外，王府、公主府、文武大臣等，太醫(yī)奉旨前往。還給監(jiān)獄囚犯、瘟疫患者等治病。所以，御醫(yī)不一定都能給皇帝看病，給皇帝看病的不一定都是御醫(yī)。