為適應某些特殊的需要，清廷也設(shè)立了一些新的政府部門，如在1638年建立理藩院來管轄有關(guān)西藏、蒙古和西域（新疆）的事務；1729年設(shè)立軍機處，使決策過程集中化；1861年更設(shè)立總理衙門來掌管與西方列強的外交關(guān)系。為鎮(zhèn)壓叛亂并擴展疆土，清廷向遙遠的邊疆發(fā)動了多次軍事征討，形成了中國歷史上疆域第二大的王朝。在19世紀中葉以后，有許多洋人受聘擔任政府官職，從而使?jié)M—漢二元體制擴展為一種“滿—漢—夷”的混合體制（synarchy）。所有這些以及其他許多政策措施，都旨在確保大清江山的長治久安，它們強烈地影響并引導1644—1911年間這個國家政治生活的主流。在滿清王朝覆滅后，民國政府最關(guān)注的是對內(nèi)統(tǒng)一國家、對外廢除不平等條約。到了1949年以后的共產(chǎn)黨執(zhí)政時期，我們則看到了一種實現(xiàn)社會主義改造，迅速實行工業(yè)化和爭取大國地位的強烈動力。政府的這些重要政策，在引導國家和人民的命運方面，顯然發(fā)揮了主要的作用，因而應當受到歷史學家們的持續(xù)關(guān)注。

然而我們決不能忽視那些更難以把握的歷史潛流，它們也是一種決定中國形態(tài)的動力。確實，在清朝這樣一種不允許有任何合法反對派政治團體存在的專制制度中，秘密活動不時地對歷史的發(fā)展起著非常重要的作用。盡管有許多漢人加入了滿清政府或默認了清廷的統(tǒng)治，但有很多人卻仍然保持著沉默的抵制。清廷乃是一個異族王朝的鐵定事實，持續(xù)地激發(fā)了漢人以秘密會社活動、民族或種族起義，以及革命等方式進行反抗。最初，反清情緒伴隨著一種恢復前明王朝的渴望——如各南明小朝廷的抗清運動、鄭成功及其子在臺灣的抵抗和三藩之亂都表明了這一點。當這些運動相繼失敗后，“反清復明”的思想暗暗地在諸如天地會和白蓮教等秘密會社中間得到流傳滋長，并伺機而動。當乾隆朝（1736—1795年）末期中央政府的警惕松懈之際，1796年便爆發(fā)了白蓮教起義，并持續(xù)到1804年，這絕非偶然的巧合。

在白蓮教起義平息后，民族或種族反抗再次歸于沉寂，一直到1850—1864年太平天國時期才又一次復興。不過太平軍只保存了上述口號中的“反清”部分，卻拋棄了恢復明朝的思想，因為他們要創(chuàng)建一個屬于自己的王國。1864年太平軍失敗后，民族或種族革命再度轉(zhuǎn)為秘密會社的活動，并激發(fā)了孫中山等一批后來革命家的斗志。到孫中山一輩投身革命之時，革命抱負已大大擴展，包括了反對外國帝國主義的復仇意識。隨著1912年滿清王朝的垮臺，原初的“反清”目標已達到了，于是民族主義革命轉(zhuǎn)向了反對外國帝國主義。歐洲殖民列強在20世紀頭20年成為中國革命的主要對象；30年代和40年代前半期的主要對象是日本；50年代后期起則是蘇聯(lián)。

由此看到，在整個近代中國三百多年的時期內(nèi)，反對外來因素的民族或種族抗爭，構(gòu)成了一個清晰的歷史主題，它時而浮現(xiàn)到表面，時而轉(zhuǎn)入地下。這種動力經(jīng)久持續(xù)，一位著名的史學家?guī)c夸張地評價說，近代中國的歷史可被視為一部民族主義革命的歷史。