事實(shí)上，號(hào)稱(chēng)湖南“土皇帝”的王先謙一直在窺伺著新學(xué)界的動(dòng)向。他利用門(mén)徒、新學(xué)界敗類(lèi)劉作楫同胡元倓一派人對(duì)抗。1904年5月，趙爾巽離任，陸元鼎署湖南巡撫，王即與陸相勾結(jié)，公開(kāi)摧殘進(jìn)步學(xué)堂。王、陸十分注意華興公司，揚(yáng)言這是革命黨。迫于形勢(shì)險(xiǎn)惡，黃興等加速起義的準(zhǔn)備。但是，一個(gè)華興會(huì)員卻在無(wú)意中走漏了消息，被劉作楫偵知，報(bào)告給王先謙。王急向陸元鼎告密，要求逮捕黃興、劉揆一等人。陸元鼎因有人勸阻，沒(méi)有立即捕人，命巡防營(yíng)嚴(yán)加偵緝。官?gòu)d的偵探結(jié)識(shí)了會(huì)黨的五路巡查何少卿、郭鶴卿，偽裝要好，賺得實(shí)情，在醴陵車(chē)站將二人捕送省會(huì)，很快，二人供出了革命黨準(zhǔn)備在長(zhǎng)沙等地起事的計(jì)劃。10月24日，清兵出動(dòng)捉人，搜查華興會(huì)機(jī)關(guān)。黃興這時(shí)正在侍郎龍湛霖家中議事，龍的兒子紱瑞慨然藏賓，并親往長(zhǎng)沙中學(xué)堂將華興公司的文件取出銷(xiāo)毀。劉揆一等人紛紛走避，會(huì)黨首領(lǐng)游德勝、蕭貴生被捕。游、蕭在嚴(yán)刑之下招供出詳細(xì)的內(nèi)情。官方搜捕更加緊急，但因沒(méi)有確鑿證據(jù)，華興會(huì)的人員沒(méi)受到損失。黃興在龍家躲了三天，又轉(zhuǎn)移到吉祥巷圣公會(huì)，由教士黃吉亭等加以掩護(hù)。11月4日，游德勝、蕭貴生遇害。待風(fēng)聲稍緩，黃興便化裝出走，由黃吉亭、張繼等人護(hù)送，經(jīng)漢口轉(zhuǎn)赴上海。

至此，華興會(huì)準(zhǔn)備的長(zhǎng)沙起義宣告流產(chǎn)。

此前，黃興一直用著本名“軫”，黃吉亭在漢口船上分別時(shí)，暗地囑咐他說(shuō)：“到上海時(shí)，即來(lái)一電，只拍一‘興’字，即知君平安無(wú)恙也?！庇谑牵S興的名字便從此用開(kāi)。

當(dāng)華興會(huì)的起義還在準(zhǔn)備之時(shí)，楊篤生、章士釗在上海與蔡元培、陳由己、杭辛齋等成立愛(ài)國(guó)協(xié)會(huì)，聯(lián)絡(luò)各地人士積極響應(yīng)，楊、章分任正副會(huì)長(zhǎng)。蘇鵬還奉命赴日本招回一批留學(xué)生準(zhǔn)備參加起義。他們以興學(xué)會(huì)的名義在新閘路余慶里租屋招待來(lái)往同志，黃興和其他一些逃亡的華興會(huì)成員抵滬后就住在這里。11月19日，上海發(fā)生了萬(wàn)福華刺殺前廣西巡撫王之春的事件，章士釗等曾參與密謀。次日，章前往捕房探望萬(wàn)福華時(shí)被扣，供出余慶里住址，巡捕搜查該地，黃興、張繼、周來(lái)蘇、蘇鵬、徐佛蘇、薛大可、郭人漳等十人被作為嫌疑犯拘捕，楊篤生逃出。郭人漳是清朝候補(bǔ)道，在江西統(tǒng)兵，與華興會(huì)有聯(lián)系，因?yàn)樗麃?lái)滬是奉江西巡撫之命，旋被保釋。黃興化名李壽芝，偽稱(chēng)是隨郭來(lái)滬公干的教員，瞞過(guò)會(huì)審公廨，一同被釋放。黃興出獄后，隨即與劉揆一再次東渡日本。袁樹(shù)勛不想興大獄多惹事端，經(jīng)蔡元培、龍璋等設(shè)法營(yíng)救，被捕的人后來(lái)也都相繼出獄。華興會(huì)成員陳天華、宋教仁、柳聘農(nóng)、彭淵洵、劉道一等也都先后流亡日本，但他們依舊保持著華興會(huì)的團(tuán)體。

起義的流產(chǎn)使得長(zhǎng)沙的新學(xué)界受到了極大的摧殘。大批進(jìn)步教師紛紛離湘他適，外省旅湘教師的俱樂(lè)部被迫停止活動(dòng)，旅湘安徽公學(xué)也遷往蕪湖。錢(qián)維驥創(chuàng)設(shè)講藝公司，想以此再行聚集同志，但被陸元鼎阻止。胡元倓、周震鱗受到王先謙、劉作楫的惡毒攻責(zé)，靠著一些官紳的維護(hù)，僥幸才將所辦的學(xué)堂保存下來(lái)。

會(huì)黨領(lǐng)袖馬福益在長(zhǎng)沙起義泄密后，逃往廣西。在廣西，他又聯(lián)絡(luò)了廣西會(huì)黨和湖南舊部，準(zhǔn)備再次發(fā)動(dòng)起義。1905年春，馬福益自桂返湘，哥老會(huì)派人前往迎接。由于馬福益臨時(shí)改變路線(xiàn)而未遇。4月12日，馬福益在途中被清軍截捕，他英勇拒敵，在被縛時(shí)還踢死了兩名清兵。馬福益是參加資產(chǎn)階級(jí)反清革命運(yùn)動(dòng)的優(yōu)秀會(huì)黨領(lǐng)袖。他的徒眾堅(jiān)持追隨華興會(huì)革命，與他的態(tài)度有著重大的關(guān)系。會(huì)黨采取的是家長(zhǎng)制的組織形式，首領(lǐng)有著極大的權(quán)威，在革命黨人沒(méi)有直接向會(huì)黨群眾進(jìn)行充分宣傳教育的情況下，首領(lǐng)的政治傾向和道德品質(zhì)往往對(duì)徒眾起著決定的影響。馬福益被解往長(zhǎng)沙后，受到湖南巡撫端方的嚴(yán)刑拷打，他堅(jiān)貞不屈，視死如歸，于4月20日遇害。至此，華興會(huì)策劃的長(zhǎng)沙起義以徹底失敗暫時(shí)告一段落。