司馬睿為瑯邪王的時候，王妃虞孟母沒有生下兒子，而一個地位低下的宮人荀氏，卻為司馬睿生下了后來的明帝司馬紹和司馬裒。兄弟二人都由虞孟母撫養(yǎng)。除了這兩個兄弟以外，司馬睿的石婕妤生下了司馬沖，王才人生下了司馬晞，鄭夫人生下了司馬煥和以后的簡文帝司馬昱。后人從明帝司馬紹的長相類似鮮卑人、其母荀氏來自燕代以及《晉書·劉聰載記》記載“鮮卑之眾星布燕代”等方面，揣測司馬紹有鮮卑血統(tǒng)。這當然是一個無解之謎。

司馬睿在登基之初要立太子的時候，就曾經(jīng)在司馬紹與他的弟弟司馬裒之間艱難抉擇。當時的司馬睿更加看好司馬裒，只是在王導(dǎo)的反復(fù)勸說之下，才勉強立司馬紹做了太子。不過，即便是在司馬紹被立為太子以后，其太子之位也并不穩(wěn)固。據(jù)《世說新語·方正》記載：司馬睿登基以后，寵愛鄭夫人，愛屋及烏，因而十分寵愛自己最小的兒子，也就是后來的簡文帝司馬昱。他打算廢掉司馬紹另立司馬昱為太子。朝廷大臣都以為廢長立少，不合禮儀。堅持這種觀點的以周顗和王導(dǎo)為首，只有刁協(xié)同意皇帝的意見。司馬睿想當機立斷下詔施行，但又擔心周顗和王導(dǎo)挑頭反對。司馬睿就想了一個辦法，以商議軍國大事為由，將王導(dǎo)、周顗、刁協(xié)等重臣召入宮中，趁著二位滯留宮中之機，讓刁協(xié)出宮傳達詔書?？墒?，當王導(dǎo)、周顗剛進宮門的時候，卻有宦官傳話說讓二人先到東廂暫且休息。周顗還不明白，正準備走下臺階回身。王導(dǎo)卻十分機靈，他一把推開傳達命令的宦官，直接走到司馬睿的御床前，對司馬睿說：“不知道陛下您為什么要接見臣等？”司馬睿內(nèi)心有鬼，被問得啞口無言，慢慢從懷中取出寫好的詔書，撕掉后狠狠地擲到一旁，自此司馬睿才死了另立儲君的心思。經(jīng)過了這件事，周顗嘆息著稱贊王導(dǎo)：“我經(jīng)常說自己比茂弘(王導(dǎo)的字)能力強。今天這件事以后，才知道自己不如茂弘??！”

當然，最令司馬睿糾結(jié)的，還是與王氏家族的權(quán)力斗爭。

《晉書·元帝紀》稱，司馬睿開始的時候，頗以酒廢事。在王導(dǎo)的嚴肅勸說下，司馬睿竟然做出果斷的舉動，當即把酒潑到地上，真的就從此戒酒了。其實，王導(dǎo)也不是不喝酒的，而且他也根本就不辦什么事，尤其到后期更是“遺落世事”，深為后人詬病。但是，王導(dǎo)卻把司馬睿管得非常之嚴，從另一件小事也可以體現(xiàn)這點。史書記載，王廙為母親蓋的房子超出了標準，作為皇帝的司馬睿沒有做出嚴厲的處罰，而是“流著眼淚去制止”。當然，王廙的母親是司馬睿的姨母，但是從中也可以看出，司馬睿這個皇帝在王氏的巨大陰影下，是十分憋屈的。

不過，王氏家族再大，也不可能籠絡(luò)住所有的朝臣。在東晉朝廷中，因為爭權(quán)奪利、執(zhí)政理念或者性格脾氣不同等諸種原因，還有不少王氏家族的對立勢力。

首先不得不提早已說過的刁協(xié)和劉隗。很多年以后，王導(dǎo)還念念不忘地說道：“刁玄亮之察察，戴若思之巖巖，卞望之之峰距。”刁協(xié)監(jiān)督、制約州郡的做法，是“察察之政”。我們可以把“察察”理解為明辨是非，又可以把它理解為苛察。也許，王導(dǎo)本人在說這句話的時候，故意在賣著關(guān)子吧。

這句話中提到的另外兩個人戴淵、卞壺，也是王氏家族的異己。戴淵性格豪俠，名氣很大。司馬睿到江東以后，戴淵做司馬睿的鎮(zhèn)東右司馬。司馬睿登基以后，曾想讓戴淵任尚書仆射、護軍將軍等職，但都被戴淵推辭了。卞壺在司馬睿過江之初，就被任命為從事中郎，委以選舉之事，深受司馬睿的信任。