到了1938年時，蔣介石見復興社發(fā)展得很快，有的人甚至以復興社社員自居，冷淡了國民黨的存在，還發(fā)生多起不利于國民黨聲譽的事件，為此他認為復興社的存在，嚴重威脅了國民黨的利益，便命令復興社解散了。但是復興社社員后來仍然以此來確定自己的身份，成為黃埔軍校內部的一個派系。

由復興社衍變的軍統(tǒng)與中統(tǒng)，始終貫穿于國民黨在大陸的歲月。中統(tǒng)與軍統(tǒng)是同屬于國民黨的特務機構。中統(tǒng)是屬于國民黨中央管理的機構，所以稱為中統(tǒng)。軍統(tǒng)的全稱是國民政府軍事委員會調查處，后期改成軍委會統(tǒng)計調查局、國防部保密局，因其屬于軍隊序列，所以簡稱軍統(tǒng)。雙方為了在蔣介石面前爭寵、爭勢力范圍、爭經(jīng)費、爭主導權，矛盾重重，成為國民黨內部公開的秘密，令蔣介石頭疼不已。

抗日戰(zhàn)爭以后，由于國民黨的情報從對付中國共產(chǎn)黨向對付日本侵略者轉變，因此軍統(tǒng)的地位不斷提升。同時，大片國土淪陷，中統(tǒng)的地方組織被嚴重破壞，中統(tǒng)的作用逐漸為軍統(tǒng)所取代。加之蔣介石對戴笠有知遇之恩和師生之情，他對蔣介石的命令絕對服從，又是蔣介石的最可靠的親信；而中統(tǒng)主要是由國民黨CC系的陳立夫、陳果夫所掌握，在人事上蔣介石不能直接控制，也逐漸失去了蔣介石的扶持。到了國民黨退往臺灣后，中統(tǒng)完全喪失了組織系統(tǒng)，而軍統(tǒng)的組織系統(tǒng)卻得到保存和發(fā)展。