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《想當(dāng)廚子的生物學(xué)家是個(gè)好黑客》第11章(10)

想當(dāng)廚子的生物學(xué)家是個(gè)好黑客 作者:(美)馬庫斯·烏爾森


20世紀(jì)80年代,他到德克薩斯州農(nóng)業(yè)機(jī)械大學(xué)學(xué)習(xí)計(jì)算機(jī)?!澳菚r(shí)候那里就有點(diǎn)數(shù)字時(shí)代的味道了,那真是個(gè)美好時(shí)代,發(fā)展前途非常好?!彼麑?duì)我說:“但是,在哪里總有一些事情讓我感到沮喪,其中之一就是你總覺得自己好像只是坐在電腦前面的一個(gè)人,完全不知道電腦的工作原理是什么。你也不清楚它有何局限,做事情最好的方式是什么。于是,深入問題內(nèi)部并把它研究清楚,對(duì)我來說成了一件重要的事情?!?/p>

他修了兩個(gè)專業(yè),一個(gè)是計(jì)算機(jī)科學(xué),另外一個(gè)是電子工程。不過受到他當(dāng)時(shí)學(xué)獸醫(yī)的女朋友的影響,他同時(shí)還對(duì)遺傳學(xué)產(chǎn)生了興趣。(“選擇同時(shí)修三個(gè)專業(yè)似乎糟透了?!保?/p>

畢業(yè)之后,他在休斯頓的美國(guó)航天局當(dāng)過一段時(shí)間的程序員。然后他就開始為州政府工作,他將那種工作環(huán)境形容為標(biāo)準(zhǔn)的官僚體系,那里的人總是遲到早退,好像那樣就能確保自己多活25年一樣。麥考利跟我講,有一次他去開會(huì),那里的同事通常都對(duì)解決眼下的問題不怎么上心?!坝袀€(gè)人就說:‘行啦,我們又不是在治療癌癥?!缓笪揖蛿[出一副‘沒錯(cuò),但我們也不該如此懶散’的樣子。”

他又回到母校學(xué)習(xí)生物化學(xué)和生物物理,希望自己能做些更有意義的事情。那時(shí)候,人類基因組計(jì)劃馬上就要開始進(jìn)行,他很快就意識(shí)到自己該怎樣將自己的技能和興趣融入這個(gè)計(jì)劃當(dāng)中。他準(zhǔn)確地推測(cè)出,這個(gè)項(xiàng)目及其使用的技術(shù)將會(huì)孕育出一片全新的數(shù)據(jù)海洋。它將改變?nèi)藗冄芯可飳W(xué)的方式。生物學(xué)研究再也不會(huì)完全被當(dāng)前的模式統(tǒng)治了。他將這種模式視為一種封建體系,身處其中的實(shí)驗(yàn)室主腦都會(huì)把簽了“賣身契”的研究生關(guān)在與世隔絕的實(shí)驗(yàn)室里慢慢調(diào)教,從不與他人溝通,也不會(huì)審視生物學(xué)中的各分支是否彼此恰合。

“那種情況會(huì)發(fā)生變化的?!丙溈祭f:“人們即將開始思考體制問題。而且沒有人會(huì)乖乖地將這些想法僅僅封鎖在大腦中?!?/p>

生物信息學(xué)是一種對(duì)各種新的生物學(xué)研究方法——比如高通量DNA測(cè)序技術(shù)——產(chǎn)生的數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù)進(jìn)行整理,并使之變得有意義的科學(xué)分支。20世紀(jì)90年代晚期,人們開始明白,研究人員無需離開自己的電腦也可以推動(dòng)生物學(xué)的發(fā)展。麥考利就在那個(gè)時(shí)候到斯坦福學(xué)習(xí)生物信息學(xué),并找到了他的使命所在。

那時(shí)候,麥考利白天作為一名生物信息學(xué)家,為世界頂級(jí)的制造讀取DNA的儀器的廠商工作。生物信息學(xué)研究幾乎不會(huì)碰到生物實(shí)驗(yàn)。然而,他們的研究工作卻是努力讀懂生物實(shí)驗(yàn)所產(chǎn)生數(shù)據(jù)的意思,并使其成為可資利用的信息。他們坐在電腦前面,努力將原初的生命密碼拼合成能夠讓人理解的形式。對(duì)麥考利來說,這意味著從公司的儀器中產(chǎn)生的大量DNA序列中篩取信息。

那些儀器閱讀DNA所使用的方法是,將目標(biāo)基因組打斷成能夠處理的DNA片段。儀器能夠給每個(gè)片段中的每一個(gè)堿基加上一個(gè)微觀熒光標(biāo)簽,而四種堿基的每一個(gè)所對(duì)應(yīng)熒光標(biāo)簽的顏色都不一樣。應(yīng)用了最新技術(shù)的光學(xué)儀器能夠讀出每一種熒光標(biāo)簽的顏色,然后計(jì)算機(jī)就能夠把序列展示出來。


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