李克農(nóng)從重慶回延安時，經(jīng)過胡宗南部隊駐防的陜西潼關。國民黨見了李克農(nóng)這樣一位共產(chǎn)黨的情報要員豈能放過，胡宗南部隊將李克農(nóng)扣押起來。此時，李克農(nóng)昔日在中統(tǒng)臥底時的上司徐恩曾正好在潼關主持反共，為報被李克農(nóng)臥底的一箭之仇，他力主把這位昔日的對手關進集中營。

李克農(nóng)被扣押的消息，很快被遠在重慶的周恩來獲悉。當時還是國共合作抗日時期，經(jīng)過周恩來的緊急交涉，李克農(nóng)被關押了一天兩夜之后，徐恩曾不得已將他“押解出境”。

1941年初春，李克農(nóng)終于回到了他做夢都想去的延安。毛澤東親自接見了李克農(nóng)，一見面，毛澤東就握著他的手風趣地說：“你們冤家路窄，我還以為你回不來了?！睅滋旌螅珴蓶|在他住的窯洞請李克農(nóng)一家人吃飯，讓朱德作陪。喜歡開玩笑的毛澤東問李克農(nóng)的孩子李冰、李倫：“小鬼，你知道你爸爸是干什么的嗎？”兩個孩子搖搖頭。毛澤東笑著說：“你爸爸是個大特務。不過他是共產(chǎn)黨的大特務，大功臣。”

毛澤東親自提名，讓李克農(nóng)擔任中央社會部副部長。中央社會部成立于1939年2月，部長是康生，其主要任務是承擔情報與保衛(wèi)工作。社會部下設偵察、情報、無線電通訊等業(yè)務部門，另設干部管理部、辦公室、秘書處。一方面要防止敵特混入黨內(nèi)，另一方面要派人打入敵人內(nèi)部。

1941年9月，中共中央和中央軍委決定成立中央情報部。部長由康生兼任，李克農(nóng)擔任副部長?？瞪侵醒胝尉治瘑T，延安整風運動開始后，他全力抓整風工作，因此中央社會部和中央情報部的常務工作，實際上都是由李克農(nóng)負責。

1945年8月，日本宣布無條件投降?？箲?zhàn)勝利后，蔣介石三次致電毛澤東，要他到重慶談判。當時黨內(nèi)很多人不主張毛澤東去，因為擔心蔣介石加害他。張學良被軟禁南京，李濟深、胡漢民被囚禁湯山，就是最好的證明。但如果不去，蔣介石會說共產(chǎn)黨沒誠意，把內(nèi)戰(zhàn)的責任推到共產(chǎn)黨身上。蔣介石還提出派專機赴延安，由美國駐華大使陪同去請毛澤東。

毛澤東決定去重慶。8月28日下午，毛澤東、周恩來、王若飛登機前往重慶，李克農(nóng)到機場送別：“主席，請多保重！”由于此前李克農(nóng)的情報部門一直制造“毛澤東不去重慶”的假象，國民黨特務以及聯(lián)絡參謀周勵武、羅伯倫給蔣介石的密報也是“毛澤東不會來重慶”。當幾小時后毛澤東出現(xiàn)在重慶北碚機場時，蔣介石有點措手不及，大罵軍統(tǒng)、中統(tǒng)：“廢物！全廢是物！”