廢掉司馬奕以后，桓溫立司馬奕的叔祖、會稽王司馬昱為皇帝，史稱簡文帝。偏安一隅的東晉就這樣坎坎坷坷地走過了它運命的一半路途。

簡文帝司馬昱是東晉的第八位皇帝。他是東晉第一代皇帝晉元帝司馬睿最小的兒子，登基時已經(jīng)52歲了。簡文帝司馬昱在位的短短數(shù)月時間里，時刻擔(dān)心著桓溫篡位，在憂懼中很快死去。臨崩時，司馬昱寫下遺詔，甚至授權(quán)桓溫可以取而代之，只是在王坦之、王彪之、謝安等人的力阻之下，才將遺詔改為任命桓溫為輔政大臣，依照諸葛亮、王導(dǎo)的模式輔佐皇帝。

歷史十分奇特：東晉的帝系在走完它的一半歷程之時，原本已經(jīng)傳至第四代，自此又回過頭來，從晉明帝司馬紹一支轉(zhuǎn)移到了他的弟弟簡文帝司馬昱這一支，返回到了第二代。

繼位的第九位皇帝，是東晉在位時間最長的孝武帝司馬曜，他一共在位25年。孝武帝是簡文帝的第三子，他繼位的時候，年僅11歲。好在權(quán)臣桓溫在孝武帝即位數(shù)月后，也隨簡文帝司馬昱而去，東晉王朝也因而僥幸避免了一場改朝換代的危機(jī)。臨朝執(zhí)政多年的褚太后，第三次走上前臺聽政，褚太后的堂舅謝安開始執(zhí)掌朝政。

在孝武帝即位八年后，前秦苻堅統(tǒng)一了北方，并企圖南下一舉蕩平江南。但謝石、謝玄、謝琰(音yǎn)、桓伊等率領(lǐng)北府北府(兵)：東晉稱京口為“北府”。東晉孝武帝初年，謝玄在此組建訓(xùn)練的軍隊，所以稱這支軍隊為北府兵。諸將，在淝水取得了一次神奇的大勝。淝水之戰(zhàn)不僅挽救了東晉的國祚，而且也促使了前秦政權(quán)的瓦解。北方從此又一次陷于分崩離析的狀態(tài)。

淝水之戰(zhàn)后兩年，謝安就病死了。本就對謝氏家族心存猜忌的孝武帝司馬曜開始重用自己的弟弟司馬道子。司馬道子勢力逐漸強大以后，又威脅到了孝武帝的皇權(quán)，兄弟二人矛盾日益尖銳。到了太元二十一年(公元396年)，一個似乎偶然的事件結(jié)束了司馬曜的生命，也終結(jié)了兄弟二人的爭斗。嗜酒好色的孝武帝對自己寵愛的張貴人說：“你已經(jīng)快30歲了，按年齡也該被廢了?！币驗檫@句戲言，張貴人懷恨在心，夜里趁著司馬曜酒醉熟睡，將其殺死。

司馬曜死后，太子司馬德宗繼位。這就是晉安帝，也是東晉王朝的第十位皇帝。晉安帝司馬德宗是個啞巴，史書記載“自少及長，口不能言”。不僅如此，他還是個白癡，“雖寒暑之變，無以辯也”，連冷熱都不能分辨出來。東晉朝政完全掌握在他的叔叔司馬道子和謝安的女婿王國寶之手。

領(lǐng)兵在外的王恭和殷仲堪，都是孝武帝司馬曜生前為了對付司馬道子而提拔的親信，他們自然也引起了司馬道子和王國寶的猜忌。孝武帝暴崩以后，王國寶極力鼓動司馬道子削弱王恭等人的兵權(quán)。這就激起了王恭等人的強烈不滿，王恭、殷仲堪聯(lián)合起兵進(jìn)攻建康。司馬道子無計可施，只得將所有的罪責(zé)都推到了王國寶的身上，以犧牲王國寶為代價，換來了王恭等人的退兵。

王恭退兵以后，司馬道子的兒子司馬元顯卻主張加強戰(zhàn)備，來對付王恭和殷仲堪。此舉讓王恭、殷仲堪、庾楷、桓玄再次起兵。這次，司馬元顯誘使北府兵將領(lǐng)劉牢之臨陣倒戈，殺掉了王恭，收買了桓玄和楊佺(音quān)期，不戰(zhàn)而使殷仲堪退兵。這次危機(jī)剛剛度過數(shù)月，在浙東地區(qū)就爆發(fā)了孫恩領(lǐng)導(dǎo)的起義。一團(tuán)忙亂之后，孫恩起義被鎮(zhèn)壓，司馬元顯又開始試圖消滅桓玄，結(jié)果被桓玄所殺。繼而，桓玄廢晉安帝為平固王，自立為皇帝，改國號為楚。第二年，在鎮(zhèn)壓孫恩起義中崛起的北府兵將領(lǐng)劉裕打敗桓玄，迎立晉安帝復(fù)辟，并最終掌握了東晉朝廷大權(quán)。