巴西當(dāng)局最后不得不保證不將中方被捕人員送往臺(tái)灣，但仍在5月21日宣布對(duì)他們進(jìn)行“預(yù)防性逮捕”，并轉(zhuǎn)移到陸軍監(jiān)獄。

這時(shí)，美國(guó)方面則通過(guò)巴西當(dāng)局向中方提出以九名中方人員交換關(guān)押在中國(guó)的美國(guó)間諜，這一建議隨即遭到中國(guó)的拒絕。中國(guó)外交部通過(guò)巴基斯坦外交部轉(zhuǎn)告巴西當(dāng)局：中國(guó)政府希望巴西政府以中巴友誼為重，立即無(wú)條件釋放無(wú)辜被捕的中國(guó)人員，以免產(chǎn)生更嚴(yán)重的后果。

1964年10月12日，巴西軍事法庭以九名中國(guó)人員在巴西進(jìn)行所謂的“間諜和顛覆”活動(dòng)為由，正式進(jìn)行開(kāi)庭審理。中國(guó)有關(guān)部門(mén)聘請(qǐng)當(dāng)時(shí)已是72歲高齡的巴西律師協(xié)會(huì)主席索布拉爾?平托（Heráclito Fontoura Sobral Pinto）為中方被捕人員辯護(hù)。平托根據(jù)九名中國(guó)人提供的十多萬(wàn)字的說(shuō)明事實(shí)真相的材料，寫(xiě)出了長(zhǎng)達(dá)51頁(yè)的辯護(hù)詞，提出了182項(xiàng)無(wú)可辯駁的事實(shí)和論據(jù)，證明這九名中國(guó)人員是在巴西政府同意下合法進(jìn)入并居留巴西的，他們?cè)诎臀鲝氖碌挠嘘P(guān)貿(mào)易、籌備展覽和新聞報(bào)道的活動(dòng)都是正當(dāng)合法的，要求法庭立即將他們無(wú)罪釋放。

另外，有包括國(guó)會(huì)議員和政府高級(jí)官員在內(nèi)的17名巴西人士出庭作證，證明這九人無(wú)罪。前總統(tǒng)夸德羅斯還寫(xiě)了書(shū)面材料，證明九名中國(guó)人是在他擔(dān)任總統(tǒng)時(shí)，由他批準(zhǔn)到巴西從事新聞、貿(mào)易和籌備展覽等業(yè)務(wù)活動(dòng)的，并表示必要時(shí)他可以出庭作證。

前后經(jīng)歷了七次法庭斗爭(zhēng)和較量，檢察官拿不出任何站得住腳的證據(jù)。法庭最后不得不宣布“間諜”罪名不能成立，但仍以“顛覆”罪對(duì)九人各判十年徒刑。中國(guó)政府隨即發(fā)表聲明，對(duì)巴西當(dāng)局非法無(wú)理的判決提出強(qiáng)烈抗議。

“九人案”是新中國(guó)成立后在拉美地區(qū)發(fā)生的最重要的涉外事件之一，這一事件還涉及到對(duì)美、對(duì)臺(tái)外交斗爭(zhēng)問(wèn)題，十分復(fù)雜。為了解決這一事件，周恩來(lái)總理親自掛帥，多方組織營(yíng)救工作。先后召開(kāi)大小會(huì)議400多次，發(fā)表各種聲明和文章幾百篇，以被捕九人家屬的名義邀請(qǐng)了日本、阿根廷、印尼、巴基斯坦、英國(guó)、法國(guó)和比利時(shí)等七國(guó)著名律師組成律師團(tuán)，敦促巴西當(dāng)局釋放九名被捕中國(guó)公民。

在各種壓力之下，巴西政變當(dāng)局最終以總統(tǒng)法令的方式宣布九名中國(guó)人員為“不受歡迎的人”，“驅(qū)逐”他們出境，并給十天上訴時(shí)間。九名中國(guó)人員在聲明無(wú)罪、不承認(rèn)任何判決的情況下，于1965年4月17日離開(kāi)巴西回國(guó)。

1974年8月,在中巴建交談判過(guò)程中，中方重申了在“九人案”事件中的原則立場(chǎng)。巴方表示，從政治上說(shuō)此案是錯(cuò)誤的，巴西政府將采取措施，撤銷(xiāo)這一案件的司法訴訟。至此，時(shí)隔十年之后，震驚世界的“九人案”以巴西方面承認(rèn)錯(cuò)誤而告終。