2012年，深圳市通過了《深圳市公立醫(yī)院醫(yī)藥分開改革實施方案》，決定分階段實施。第一階段針對深圳基本醫(yī)療保險參保人，取消社會醫(yī)療保險定點醫(yī)療機構醫(yī)保目錄藥品加成；第二階段范圍擴大到全部就醫(yī)人群、全部藥品。

深圳市公立醫(yī)院醫(yī)藥分開改革實施方案中引入競爭機制重構醫(yī)藥市場格局，除了在行政決策層面的調(diào)整，深圳市醫(yī)藥分開改革還促使固有的醫(yī)藥市場格局重新洗牌。在取消藥品加成的表述中，并非只限定于政府舉辦的公立醫(yī)院，而是涵蓋了所有的社會醫(yī)療保險定點醫(yī)療機構，包括民營醫(yī)院。

為使藥價達到合理水平，深圳市的改革方案還將進一步放開患者購藥的選擇空間，在保留公立醫(yī)院門診藥房的前提下，允許患者憑醫(yī)生處方到零售藥店購買藥品。

依據(jù)這一方案，深圳市將選擇若干家大型連鎖藥品流通企業(yè)，配齊全市公立醫(yī)院的所有用藥藥品，為公立醫(yī)院開具的處方提供調(diào)劑服務。深圳市政府鼓勵具備條件的社會零售藥店申請醫(yī)保定點資格，以公立醫(yī)院周邊區(qū)域為主，擴大基本醫(yī)療保險定點藥店覆蓋范圍。

深圳醫(yī)改方案迫使公立醫(yī)院加強管理、降低成本、改善服務。在取消藥品加成后，保留醫(yī)院的門診藥房，盡可能地保障病人用藥方便，同時也促進了社會零售藥房規(guī)范管理。

伴隨深圳醫(yī)改，深圳市衛(wèi)生部門專門出臺了5條禁令：嚴禁收受藥品經(jīng)銷商和醫(yī)藥代表等任何形式的藥品回扣；嚴禁收受醫(yī)用耗材、醫(yī)療設備、檢驗試劑、后勤物資、物業(yè)管理供應商等任何形式的回扣；嚴禁外泄“統(tǒng)方”信息；嚴禁收受藥品、器械、耗材、試劑、后勤物資、物業(yè)管理供應商等利益相關人的禮金、紅包；嚴禁醫(yī)療機構或科室在藥品、儀器檢查、化驗檢查及其他醫(yī)學檢查等醫(yī)療服務中開單提成。