其實(shí)早在武昌起義后不久，人們已經(jīng)在談孫中山必是革命的領(lǐng)袖了。孫中山回國之后，更是受到許多團(tuán)體的擁護(hù)，他們紛紛致電南京各省代表：“請舉孫中山先生為總統(tǒng)，以救國民，兆眾一致，全體歡迎?！敝猩降幕貒彩雇藭?nèi)部達(dá)成一致，即選舉孫中山為即將誕生的中華民國的臨時大總統(tǒng)。同盟會在孫中山出任總統(tǒng)方面達(dá)成一致，但卻在政體方式的選擇上發(fā)生了論爭。宋教仁主張采用法國的內(nèi)閣制，孫中山主張美國的總統(tǒng)制。表面上看，這場爭執(zhí)只是政權(quán)形式之爭，實(shí)際上是總統(tǒng)是否具有實(shí)權(quán)的問題。孫中山力排眾議，說內(nèi)閣制非目前所宜，我也不能做形同虛設(shè)的總統(tǒng)，以誤革命大計(jì)。12月27日，在南京召開的各省代表會上，宋教仁依然提出內(nèi)閣制，黃興征詢大家的意見，多數(shù)贊成總統(tǒng)制。12月29日，在南京的各省代表，開正式選舉臨時大總統(tǒng)會，開票結(jié)果，孫文得十六票，黃興一票，孫中山當(dāng)選為臨時大總統(tǒng)。

1912年1月1日孫中山宣誓就職，他在就職誓詞中說：“顛覆清朝專制政府，鞏固中華民國，圖謀民生幸福，此國民之公意，文實(shí)遵之，以忠于國，為眾服務(wù)。至專制政府既倒，國內(nèi)無變亂，民國卓立于世界，為列邦公認(rèn)，斯時文當(dāng)解臨時大總統(tǒng)之職。”他還發(fā)布《臨時大總統(tǒng)宣言書》，提出中華民國臨時政府的任務(wù)是：“盡掃專制之流毒，確定共和，以達(dá)革命之宗旨?！币?guī)定對內(nèi)方針是，實(shí)現(xiàn)民族統(tǒng)一、領(lǐng)土統(tǒng)一、軍政統(tǒng)一、內(nèi)治統(tǒng)一和財(cái)政統(tǒng)一，并定國號為“中華民國”，同時決定改用陽歷。

隨著孫中山宣誓就任南京臨時政府臨時大總統(tǒng)，依據(jù)《中華民國南京臨時政府組織大綱》南京臨時中央政府開始組建。1月3日代表大會通過了孫中山、黃興提名的各部總次長名單（見下表），以五色旗為中華民國國旗。從臨時政府的各部總長名單來看，同盟會會員為總長的只有三個部，即陸軍部、外交部、教育部，但在次長名單中，除次長湯薌銘外，其余都是同盟會的重要骨干。而實(shí)際上，以立憲派和舊官僚出身的總長，大都沒有應(yīng)職，他們的職權(quán)由次長代理，因而南京政府被時人稱為“次長內(nèi)閣”。此外，臨時政府秘書長胡漢民，法制局局長宋教仁等都是同盟會的重要干部。1月28日，南京臨時參議院宣告成立，同盟會議員居絕大多數(shù)。由此可見，以孫中山為首的中國同盟會，控制了中華民國臨時政府。南京臨時政府，完全是按照美國模式建立起來的共和民主政府，不僅是一個資產(chǎn)階級政府，而且是一個革命的政府。