針對(duì)這種情況，1949年通過了《國(guó)家安全法修正案》。該法案將國(guó)家軍事機(jī)構(gòu)變成國(guó)防部，使之成為行政部門。國(guó)防部長(zhǎng)具有正式內(nèi)閣部長(zhǎng)級(jí)別，各軍種部長(zhǎng)歸國(guó)防部長(zhǎng)管轄，領(lǐng)導(dǎo)軍事而非行政部門。各軍種部長(zhǎng)由此不再具備內(nèi)閣部長(zhǎng)級(jí)別，不再在國(guó)家安全委員會(huì)擁有席位。參謀長(zhǎng)聯(lián)席會(huì)議增設(shè)主席一職，主席雖然不具備投票權(quán)，但作為事實(shí)上的總統(tǒng)軍事顧問。參謀長(zhǎng)聯(lián)席會(huì)議繼續(xù)保留作為顧問與協(xié)調(diào)職能機(jī)構(gòu)（1952年增設(shè)海軍陸戰(zhàn)隊(duì)司令）。

至此，責(zé)任總算是得到了明確劃分（至少在理論上如此）：總統(tǒng)作為總司令處于最高級(jí)別，內(nèi)閣成員級(jí)別的國(guó)防部長(zhǎng)位居其下，陸、海、空三軍部長(zhǎng)位于國(guó)防部長(zhǎng)之下，在各部長(zhǎng)之下是三個(gè)單獨(dú)的參謀長(zhǎng)。雖然1947年和1949年先后出臺(tái)的這些法案在最高指揮層面仍然留有某些含糊不清的組織關(guān)系，但這一系列行政變革終于使美國(guó)各軍種明白無(wú)誤地歸于國(guó)防部長(zhǎng)這樣一個(gè)內(nèi)閣級(jí)別文職官員的單獨(dú)領(lǐng)導(dǎo)之下。

即便如此，這些重組法案并未能如政策制定者所愿消除軍種間的對(duì)立問題。1949年，原海軍部長(zhǎng)及首任國(guó)防部長(zhǎng)詹姆斯·V·弗萊斯特（James V. Forrestal）因精神失常辭職。杜魯門總統(tǒng)任命路易斯·A·約翰遜（Louis A. Johnson）接任。約翰遜來(lái)自西弗吉尼亞州，出身律師，為人夸夸其談且具有總統(tǒng)野心，此外還是一個(gè)堅(jiān)定的空軍支持者。不過，海軍部長(zhǎng)約翰·L·沙利文（John L. Sullivan）可沒有約翰遜那樣喜歡空軍。沙利文認(rèn)為依賴載有原子彈彈頭的B-36轟炸機(jī)作為美國(guó)軍火庫(kù)首選反應(yīng)武器過于魯莽。他為此在1949年4月批準(zhǔn)建造6.5萬(wàn)噸的超級(jí)航母“合眾國(guó)”（United States）號(hào)?！昂媳妵?guó)”號(hào)將成為一艘多用途巨型戰(zhàn)艦，能夠發(fā)射并回收具備核戰(zhàn)能力的飛機(jī)，為海軍在今后數(shù)年內(nèi)的戰(zhàn)略職責(zé)指明方向。

“合眾國(guó)”號(hào)開始動(dòng)工僅僅五天，約翰遜便在未征求沙利文意見的情況下擅自取消建造合同，并且將現(xiàn)役航空母艦數(shù)量從8艘削減至4艘，航空大隊(duì)從14個(gè)減為6個(gè)。約翰遜下定決心要將海軍和海軍陸戰(zhàn)隊(duì)的航空隊(duì)統(tǒng)統(tǒng)并入空軍以節(jié)省經(jīng)費(fèi)，達(dá)到“真正的統(tǒng)一”。約翰遜擅自取消航母建造合同，并且做出其他種種苛刻舉動(dòng)，這分明是對(duì)海軍的挑釁。

眾議院武裝部隊(duì)委員會(huì)隨后召開聽證會(huì)。聽證會(huì)由海軍的老朋友和支持者，來(lái)自佐治亞州的卡爾·文森（Carl Vinson）主持。由于約翰遜和空軍曾經(jīng)揚(yáng)言單憑原子彈和B-36轟炸機(jī)便可保證國(guó)家安全，因此與會(huì)海軍現(xiàn)役與退役高級(jí)將領(lǐng)（包括金、尼米茲、哈爾西和斯普魯恩斯等海軍上將）對(duì)此展開猛烈抨擊。在這場(chǎng)“海軍上將倒戈”事件中，海軍將領(lǐng)們的攻擊矛頭還對(duì)準(zhǔn)了約翰遜與B-36制造公司之間的私人財(cái)務(wù)關(guān)系。約翰·L·沙利文為了抗議約翰遜取消航母合同，毅然辭職。杜魯門總統(tǒng)任命弗朗西斯·P·馬修斯（Francis P. Matthews）擔(dān)任新一任海軍部長(zhǎng)。馬修斯原先是內(nèi)布拉斯加州的一位銀行家，毫無(wú)海軍事務(wù)背景。他站在約翰遜一邊，以支持海軍同僚為由頭，將海軍作戰(zhàn)部長(zhǎng)路易斯·E·登菲爾德（Louis E. Denfield）撤職。