陳炯明排除異己的舉動引起了其他民軍的激烈反抗，他們組織“扶正同盟會”，并以“二次革命”為號召，公然與廣東革命政府對立。在“循軍”與其他舊軍官的支持下，陳炯明施展鐵腕手段，最終迫使王和順、楊萬夫、關仁甫等部解散，其他民軍亦遣去十之八九。之后，陳炯明又建立廣東全省總綏靖處以穩(wěn)定各地局勢，在大舉清鄉(xiāng)的過程中，其鎮(zhèn)壓手段堪稱殘暴，如年輕的革命黨人朱執(zhí)信在負責廣陽綏靖處時，小小犯法即被處決，可謂草菅人命、殺人如麻，根本無法律可言。

陳炯明在軍界并無基礎，因而在整編軍隊時心存私念，他在保留“循軍”的同時又大量留用舊軍[21]，由此埋下了后來“二次革命”失敗的病因。其中最為突出的例子是，姚雨平曾率一支由廣東新軍為主力的北伐隊赴南京增援，這支部隊有完整的炮兵、機槍、輜重、工程營，軍中也不乏像李濟深、陳銘樞這樣的優(yōu)秀軍官，但南京臨時政府解散后，廣東北伐軍前腳剛回到廣州，后腳即被陳炯明下令就地繳械，并飭所有人員各返原鄉(xiāng)，不得在廣州逗留。陳炯明的做法，無疑是一種自毀長城的短視與自私之舉。

相比而言，率浙軍出征并在攻克南京中立下大功的朱瑞就幸運多了。浙江革命后，其省也是三易其督，先是文人湯壽潛，繼為新軍將領蔣尊簋，朱瑞得勝歸來后，勢力很大，最終迫使蔣尊簋辭位而去，朱隊長搖身一變成了朱都督。朱瑞當權后，大力提拔重用原江南陸師學堂的師兄弟們，在整個袁世凱時期，其勢力可算穩(wěn)固。

因出師北伐而當上一省之督的還有云南新軍的年輕將領唐繼堯，不過他不是回云南而是在貴州當上了都督。云南起義時，時任營管帶的唐繼堯既是革命積極分子，也是后任云南都督的蔡鍔之學弟（均為留日士官生）。辛亥革命期間，云南共派出兩支援軍，一路援川，一路援鄂，后者即由唐繼堯帶隊，其計劃是借道貴州奔赴前線。后因和議已成，而貴州局勢動蕩，有機可乘，于是唐繼堯反客為主，于3月3日發(fā)動突然襲擊并一舉攻占貴陽，成為貴州的實際主人。

唐繼堯建立政權后，立刻對原貴州的軍隊斬盡殺絕。最初黔軍第一標由葉占標率領援川，滇軍入黔后，代理都督趙德全命其回師，但在其返回貴陽時，貴州已是唐繼堯的天下。當晚，滇軍即將葉占標部包圍，葉率部突圍時被打死，其余部七八百人，無論官長士兵，均在解除武裝后押至貴陽城外的螺螄山下被機槍射殺。