1975年6月，鄧小平把精力轉(zhuǎn)向重整中國的科學(xué)事業(yè)?！拔母铩逼陂g，在匯聚了大量高級科學(xué)家的中國科學(xué)院，每250個科學(xué)家中就有一人被迫害致死；中科院上海分院的每150人中有一人死于非命。即使在社會上少數(shù)仍然維持運(yùn)轉(zhuǎn)的研究機(jī)構(gòu)中，科研工作也受到極大的干擾。在“文革”前夕的1965年，中國科學(xué)院有106個下屬研究單位，科研人員24714人。到1975年時只剩下13個研究所、2個研究室和2000多名人員，其中有1800名干部或科研人員，200名后勤人員。在1975年，很多下放農(nóng)村的科學(xué)家還沒有回來。鄧小平、華國鋒派出胡耀邦、李昌擔(dān)任中國科學(xué)院核心領(lǐng)導(dǎo)小組負(fù)責(zé)人，對中國科學(xué)院進(jìn)行整頓，包括選拔新領(lǐng)導(dǎo)、恢復(fù)科學(xué)著作的出版。因此，對科學(xué)界的整頓是從中國科學(xué)院開始，隨后擴(kuò)大到其他研究機(jī)構(gòu)的。

鄧小平親自決定由胡耀邦領(lǐng)導(dǎo)中國科學(xué)院的實(shí)際整頓工作。7月中旬，華國鋒代表鄧小平和黨中央對胡耀邦說，黨希望中國科學(xué)院在四個現(xiàn)代化中發(fā)揮重要作用。胡耀邦首先要對中國科學(xué)院進(jìn)行摸底調(diào)查，把情況匯報給中央，然后搞一個整頓計劃。中國科學(xué)院的整頓完成后，再整頓其他科研機(jī)構(gòu)——隸屬于國防部、分管經(jīng)濟(jì)的各部和地方政府的科研機(jī)構(gòu)。之后要對學(xué)校和出版系統(tǒng)進(jìn)行整頓。

胡耀邦率領(lǐng)一個三人小組，帶著整頓的命令于7月18日來到中國科學(xué)院。他宣布，“文化大革命”在中國科學(xué)院已經(jīng)結(jié)束，工宣隊和軍宣隊都要離開，中科院過去被下放農(nóng)村的人現(xiàn)在可以回到自己的單位重新工作。要讓科研人員獲得必要的研究文獻(xiàn)，包括外文出版物。

幾周之后，胡耀邦召開了有中國科學(xué)院人員和各主要部委代表參加的一系列會議，探討中國在未來10年的科學(xué)技術(shù)需求。這些會議標(biāo)志著向制定10年科學(xué)規(guī)劃邁出的第一步。從8月15日到22日，胡耀邦又和相關(guān)的黨委干部開會，討論中國科學(xué)院的重建和主要領(lǐng)導(dǎo)人的選拔。他宣布，中國的目標(biāo)是在20世紀(jì)末實(shí)現(xiàn)包括科學(xué)現(xiàn)代化在內(nèi)的四個現(xiàn)代化。在整個9月份，胡耀邦與各研究所的領(lǐng)導(dǎo)開會，討論如何克服他們工作中的具體障礙。在去各研究所之前，他全面研究了有關(guān)各所的材料，并與熟悉所內(nèi)工作情況的人員交談。

胡耀邦能夠設(shè)身處地為受過罪的人著想，因?yàn)樗退麄兌际潜黄群Φ男掖嬲?。他十幾歲便加入共產(chǎn)主義運(yùn)動，不久后險些因某些有問題的社會關(guān)系而被判處死刑；“文革”期間，他在獲準(zhǔn)回京重新工作之前也受過迫害。恢復(fù)工作的科學(xué)家覺得能與他親近，對他產(chǎn)生了信任感：這是一個理解他們苦難的人，因?yàn)樗彩苓^苦。此外，經(jīng)過認(rèn)真研究，胡耀邦逐漸了解了各研究所存在的基本問題，他完全信任中國科學(xué)院的科學(xué)家團(tuán)隊。

他還幫助解決中科院人員的個人生活問題，例如改善他們的生活條件，把家屬從農(nóng)村調(diào)到北京。事實(shí)上，他指示各所的干部把全部下放農(nóng)村勞動和“學(xué)習(xí)”的人員列出一份名單，繞開繁文縟節(jié)把他們調(diào)回來。他不怕替他們說話，為他們的事業(yè)出頭。每次他在某個研究所講話都會成為一件很轟動的事。他很快就成了中國科學(xué)家群體心目中的英雄。

9月26日，胡耀邦向鄧小平匯報了中國科學(xué)院在撥亂反正、選拔新領(lǐng)導(dǎo)和恢復(fù)工作方面的進(jìn)展，鄧小平充分肯定了胡耀邦的工作。10月4日胡耀邦被正式任命為中國科學(xué)院“黨的核心小組”第一副組長。他上任之后為各研究所任命了三套領(lǐng)導(dǎo)班子：一套管黨，一套管業(yè)務(wù)，一套管后勤。他尊重專家，明確表示業(yè)務(wù)上的事由他們說了算。該年底鄧小平受到批判時，胡耀邦正在為各研究所任命新的行政領(lǐng)導(dǎo)，政治氣候一變，任命進(jìn)程也隨即停了下來。在制訂中國科學(xué)院的整頓計劃和為成立單獨(dú)的中國社會科學(xué)院制訂計劃的同時，胡耀邦還根據(jù)鄧小平的指示，著手制訂了一個由中國科學(xué)院牽頭的“十年科學(xué)規(guī)劃”。由于倉促上馬，胡耀邦主要利用了1956年批準(zhǔn)的現(xiàn)成的“十二年規(guī)劃”（1956～1967）。新規(guī)劃的第一稿于8月11日完成，即胡耀邦召開一系列中科院研究所會議之前。